LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，可以翻譯為大規模原子分子并行模擬器，主要用于分子動力學相關的一些計算和模擬作業，一般來講，分子動力學所涉及到的領域，LAMMPS代碼也都涉及到了，
一、環境介紹：
系統：Centos7.6
所需軟體包：lammps.tar.gz，parallel_studio_xe_2017_update5.tgz
二、上傳、解壓、軟體包：
1.為了方便管理，新建一個目錄，把intel和lammps軟體包拷貝或直接上傳到新建目錄中，
[zh@zh ~]$ mkdir soft #新建目錄
[zh@zh ~]# cd /soft/ #進入剛剛新建的目錄中
[zh@zh soft]$ ls #查看目錄中的檔案
lammps.tar.gz
[zh@zh ~]$ tar xf lammps.tar.gz #解壓lammps
三、編譯lammps：
ps:由于我上次安裝vasp時已經安裝過intel2017u5，所以這次不再重新安裝，如有需要intel安裝教程的請轉到【第一性原理】Centos7下安裝vasp5.4.4
如果有特殊需求，那么在安裝lammps可執行檔案之前要先安裝一些額外的包，如在正式編譯之前輸入這樣的命令make yes-class2 yes-rigid yes-shock，即首先要安裝class2、rigid、shock包，這些包的安裝比較簡單，但還有一些包的安裝需要額外的庫，如果在實際科研中用到，參考Manual安裝即可，
1.加載MANYBODY模塊
[zh@zh soft]$ cd lammps-7Aug19/src/ #進入src目錄
[zh@zh src]$ make yes-MANYBODY #加載模塊（根據自己需求來）
[zh@zh src]$ make mpi #開始編譯
*************************************
*************************************
ump_image.o npair_half_respa_bin_newton.o compute_temp_ramp.o compute_pair.o ntopo_dihedral_template.o pair_coul_dsf.o compute_temp.o compute_pressure.o compute_cluster_atom.o nbin_standard.o npair_half_multi_newtoff.o npair_half_nsq_newtoff.o delete_atoms.o pair_sw.o compute_dihedral.o pair_vashishta.o -o ../lmp_mpi
size ../lmp_mpi
text data bss dec hex filename
4592657 8184 928 4601769 4637a9 ../lmp_mpi
make[1]: Leaving directory `/home/zh/soft/lammps-7Aug19/src/Obj_mpi'
出現如上字樣說明編譯成功，并生成了lmp_mpi
2.測驗
[zh@zh ~]$ mpirun -np 6 ~/soft/lammps-7Aug19/src/lmp_mpi < pisrelax.in #lammps運行命令，出現如下字樣說明lammps編譯成功，測驗作業已經開始計算，
LAMMPS (7 Aug 2019)
Reading restart file ...
restart file = 7 Aug 2019, LAMMPS = 7 Aug 2019
WARNING: Restart file used different # of processors (../read_restart.cpp:738)
restoring atom style atomic from restart
orthogonal box = (-163.77 -163.77 -36.3398) to (163.77 163.77 618.74)
1 by 2 by 3 MPI processor grid
pair style eam/fs stores no restart info
4096000 atoms
read_restart CPU = 0.691318 secs
WARNING: Shell command 'mkdir' failed with error 'File exists' (../input.cpp:1292)
Neighbor list info ...
update every 1 steps, delay 0 steps, check yes
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
master list distance cutoff = 9.6
ghost atom cutoff = 9.6
binsize = 4.8, bins = 69 69 137
1 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 0 0
(1) pair eam/fs, perpetual
attributes: half, newton on
pair build: half/bin/atomonly/newton
stencil: half/bin/3d/newton
bin: standard
Setting up Verlet run ...
Unit style : metal
Current step : 0
Time step : 0.001
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 523.4 | 552.3 | 578.3 Mbytes
Step Pxx Pyy Pzz Lx Ly Lz Temp TotEng Volume Press PotEng Enthalpy E_pair Density Atoms
0 16.668893 69.506217 -20.755848 327.53975 327.53975 655.0795 300.02891 -19204430 70278428 21.806421 -19363280 -19203474 -19363280 7.3219257 4096000
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