遍歷列以從DESeq2資料生成PCA-有解無憂

我想生成我的批量 RNAseq 資料的 PCA，由 DESeq2 物件“vsd”中的每個變數著色。我當前的代碼如下所示（生成單個圖）：

pcaData <- plotPCA(vsd, intgroup=c("Age", "BlastRate"), returnData=TRUE)
percentVar <- round(100 * attr(pcaData, "percentVar"))
ggplot(pcaData, aes(PC1, PC2, color=Age, shape=BlastRate))  
  geom_point(size=3)  
  xlab(paste0("PC1: ",percentVar[1],"% variance"))  
  ylab(paste0("PC2: ",percentVar[2],"% variance"))  
  geom_text(aes(label=name),hjust=-.2, vjust=0)  
  ggtitle("Principal Component Analysis")

遍歷列以從 DESeq2 資料生成 PCA 誰能建議一種方法來回圈并與 vsd 的其他變數列交換“年齡”？

>head(colData(vsd),1)
DataFrame with 1 row and 14 columns
        LibSize LibDiversity PercMapped      Age SpermStatus   SpConc    SpMot Subject.Group PairedSample FertRate
       <factor>     <factor>   <factor> <factor> <character> <factor> <factor>      <factor>     <factor> <factor>
sRNA_1      Low         High       High    42-46         unk      unk      unk     Male-Male            2      Low
       BlastRate RNABatch LibPrepBatch sizeFactor
        <factor> <factor>     <factor>  <numeric>
sRNA_1       Low        1            6   0.929408

uj5u.com熱心網友回復：

讓我們模擬一些資料，因為您提供的示例太短且格式錯誤，無法進行任何操作。我假設您有大致以下結構的資料：

library(ggplot2)
library(DESeq2)

dds <- makeExampleDESeqDataSet()
colData(dds) <- cbind(colData(dds), age = runif(ncol(dds), max = 50))

dds <- DESeq(dds)
vsd <- vst(dds, nsub = 200) # 200 is for example purposes

pcaData <- plotPCA(vsd, returnData = TRUE)

接下來，我們可以選擇要作為字串向量說明的列名并回圈遍歷它們。.data使用 tidyverse 風格的非標準評估時，您可以使用代詞對特定列進行子集化。

vars <- tail(colnames(pcaData), 2)

plot_list <- lapply(vars, function(myvar) {
  
  ggplot(pcaData, aes(PC1, PC2, colour = .data[[myvar]]))  
    geom_point()
  
})

# Just to show that there are multiple plots
patchwork::wrap_plots(plot_list)

遍歷列以從 DESeq2 資料生成 PCA

^{由reprex 包于 2022-03-09 創建(v2.0.1)}

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