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模式在haskell位元組串中不匹配

2021-12-20 13:44:59 作業系統

我正在使用 Haskell(特別是位元組串)撰寫 DNA 翻譯器。我有以下代碼:

import Data.Maybe
import Data.Monoid ((<>))
import System.Environment

import qualified Data.ByteString as B
import Data.ByteString.Lazy.Char8 (ByteString, singleton, splitWith)
import qualified Data.ByteString.Lazy as LB
  
-- Extract DNA sequence from fasta file
xtractDNA :: [ByteString] -> Maybe ByteString
xtractDNA dna = Just (LB.concat dna)
--xtractDNA = foldr ((<>) . Just) Nothing 

-- Reverse Complement DNA
compStrand :: Maybe ByteString -> Maybe ByteString
compStrand = foldr ((<>) . compPairs) Nothing
  where
    compPairs nt | nt == (singleton 'A') = Just (singleton 'T')
                 | nt == (singleton 'T') = Just (singleton 'A')
                 | nt == (singleton 'G') = Just (singleton 'C')
                 | nt == (singleton 'C') = Just (singleton 'G')
                 | otherwise = Nothing


main :: IO ()
main = do
  putStrLn "Welcome to volcano"
  let fname = "/home/russellb/Development/hs_devel/local_data/shbg.fasta"
  fid <- LB.readFile fname
  let dna = LB.concat $ tail (LB.splitWith (==10) fid)
  --putStrLn $ show (LB.length (head dna))
  let dsDna = compStrand (Just dna)
  print dsDna

當我執行時,我得到Nothing了答案。輸入的一部分是

“...ACAAGGTCAGAGGCTGGATGTGGACCAGGCCCTGAACAGAAGCCATGAGATCTGGACTCACAGCTGCCCCCAGAGCCCAGGCAATGGCACTGACGCTTCCCATTAAAGCTCCACCTAAGAACCCCC”

我懷疑是我的模式匹配護衛有問題。我怎樣才能弄清楚并解決這個問題?任何見解將不勝感激

uj5u.com熱心網友回復:

compStrand是一個很奇怪的函式。為什么當你只傳遞一個 Just 時它需要一個 Maybe ByteString 而不是一個實際的 ByteString ?為什么它會做這種古怪的foldr ((<>) . compPairs) Nothing事情,這只是一個非常難以閱讀的重新實作(>>= compPairs)

main不是很清楚:如果您的輸入是 GATC 字串,為什么要在第一個等于 10 的位元組上進行拆分?為什么它不使用xtractDNA你為它撰寫的這個函式?

解決這些問題將產生一個更簡單的函式,您可以更輕松地自行除錯。但我會注意到,您的compStrand函式似乎只對單例字串進行操作,但您似乎向它傳遞了一個未知大小的字串。

uj5u.com熱心網友回復:

您正在使用foldr有作為FoldableMaybe,不是ByteString因此,它將檢查Maybe a. 如果它是Just,它將comPairs使用整個 ByteStringDNA呼叫,否則它將回傳Nothing

comPairs將回傳Nothing任何ByteString空的或具有兩個或更多位元組的內容,因此它回傳Nothing.

您可以使用 amapM :: Monad m => (a -> m b) -> [a] -> m [b]來構造 aMaybe [Word8]然后將其轉換回 a ByteString

import Data.ByteString.Lazy.Char8 (ByteString, pack, unpack)

compStrand :: Maybe ByteString -> Maybe ByteString
compStrand = (>>= fmap pack . mapM comPairs . unpack)
    where comPairs 'A' = Just 'T'
          comPairs 'C' = Just 'G'
          comPairs 'G' = Just 'C'
          comPairs 'T' = Just 'A'
          comPairs _ = Nothing

轉載請註明出處,本文鏈接:https://www.uj5u.com/caozuo/387009.html

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