我有一個檔案夾，其中包含名稱如下的配對檔案：
PB3999_Tail_XYZ_1234.bam
PB3999_PB_YWZ_5524.bam
我想將檔案傳遞到 for 回圈中：
for input in `ls PB*_Tail_.bam`; do tumor=${input%_Tail_*.bam}; $gatk Mutect2 -I $input -I$tumor${*}; done
問題是，我似乎無法為腫瘤輸入找到正確的語法。我希望它通過名稱的第一部分識別配對檔案，同時忽略不匹配PB3999_PB的檔案名的后半部分。_YWZ_5524
感謝您的任何幫助！
uj5u.com熱心網友回復：
只是在問題中的腳本的前綴中替換${*}并*添加了_PB_后綴。并且，重命名變數。
for tailfname in PB*_Tail_*.bam; do
pairprefix="${tailfname%_Tail_*.bam}"
echo command with ${tailfname} ${pairprefix}_PB_*.bam
done
希望這可以幫助。這個名字tumor聽起來很嚇人。希望正確的檔案配對。
uj5u.com熱心網友回復：
我試圖完全理解你想在這里做什么。
如果您只想提取前兩個部分，應該這樣做：
echo "PB3999_Tail_XYZ_1234.bam" | cut -d '_' -f 1-2
這僅回傳“PB3999_Tail”部分。
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