Linux一些錯誤總結

1、cannot verify <mydomainname> certificate, issued by ‘/C=US/O=Let’s Encrypt/CN=R3’:

解決1：wget --no-check-certificate <website> //再運行一遍

解決2：sudo yum install -y ca-certificates  //之后再運行wget命令下載

也可參考https://www.openssl.org/blog/blog/2021/09/13/LetsEncryptRootCertExpire/

2、Archive:  fastqc_v0.11.9.zip  //解壓zip檔案式出現錯誤

解壓zip檔案出錯一般有兩種情況：

1.檔案未完全下載（可在windows系統上試試能夠能解壓檔案）

2.下載下來的檔案并不是.zip格式

使用MD5校驗：

md5sum fastqc_v0.11.9.zip
output: ee7901b681bb2762d75d5a56c7ec6958  fastqc_v0.11.9.zip

接下來，嘗試檔案型別：

file fastqc_v0.11.9.zip
output: fastqc_v0.11.9.zip: Zip archive data, at least v2.0 to extract

如果這兩個輸出結果不完全一樣，可能是zip檔案損壞，

對于檔案損壞的情況，解決方法：

1. 使用 curl -L 下載地址 > 自定義檔案名.zip 命令進行下載
2. 在下載地址的后面加上 ?raw=true

若檔案沒有損壞：可以安裝使用jar、7z命令解壓嘗試，

3、wget下載速度奇慢

wget相對于瀏覽器來說，速度會比較偏慢，特別是國外的網站，

mwget是一個多執行緒下載應用，可以明顯提高下載速度，

mwget安裝步驟如下：

#!/bin/bash
wget http://jaist.dl.sourceforge.net/project/kmphpfm/mwget/0.1/mwget_0.1.0.orig.tar.bz2
yum install bzip2 gcc-c++ openssl-devel intltool -y #安裝一個c++編譯器
bzip2 -d mwget_0.1.0.orig.tar.bz2
tar -xvf mwget_0.1.0.orig.tar 
cd mwget_0.1.0.orig
./configure 　　#一般用來生成 Makefile，為下一步的編譯做準備，你可以通過在 configure 后加上引數來對安裝進行控制，比如代碼:./configure –prefix=/usr 意思是將該軟體安裝在/usr下面
make　　　　　　 #編譯，大多數的源代碼包都需經過這一步進行編譯
make install　　#開始安裝
#一般都需要在root權限下編譯安裝

類似的也有：CentOS7更換yum安裝源

若安裝mwget出現問題，可參考：mwget安裝常見問題

mwget原始碼安裝

安裝系統需要的包就行，sudo yum install openssl-devel.x86_64

4、批量解壓zip檔案時報錯

在嘗試使用單個zip命令解壓縮整個 zip 目錄，可能會出現以上報錯

*符號必須被轉義，因此，需要添加轉義符

unzip \*.zip

 你也可以參考檔案名不匹配 尋找更多解決方法，

5、ImportError: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.25' 問題解決

安裝OrthoFinder 后，列印幫助檔案時報錯如下

載入OrthoFinder時提示Glibc版本過低，需要升級到指定版本，

升級glibc版本前需要做好gcc，make，bison的升級，

gcc可以實作Linux上的多版本安裝，高版本的gcc安裝見后文，

# 安裝gcc-4.8
sudo yum install gcc-4.8
# 設定gcc-4.8的優先級
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc 40
# 設定gcc-8.2的優先級 //筆者新版gcc-8.2安裝至/usr/local/bin #此路徑根據實際情況更改，不可覆寫/usr/bin/gcc
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/local/bin/gcc 50 #一般需要將新版本gcc安裝到其他目錄，在這一步寫出即可
# 修改系統中的默認gcc版本
sudo update-alternatives --config gcc

說明: 執行sudo update-alternatives --config gcc之后,就會跳出選項,輸入gcc版本對應的數字,就會選擇對應的gcc版本作為默認版本，如下圖，

#洗掉多余版本時我們可以使用 --remove加以洗掉
update-alternatives –remove java /usr/lib/jvm/jre1.6.0_20/bin/java

extra knowledge

上述update-alternatives的用于修改系統中命令的實際執行程式.

--install <鏈接> <名稱> <路徑> <優先級> 在系統中加入一組候選項

<鏈接>: /usr/bin/gcc 為系統中某命令的具體路徑,本文中指的就是在終端中執行gcc命令,會呼叫/usr/bin/gcc.

