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社交網路分析的 R 基礎:(三)向量、矩陣與串列

2022-02-08 06:52:58 後端開發

在第二章介紹了 R 語言中的基本資料型別,本章會將其組裝起來,構成特殊的資料結構,即向量、矩陣與串列,這些資料結構在社交網路分析中極其重要,本質上對圖的分析,就是對鄰接矩陣的分析,而矩陣又是由若干個向量構成,因此需要熟練掌握這些特殊的資料結構,

  • 向量
    • 向量的創建
    • 向量元素的訪問
    • 向量的運算
    • 向量的其他常用操作
  • 矩陣
    • 矩陣的創建
    • 矩陣元素的訪問
    • 矩陣的運算
    • 矩陣的特征值與特征向量
  • 串列
    • 串列的創建
    • 串列元素的訪問

向量

向量的創建

向量(vector)作為 R 語言中最簡單的資料結構,由一串有序的基本資料型別變數構成,

x <- c(1, 2, 3, 4, 5)

上面一行代碼就是創建一個包含 5 個元素的向量 x,而 c() 就是創建向量的函式,多個向量也可以使用 c() 進行拼接:

x <- c(1, 2, 3, 4, 5)
y <- c(6, 7, 8, 9, 10)
z <- c(x, y)

代碼中的向量 z 包含 10 個元素,即向量 x 和向量 y 的拼接,

向量的創建也可以通過面向物件的方式實作:

x <- vector(mode = "integer", length = 5)

引數 mode 為向量中存盤的資料型別,對應 R 語言中基本的資料型別,如整型 integer,浮點型 numeric, 字串型 character,邏輯型 logical 等等;length 為初始向量的長度,向量作為一種無限長度的資料結構,此處的 length 是指向量初始化時的長度,后續仍然可以使用 c() 添加元素,

x <- c(x, 0)  # 向 x 中添加元素 0

向量元素的訪問

向量中的元素通過“[索引]”的形式訪問,需要注意的是 R 語言中的索引不代表偏移量,而代表第幾個,即索引從 1 開始,

> x <- c(10, 9, 8, 7, 6)
> x[2]
[1] 9

在了解向量元素的訪問后,也可以通過元素訪問的形式向其中添加元素:

> x[6] <- 5  # x 原長度為5
> x
[1] 10 9 8 7 6 5

?? 提示

在 R 語言中任何使用索引的資料結構都可以使用元素訪問的形式擴充,

想要從向量中取出多個元素需要在方括號內傳遞索引的向量,即“[c(索引)]”,

> x[2: 4]  # 取出第 2 到 4 項
[1] 9 8 7
> x[c(1, 3, 5)]  # 取出第 1,3,5 項
[1] 10 8 6
> x[c(-1, -5)]  # 去掉第 1,5 項
[1] 9 8 7

R 語言中還存在一種特殊的索引——名稱索引,

> x <- c(1, 2, 3, 4, 5)
> names(x) <- c("one", "two", "three", "four", "five")  # 對名稱索引進行賦值
> x["three"]  # 使用名稱索引訪問元素
three
3
> names(x)  # 查看名稱索引
[1] "one"   "two"   "three" "four"  "five"

名稱索引相比數值索引的好處就是容易記憶,在對圖中節點屬性進行分析時,通常使用節點的名稱去訪問圖中的節點,而不是使用節點的索引,

向量的運算

向量可以直接進行算數運算,運算時是向量的對應元素進行同樣的算術運算,比如:

> x <- c(1, 2, 3, 4, 5)
> y <- c(5, 4, 3, 2, 1)
> x + y
[1] 6 6 6 6 6

基本的算術運算包括:+-*/、乘方 ^,還包括常用的數學函式:log()sin()sqrt() 等等,還有一些特殊的統計函式:最大值 max()、最小值 min()、求和 sum()、平均值 mean() 等等,

> x <- c(1, 2, 3, 4, 5)
> max(x)
[1] 5
> mean(x)
[1] 3

向量的邏輯運算包括兩種情況,一種是對向量中的每一個元素,一種是對向量整體:
| 運算子 | 描述 |
| :-: | :- |
| & | 元素邏輯與運算子,將第一個向量的每個元素與第二個向量的相對應元素進行與運算 |
| | | 元素邏輯或運算子,將第一個向量的每個元素與第二個向量的相對應元素進行或運算 |
| && | 邏輯與運算子,只對兩個向量的第一個元素進行與運算 |
| || | 邏輯或運算子,只對兩個向量的第一個元素進行或運算 |

> x <- c(T, T, F, F, F)
> y <- c(T, T, F, T, T)
> x & y
[1]  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE
> x | y
[1]  TRUE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE
> x && y
[1] TRUE
> x || y
[1] TRUE

向量的其他常用操作

獲取向量的長度 length()

> length(c(1, 2, 3, 4, 5))
[1] 5

查找特定元素在向量中的索引 which()

> x <- c(1, 2, 3, 4, 5)
> which(x == 2)
[1] 2

使用 %in% 判斷元素是否在向量中存在:

