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最有效的方法,而不是使用np.setdiff1d和np.in1d,來洗掉具有唯一值的一維陣列的常見值

2022-10-17 12:53:09 後端開發

賞金在 7 天后到期此問題的答案有資格獲得 50聲望賞金。 Ali_Sh正在尋找一個規范的答案
這個問題已經有了答案,我想直接得到 Jerome 的賞金答案。但是,由于這個問題是一個有趣的話題,人們會回到它,我在帖子上放了一個賞金,以獲得更多的關注杰羅姆沒有解釋的可能的新專業方法。 答案可以考慮問題的任何方面(不限于原始問題的需要),例如陣列大小效應、多執行緒等。

我需要一個更快的代碼來洗掉與另一個一維陣列(陣列長度?1e5-5e5->很少達到7e5)常見的一維陣列(陣列長度?10-15)的值,它們是包含整數的索引陣列. 陣列中沒有重復,它們沒有排序,修改后的值的順序必須保留在主陣列中。我知道可以使用這樣的np.setdiff1dor np.in1d在 no-python 模式下 numba 不支持這兩者)和其他類似的帖子(例如this)沒有更有效的方法來做到這一點,但性能在這里很重要,因為所有主索引陣列中的值將在回圈中逐漸被洗掉。

import numpy as np
import numba as nb

n = 500000
r = 10
arr1 = np.random.permutation(n)
arr2 = np.random.randint(0, n, r)

# @nb.jit
def setdif1d_np(a, b):
    return np.setdiff1d(a, b, assume_unique=True)


# @nb.jit
def setdif1d_in1d_np(a, b):
    return a[~np.in1d(a, b)]

norok2為 2D 陣列提出了另一個相關的帖子,即比那里描述的通常方法快約 15 倍的解決方案(使用 numba 的類似散列的方式)。如果可以為一維陣列準備此解決方案,它可能是最好的:

@nb.njit
def mul_xor_hash(arr, init=65537, k=37):
    result = init
    for x in arr.view(np.uint64):
        result = (result * k) ^ x
    return result


@nb.njit
def setdiff2d_nb(arr1, arr2):
    # : build `delta` set using hashes
    delta = {mul_xor_hash(arr2[0])}
    for i in range(1, arr2.shape[0]):
        delta.add(mul_xor_hash(arr2[i]))
    # : compute the size of the result
    n = 0
    for i in range(arr1.shape[0]):
        if mul_xor_hash(arr1[i]) not in delta:
            n  = 1
    # : build the result
    result = np.empty((n, arr1.shape[-1]), dtype=arr1.dtype)
    j = 0
    for i in range(arr1.shape[0]):
        if mul_xor_hash(arr1[i]) not in delta:
            result[j] = arr1[i]
            j  = 1
    return result

我試圖為一維陣列做準備,但我對此有一些問題/疑問。

  • 一開始,IDU究竟做mul_xor_hash了什么,是否initk是否被任意選擇
  • 為什么mul_xor_hash沒有nb.njit
  File "C:/Users/Ali/Desktop/test - Copy - Copy.py", line 21, in mul_xor_hash
    result = (result * k) ^ x
TypeError: ufunc 'bitwise_xor' not supported for the input types, and the inputs could not be safely coerced to any supported types according to the casting rule ''safe''
  • IDK 如何mul_xor_hash在 1D 陣列上實作(如果可以的話),我猜這可能會使它比 2D 更快,所以我將輸入陣列廣播到 2D by [None, :],這會得到以下錯誤arr2
    print(mul_xor_hash(arr2[0]))
ValueError: new type not compatible with array
  • 和做delta什么

我正在尋找這方面最有效的方法。在沒有比norok2 解決方案更好的方法的情況下,如何為一維陣列準備這個解決方案?

uj5u.com熱心網友回復:

了解基于哈希的解決方案

首先,IDU mul_xor_hash 到底是做什么的,init 和 k 是否被任意選擇

mul_xor_hash是一個自定義哈希函式。眾所周知,混合異或和乘法(可能帶有移位)的函式計算原始資料緩沖區的散列相對較快。乘法往往會打亂位,并且 xor 用于以某種方式將結果組合/累加為固定大小的小值(即最終散列)。有許多不同的散列函式。在給定的背景關系中,有些比其他更快,有些比其他導致更多的沖突。導致太多沖突的快速散列函式在實踐中可能是無用的,因為它會導致需要比較所有沖突值的病態情況。這就是為什么快速散列函式難以實作的原因。

init并且k是引數肯定會導致哈希非常平衡。這在這樣的哈希函式中很常見。k乘法需要足夠大才能混洗位,并且通常也應該是素數(由于模算術行為,諸如二的冪之類的值往往會增加沖突)。init僅對非常小的陣列(例如,具有 1 個專案)起重要作用:它通過將最終哈希與非平凡常量進行異或來幫助減少沖突。事實上,如果arr.size = 1,那么result = (init * k) ^ arr[0]whereinit * k是一個常數。arr[0]擁有一個等于arr[0]例如可以除以哈希表中的桶數)。因此,init應該是一個相對較大的數字,init * k也應該是一個很大的非平凡值(素數是一個很好的目標值)。

為什么沒有 nb.njit mul_xor_hash 將無法作業

這取決于輸入。輸入需要是一維陣列,并且具有可被 8 整除的位元組原始大小(例如,64 位專案、2n x 32 位專案、4n x 16 位 1 或 8n 8 位專案)。下面是一些例子:

mul_xor_hash(np.random.rand(10))
mul_xor_hash(np.arange(10)) # Do not work with 9

以及 delta 做什么

set包含arr2行的散列,因此找到匹配行比比較沒有散列的行更快。

如何為一維陣列準備這個解決方案?