<名稱>: gcc 為在終端中執行的具體命令,本文中指gcc

<路徑>: /usr/bin/gcc-4.8和/usr/bin/gcc-5 為在終端中輸入命令后,具體的執行程式的路徑.本文中指在終端中輸入gcc,具體呼叫的程式路徑

<優先級>: 40和50,是一個整數，在自動模式下，這個數字越高的選項，其優先級也就越高，

--config <名稱> 列出 <名稱> 替換組中的可選項，并就使用其中哪一個，征詢用戶的意見，

<名稱>: 即上面說的終端中的具體命令, gcc

#首先要做好gcc，make，bison的更新
#盡量不要隨意更新glibc，更新出錯易導致系統崩潰，
#update to **gcc 8.2.0 :** 
$ gcc -v
$ yum -y install wget bzip2 gcc gcc-c++ glibc-headers
download package ：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/gnu/gcc 
or
$ wget -c -P /software/ https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/gnu/gcc/gcc-8.2.0/gcc-8.2.0.tar.gz

$ cd /software/
$ tar -zxvf gcc-8.2.0.tar.gz
$ cd gcc-8.2.0
$ ./contrib/download_prerequisites   
result：
gmp-6.1.0.tar.bz2: OK
mpfr-3.1.4.tar.bz2: OK
mpc-1.0.3.tar.gz: OK
isl-0.18.tar.bz2: OK
All prerequisites downloaded successfully.
#如果上述這一步卡住，無反應，可以考慮手動下載依賴包到GCC原始碼根目錄，如下：
wget http://ftp.gnu.org/pub/gnu/gmp/gmp-6.1.0.tar.bz2
wget http://ftp.gnu.org/gnu/mpfr/mpfr-3.1.4.tar.bz2
wget http://ftp.gnu.org/gnu/mpc/mpc-1.0.3.tar.gz
wget http://gcc.gnu.org/pub/gcc/infrastructure/isl-0.18.tar.bz2

#再次執行：
./contrib/download_prerequisites --no-verify

$ mkdir build
$ cd bulid
$ ../configure --prefix=/usr/local/gcc-8.2.0 --enable-bootstrap --enable-checking=release --enable-languages=c,c++ --disable-multilib

$ make 
My system execute make command at least 3 hours, please waiting it complete.

then: 
$ make install

$ echo -e '\nexport PATH=/usr/local/gcc-8.2.0/bin:$PATH\n' >> /etc/profile.d/gcc.sh && source /etc/profile.d/gcc.sh
$ ln -sv /usr/local/gcc-8.2.0/include/ /usr/include/gcc
$  ldconfig -v    

$ ldconfig -p |grep gcc
result: 
libgcc_s.so.1 (libc6,x86-64) => /lib64/libgcc_s.so.1
##check version 
$  gcc -v 
------------------------------------
**make 4.2.1:**
First download make 4.2.1 from https://ftp.gnu.org/gnu/make/
$ make -v 
$ tar -zxvf make-4.2.1.tar.gz
$ cd make-4.2.1
$ mkdir build
$ cd build
$ ../configure --prefix=/usr
$ sh build.sh
$ make install
check result 
$make -v
----------------------------------------
**bison 3.0.4**
$ bison -V
if not found result ,need install:
$ yum install -y bison
--------------------------------------------------------
all complete , you can install glibc-2.28

download glibc-2.28 from http://ftp.gnu.org/gnu/glibc. 
put it into /software

You can adopt the following steps：

$ tar -xf glibc-2.28.tar.gz
$ cd glibc-2.28
$ mkdir build
$ cd build
$ ../configure --prefix=/usr --disable-profile --enable-add-ons --with-headers=/usr/include --with-binutils=/usr/bin

$ make
$ make install 
$ ls -l /lib64/libc.so.6

Last, check version : 
$ strings /lib64/libc.so.6 | grep GLIBC
.....
GLIBC_2.26
GLIBC_2.27
GLIBC_2.28
GLIBC_PRIVATE

It's completed .