> 2 %in% c(1, 2, 3, 4, 5)
[1] TRUE

對向量中的元素進行排序 order(),需要注意的是 order() 回傳的排序結果是向量值的索引:

> x <- c(10, 20, 30, 40, 50)
> order(x, decreasing = TRUE)
[1] 5 4 3 2 1

統計特定元素在向量中出現的次數 table()

> x <- c(T, T, F, F, F)
> table(x)
x
FALSE  TRUE
    3     2

矩陣

矩陣的創建

矩陣(matrix)作為社交網路分析中的一個重要工具,其并不算是一個基本的資料結構,你可以將矩陣看成一個二維陣列(array),或是由多個向量(vector)構成,在 R 語言中使用 matrix() 函式來創建矩陣,

matrix(data = https://www.cnblogs.com/zhanggaoxing/archive/2022/02/07/NA, nrow = 1, ncol = 1, byrow = FALSE, dimnames = NULL)

其中 data 為矩陣的填充元素,nrow 為矩陣的行數,ncol 為矩陣的列數,byrow 表示 data 的值是否按行填充,dimnames 給矩陣行列的名稱賦值,

> matrix(c(1:6), nrow = 2, ncol = 3, byrow = TRUE, dimnames = list(c("r1", "r2"), c("c1", "c2", "c3")))
   c1 c2 c3
r1  1  2  3
r2  4  5  6

上面即創建了一個 2 行 3 列的矩陣,通過按行填充元素的方式,并且給行和列賦予了名稱,獲取矩陣的行數和列數可以使用函式 nrow()ncol()

矩陣還可以通過組合向量的方式創建,使用 rbind() 函式按行組合向量,使用 cbind() 函式按列組合向量:

> v1 <- c(1:3)
> v2 <- c(4:6)
> v3 <- c(7:9)

> rbind(v1, v2, v3)  # 按行組合
   [,1] [,2] [,3]
v1    1    2    3
v2    4    5    6
v3    7    8    9

> cbind(v1, v2, v3)  # 按列組合
     v1 v2 v3
[1,]  1  4  7
[2,]  2  5  8
[3,]  3  6  9

矩陣元素的訪問

矩陣中的元素通過“[行索引, 列索引]”的形式訪問,

> m <- matrix(c(1:6), nrow = 3)
> m[3, 2]
[1] 6

想要從矩陣中取出行向量或者列向量,使用“[行索引,]”或者“[,列索引]”,

> m[1, ]  # 取第一行
[1] 1 4

> m[, 2]  # 取第二列
[1] 4 5 6

在給矩陣的行列賦值名稱后,可以使用名稱索引訪問,

> rownames(m) <- c("r1", "r2", "r3")  # 定義行的名稱
> colnames(m) <- c("c1", "c2")  # 定義列的名稱

> m["r2", "c2"]
[1] 5

矩陣的運算

矩陣直接進行算術運算時,是兩個矩陣對應位置的元素做運算,數學函式和統計函式在矩陣中的用法與在向量中的用法相同,

> m1 <- matrix(c(1:4), nrow = 2)
> m2 <- matrix(c(5:8), nrow = 2)
> m1 * m2
     [,1] [,2]
[1,]    5   21
[2,]   12   32

矩陣還包括一些特有的運算,比如內積 %*%,外積 %o%

> m1 <- matrix(c(1:6), nrow = 2)
> m2 <- matrix(c(1:6), nrow = 3)
> m1 %*% m2  # 矩陣的內積
     [,1] [,2]
[1,]   22   49
[2,]   28   64

> m1 <- c(1, 2, 3)
> m2 <- c(4, 5, 6)
> m1 %o% m2  # 矩陣的外積
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    4    5    6
[2,]    8   10   12
[3,]   12   15   18

矩陣的轉置使用函式 t()

> m <- matrix(c(1:4), nrow = 2)
> t(m)
     [,1] [,2]
[1,]    1    2
[2,]    3    4

矩陣的特征值與特征向量

特征值與特征向量作為矩陣的重要屬性,不僅在傳統的圖分析中有重要的意義,在圖卷積中也有重要的應用,R 語言提供了計算函式 eigen()

> v1 <- c(1, 0, 0)
> v2 <- c(2, 3, 0)
> v3 <- c(4, 5, 6)
> m <- cbind(v1, v2, v3)

> eigen(m)              
eigen() decomposition
$values  # 特征值
[1] 6 3 1

$vectors  # 特征向量
          [,1]      [,2] [,3]
[1,] 0.6023442 0.7071068    1
[2,] 0.6844821 0.7071068    0
[3,] 0.4106893 0.0000000    0

隨著網路規模的變大,eigen() 函式的計算速度會變得很慢,此時通常會使用 RSpectra 包來加快計算速度,在 RSpectra 包中使用 eigs() 函式計算特征值與特征向量:

