我是 bash 編程的新手,從來沒有成功在我的計算機上安裝工具。
我正在嘗試安裝床具但沒有任何成功
我在終端上輸入了以下命令
wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.29.1/bedtools-2.29.1.tar.gz
tar -zxvf bedtools-2.29.1.tar.gz
cd bedtools2
make
這些步驟似乎一切都很好,然后為了將它添加到我的路徑中,我輸入了:
echo 'export PATH="$PATH:/Users/avitrac/my_bin/bedtools2"' >> ~/.bash_profile
但是當我測驗一些基本命令時,例如 bedtools -h 它說沒有找到 bedtools 命令。
我覺得 echo 步驟或我的 bash_profil 有問題。我試圖按照我在互聯網上閱讀的說明進行操作,但我覺得我可能會犯一些錯誤。
有人可以幫助我嗎?我不明白出了什么問題以及如何解決它!
uj5u.com熱心網友回復:
看起來您不小心在您的my_bin目錄下下載并編譯了該程式。這會造成一些混亂,因此我建議從臨時目錄(例如主目錄下的目錄)運行wgetand命令。結果,編譯的二進制檔案現在位于. 我建議將該目錄移到您的目錄之外,也許是一個目錄;然后,您可以直接跳到下面的第 5 步。make/tmptmp/Users/avitrac/my_bin/bedtools2/binmy_bin~/tmp
(你可以簡單地將它留在那里cp /Users/avitrac/my_bin/bedtools2/bin/bedtools ~/my_bin,但這會無緣無故地將源代碼和編譯工件留在你的 bin 目錄下)。
mkdir ~/tmp## 如果需要的話cd ~/tmpwget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.29.1/bedtools-2.29.1.tar.gzmakecp bin/bedtools ~/my_bin/
現在可以洗掉bedtools-2.29.1.tar.gz檔案和目錄。bedtools2“通過 Github 從源代碼編譯”指令掩蓋了這個(相當典型的)用例,并省略了在臨時位置構建程式的顯式指令。
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