Other : 
bootstarp Directus , maybe get error: 
Import Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found, you reed update CXXABI : 

$ strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep 'CXXABI'

download:[ libstdc++.so.6.0](https://www.02405.com/uploads/soft/201124/1-2011241A414.zip)
put it into /usr/lib64 

$  cd /usr/lib64
$ rm -rf libstdc++.so.6
$ ln -s libstdc++.so.6.0.22 libstdc++.so.6

注：解壓gmp-6.1.0.tar.bz2這個檔案時，可能會報錯(未提前安裝bzip2)，如下：

因此需要安裝 bzip2 解壓，

yum install bzip2

如果還不行，可以考慮直接把 .bz2 的壓縮包在 windows 上解壓的目錄拷貝到 CentOS GCC 原始碼根目錄下解決，

再次執行：
./contrib/download_prerequisites --no-verify

運行成功，如下：
All prerequisites downloaded successfully.

編譯安裝glibc時報錯

Reference

1. ImportError: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.17' 問題解決
2. 更新 GLIBC_2.17 到更高版本
3. glibc的升級以及相關錯誤解決
4. ./contrib/download_prerequisites沒有反應
5. 如何設定多個版本gcc
6. Linux如何替換低版本gcc
7. 使用update-alternatives命令進行版本的切換
8. glibc安裝完全版

6、python查看庫是否安裝

如上圖 python -c "import moudle"

即可查看相關模塊是否安裝^[1]

之后可以使用pip 命令安裝 -i加上國內鏡像加快下載速度

如pip install -i https://mirrors.cloud.tencent.com/pypi/simple numpy

注：其他國內鏡像源：

 或者通過腳本自動查看

'''
Author: your name
Date: 2021-03-31 16:58:02
LastEditTime: 2021-03-31 18:02:00
LastEditors: your name
Description: In User Settings Edit
FilePath: \Eddy_Compare_data\檢測第三方庫是否存在_如果不存在則匯入庫.py
在匯入第三方庫的時候，
'''


import os 
libs = ['numpy']  #羅列需要使用的庫名稱，避免因為沒有第三方庫報錯

url = r'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/pypi/web/simple/'  #清華鏡像網站
try:
    import numpy as np

    print('Input library successful')
except ModuleNotFoundError:
	print('Failed SomeHow')
	for lib in libs:
		print("Start install {0}".format(lib))
		os.system('pip install %s -i %s'%(lib,url))
		print('{0} install successful'.format(lib))
	print('All install successful ')
	import numpy as np

for i in np.arange(10):
	print(i)

Rerfence:

1. Python 安裝和依賴管理

7、 error while loading shared libraries: libbz2.so.1.0

當時是安裝了R包sleuth，安裝完后出現了上圖報錯

發現libbz2 本來應該是sleuth依賴包 bzip2 安裝時自動裝到 anaconda 檔案夾下 lib 里的動態庫，老版本的 anaconda 由于下載源不同，導致了 libbz2 的缺失：

參考^[1]時發現可以有以下解決方法，不過當時問題沒有得到解決

解決方法^[1]:

1. 更新 anaconda，我之前用的是 3.3.2，直接更新到最新版，完美運行，
2. conda config --remove channels 'bzip2的下載源'，洗掉掉它
3. 修改~/.condarc檔案提高conda-forge的優先級，也就是把conda-forge 放在channels 串列的第一位

之后在/usr/lib64/檔案夾下面找了找，看到了類似的檔案，同樣在lib檔案下，名稱類似，推測起著相同的作用

不過因為沒有root權限，無法直接建立軟鏈接，因此選擇cp 復制

不過又發現了新的報錯“undefined symbol: PC”

推測是在顯示的“ /home/user/…/…/”路徑下，libreadline.so.6檔案出現了問題

使用locate libreadline.so.6 發現查看該檔案出現的位置

采取前文步驟，試試cp復制后效果

問題解決，

好吧，發現重啟之后又出現了類似問題，不想再修改了，因此選擇用本機的R環境

安裝sleuth^[2]并進行后續差異基因分析

步驟如下：

#R包sleuth安裝
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rhdf5")
install.packages("devtools")
devtools::install_github("pachterlab/sleuth")
#if error try next#

#基本安裝框架
if (!require("BiocManager", quiet = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("rhdf5")

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(version = "3.14")
BiocManager::install("devtools")

devtools::install_github("pachterlab/sleuth")
#基本安裝框架

 之后就可以library (sleuth) 愉快的進行后續分析了，

Reference：

1. error while loading shared libraries
2. download r-sleuth

#未完待續.

標籤：Linux

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