> library(RSpectra)
> eigs(m, 3)  # 這里的 3 是指要計算特征值與特征向量的個數
$values
[1] 6 3 1

$vectors
          [,1]      [,2] [,3]
[1,] 0.6023442 0.7071068    1
[2,] 0.6844821 0.7071068    0
[3,] 0.4106893 0.0000000    0

當網路規模繼續變大,鄰接矩陣中的節點數量到達數十萬以上的規模時,RSpectra 包仍然有些捉襟見肘,這時使用 Rcpp 包呼叫 C++ 的代碼,采用并行計算的方式加快計算速度,對于矩陣的計算操作,安裝 Rcpp 包的同時還需要安裝 RcppEigen 包,依賴的包安裝完成后,新建一個 matrix.cpp 檔案,將下面的代碼復制到該檔案中保存,

// [[Rcpp::depends(RcppEigen)]]
#include <RcppEigen.h>

// [[Rcpp::export]]
SEXP eigenValues(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> A){
    Eigen::SelfAdjointEigenSolver<Eigen::MatrixXd> es(A);
    return Rcpp::wrap(es.eigenvalues());
}

// [[Rcpp::export]]
SEXP eigenVectors(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> A){
    Eigen::SelfAdjointEigenSolver<Eigen::MatrixXd> es(A);
    return Rcpp::wrap(es.eigenvectors());
}

緊接著在作業區中引入 Rcpp 包與 matrix.cpp 檔案,此時就可以呼叫特征值計算函式 eigenValues() 和特征向量計算函式 eigenVectors()

> library(Rcpp)
> sourceCpp("matrix.cpp")
> eigenValues(m)
[1] 1 3 6
> eigenVectors(m)  
     [,1]      [,2]      [,3]
[1,]    1 0.7071068 0.6023442
[2,]    0 0.7071068 0.6844821
[3,]    0 0.0000000 0.4106893

?? 提示

要實作其他的矩陣計算操作可以查看 RcppEigen 的教程:https://cran.r-project.org/web/packages/RcppEigen/vignettes/RcppEigen-Introduction.pdf

串列

串列的創建

串列(list)在 R 語言中是由一個個物件所構成的集合,這些物件可以是不同的資料型別,比如數值、字串、向量、矩陣等等,如果為串列元素定義名稱的話,串列更像是 Python 中的字典,但 R 語言中的串列中的元素是有序的,在 R 語言中使用 list() 函式來創建串列,

list(name = "ruby", age = 18, scores = c(100, 88.5, 82))

上面一行代碼創建了一個包含數值、字串與向量的串列,同時為每一個元素定義了名稱,將其輸入到 R 終端中,細心的你會發現這與矩陣計算特征值和特征向量的函式 eigen() 回傳的型別一致,這種定義了名稱的串列對于包含多個回傳值的函式非常方便,

> list(name = "ruby", age = 18, scores = c(100, 88.5, 82))
$name
[1] "ruby"

$age
[1] 18

$scores
[1] 100.0  88.5  82.0

串列還可以通過多個串列合并的方式創建,合并使用函式 c(),下面的代碼展示了兩個串列的合并,同時使用了未定義元素名稱的串列創建方式,注意觀測串列的輸出結果,輸出的索引表明了串列是有序的,

> l1 <- list(matrix(c(1:4), nrow = 2))
> l2 <- list(c("a", "b", "c"), 12345)
> c(l1, l2)
[[1]]
     [,1] [,2]
[1,]    1    3
[2,]    2    4

[[2]]
[1] "a" "b" "c"

[[3]]
[1] 12345

?? 提示

c() 本質上并不是創建向量的函式,c 是 combine 的縮寫,是一個合并函式,

串列元素的訪問

串列中的元素通過“[[索引]]”的形式訪問,當串列元素定義了名稱后可以使用“$名稱”或者“[["名稱"]]”的形式訪問,

> student <- list(name = "ruby", age = 18, scores = c(100, 88.5, 82))
> student[[1]]
[1] "ruby"
> student$age
[1] 18
> student[["scores"]]
[1] 100.0  88.5  82.0

對于在創建時沒有定義名稱的串列,仍然可以使用 names() 定義名稱,

> l <- list(c("a", "b", "c"), 12345)
> names(l) <- c("name1", "name2")

?? 練習

1. 試著創建一個向量,看看向量能否包含不同型別的元素,比如 c(1, "a") 會創建一個什么向量;

2. 試著對矩陣進行運算,能否求出一個矩陣的最大元素;

3. 串列通過“[索引]”與“[[索引]]”有什么不同,輸出看看;

4. list(c("a", "b", "c")) 該串列的長度是多少,

5. 試著對任意一個非空串列使用 unlist() 函式,看看會發生什么,

參考

  1. An Introduction to R
  2. R 資料型別 | 菜鳥教程
  3. R 矩陣 | 菜鳥教程
  4. R 串列 | 菜鳥教程

轉載請註明出處,本文鏈接:https://www.uj5u.com/houduan/423456.html

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    uj5u.com 2023-04-20 07:22:42 more
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