如何按名稱選擇一行以及bash或python中的前一行？

想象一下，我們有這些資料：

##sequence-region P51451 1 505
##sequence-region P22223 1 829
P22223  UniProtKB   Transmembrane   655 677 .   .   .   Note=Helical;Ontology_term=ECO:0000255;evidence=ECO:0000255 
##sequence-region Q01518 1 475
##sequence-region Q96MP8 1 289
##sequence-region Q9HCJ2 1 640
Q9HCJ2  UniProtKB   Transmembrane   528 548 .   .   .   Note=Helical;Ontology_term=ECO:0000255;evidence=ECO:0000255 
##sequence-region P48059 1 325
##sequence-region Q9UHB6 1 759
##sequence-region P16581 1 610
P16581  UniProtKB   Transmembrane   557 578 .   .   .   Note=Helical;Ontology_term=ECO:0000255;evidence=ECO:0000255

最終輸出將是獲取包含單詞“跨膜”的行及其對應的頂行：

##sequence-region P22223 1 829
P22223  UniProtKB   Transmembrane   655 677 .   .   .   Note=Helical;Ontology_term=ECO:0000255;evidence=ECO:0000255 
##sequence-region Q9HCJ2 1 640
Q9HCJ2  UniProtKB   Transmembrane   528 548 .   .   .   Note=Helical;Ontology_term=ECO:0000255;evidence=ECO:0000255 
##sequence-region P16581 1 610
P16581  UniProtKB   Transmembrane   557 578 .   .   .   Note=Helical;Ontology_term=ECO:0000255;evidence=ECO:0000255

我正在嘗試使用 grep，但我有點卡住了

謝謝！

uj5u.com熱心網友回復：

如果你有GNU grep（grepLinux 上的標準）并且你的資料在data.txt你可以使用的檔案中：

grep -w Transmembrane --before-context=1 --no-group-separator data.txt

• 該-w選項將導致匹配僅應用于輸入中的整個單詞。因此，例如，Transmembrane123將不匹配。那可能不是你想要的。
• --before-context=1導致grep在每個匹配行之前在輸入中列印一行。
• --no-group-separator導致grep在匹配行組和前一行之間不列印分隔符。通常它會列印一個包含--.

uj5u.com熱心網友回復：

您可以python按照以下方式用于此任務，讓file.txt內容為

##sequence-region P51451 1 505
##sequence-region P22223 1 829
P22223  UniProtKB   Transmembrane   655 677 .   .   .   Note=Helical;Ontology_term=ECO:0000255;evidence=ECO:0000255 
##sequence-region Q01518 1 475
##sequence-region Q96MP8 1 289
##sequence-region Q9HCJ2 1 640
Q9HCJ2  UniProtKB   Transmembrane   528 548 .   .   .   Note=Helical;Ontology_term=ECO:0000255;evidence=ECO:0000255 
##sequence-region P48059 1 325
##sequence-region Q9UHB6 1 759
##sequence-region P16581 1 610
P16581  UniProtKB   Transmembrane   557 578 .   .   .   Note=Helical;Ontology_term=ECO:0000255;evidence=ECO:0000255

然后創建檔案gettransmembrane.py保存

import fileinput
for line in fileinput.input():
    if "Transmembrane" in line:
        print(prevline,end="")
        print(line,end="")
    prevline = line

然后

python gettransmembrane.py file.txt

輸出

##sequence-region P22223 1 829
P22223  UniProtKB   Transmembrane   655 677 .   .   .   Note=Helical;Ontology_term=ECO:0000255;evidence=ECO:0000255
##sequence-region Q9HCJ2 1 640
Q9HCJ2  UniProtKB   Transmembrane   528 548 .   .   .   Note=Helical;Ontology_term=ECO:0000255;evidence=ECO:0000255
##sequence-region P16581 1 610
P16581  UniProtKB   Transmembrane   557 578 .   .   .   Note=Helical;Ontology_term=ECO:0000255;evidence=ECO:0000255

說明：fileinput是python標準庫（1）中的模塊，對于我列印的每一行，如果它確實有Transmembrane子字串，則前一行，請注意在列印后prevline = line完成。我確實將空s 指定為s，因為行的末尾已經有換行符。strend

（1）如果您僅限于處理一個您事先知道名稱的檔案，您可以選擇使用簡單檔案讀取 using open， usingfileinput允許您使用多個檔案（類似于cat命令）或 using stdin，所以如果您有以上作為另一個命令的輸出你不必制作臨時檔案，但可以將所述命令的管道輸出到python gettransmembrane.py

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