AFAIK,散列僅用于避免行比較,但這是因為輸入是二維陣列。在 1D 中,沒有這樣的問題。

這種方法有一個很大的問題:它只有在沒有哈希沖突的情況下才有效。否則,實作錯誤地假設值相等,即使它們不相等!@norok 在評論中明確提到了它:

請注意,還應實施散列的沖突處理


更快的實施

將@norok 的 2D 解決方案用于 1D 并不是一個好主意,因為散列不會使其更快地使用它們。事實上,set無論如何,a 已經在內部使用了哈希函式。更不用說需要正確實施碰撞(由 a 完成set)。

使用 aset是一個相對好的主意,因為它會導致復雜性在O(n m)wheren = len(arr1)m = len(arr2)話雖如此,如果arr1轉換為 a set,那么它將太大而無法放入 L1 快取(由于arr1您的情況的大小),從而導致緩慢的快取未命中。此外,不斷增長的大小set將導致值被重新散列,這是無效的。如果arr2轉換為 a set,那么許多哈希表提取將不會非常有效,因為arr2在您的情況下非常小。這就是為什么這個解決方案是次優的。

一種解決方案是拆分arr1成塊,然后set基于目標塊構建一個。然后,您可以檢查一個值是否在集合中或無效。由于規模不斷擴大,構建該集合的效率仍然不高。這個問題是由于 Python 本身沒有像其他語言(例如 C )那樣提供為資料結構保留一些空間的方法。避免此問題的一種解決方案是簡單地重新實作一個哈希表,這不是微不足道和麻煩的。實際上,布隆過濾器可以用來加速這個程序,因為它們可以快速找到兩個集合之間是否沒有沖突arr1并且arr2平均(盡管它們實作起來并不簡單)。

另一個優化是使用多個執行緒并行計算塊,因為它們是獨立的。話雖如此,附加到最終陣列并不容易有效地并行執行,特別是因為您不希望修改訂單。一種解決方案是將副本從并行回圈中移開并串行執行,但這很慢,AFAIK 目前在 Numba 中沒有簡單的方法可以做到這一點(因為并行層非常有限)。考慮使用 C/C 等本地語言來實作高效的并行實作。

最后,散列可能非常復雜,與使用嵌套回圈的天真實作相比,速度可能非常小,因為arr2只有很少的專案,現代處理器可以使用SIMD 指令快速比較值(而基于散列的方法幾乎無法受益來自他們在主流處理器上)。展開可以幫助撰寫一個非常簡單和快速的實作。同樣,不幸的是,Numba 在內部使用 LLVM-Jit,這似乎無法對這樣一個簡單的代碼進行矢量化(當然是由于LLVM-Jit 甚至 LLVM 本身缺少優化)。因此,非向量化代碼最終會慢一點(而不是在現代主流處理器上快 4~10 倍)。一種解決方案是使用 C/C 代碼來代替(或者可能是 Cython)。

這是使用基本回圈過濾器的串行實作:

@nb.njit('uint32(int32)')
def hash_32bit_4k(value):
    return (np.uint32(value) * np.uint32(27_644_437)) & np.uint32(0x0FFF)

@nb.njit(['int32[:](int32[:], int32[:])', 'int32[:](int32[::1], int32[::1])'])
def setdiff1d_nb_faster(arr1, arr2):
    out = np.empty_like(arr1)
    bloomFilter = np.zeros(4096, dtype=np.uint8)
    for j in range(arr2.size):
        bloomFilter[hash_32bit_4k(arr2[j])] = True
    cur = 0
    for i in range(arr1.size):
        # If the bloom-filter value is true, we know arr1[i] is not in arr2.
        # Otherwise, there is maybe a false positive (conflict) and we need to check to be sure.
        if bloomFilter[hash_32bit_4k(arr1[i])] and arr1[i] in arr2:
            continue
        out[cur] = arr1[i]
        cur  = 1
    return out[:cur]

這是一個未經測驗的變體,應該適用于 64 位整數(浮點數需要記憶體視圖,也可能需要一個素數常量):

@nb.njit('uint64(int64)')
def hash_32bit_4k(value):
    return (np.uint64(value) * np.uint64(67_280_421_310_721)) & np.uint64(0x0FFF)

請注意,如果小陣列中的所有值都包含在每個回圈的主陣列中,那么我們可以通過在找到它們時arr1[i] in arr2洗掉值來加速該部分。arr2話雖如此,碰撞和發現應該非常罕見,所以我不認為這會明顯更快(更不用說它增加了一些開銷和復雜性)。如果專案是按塊計算的,則可以直接復制最后一個塊而無需任何檢查,但好處應該仍然相對較小。請注意,此策略對于前面提到的幼稚 (C/C ) SIMD 實作可能是有效的(它可能快 2 倍左右)。


結果

以下是我基于 i5-9600KF 的機器上的結果:

setdif1d_np:          2.65 ms
setdif1d_in1d_np:     2.61 ms
setdiff1d_nb:         2.33 ms
setdiff1d_nb_faster:  0.73 ms

提供的比其他的快大約 3~4 倍。

uj5u.com熱心網友回復:

我發現散列沒有幫助。對于 2D 情況,將 1d 陣列轉換為單個數字并將它們放在一個集合中只是技巧。

下面是我轉換為一維陣列的 norok2 的方法(并添加了注釋以加快編譯速度)。請注意,這僅比您已有的方法快一點(20-30%)。當然,在第二次函式呼叫之后,首先由于編譯它會稍微慢一些。


@nb.njit('int32[:](int32[:], int32[:])')
def setdiff1d_nb(arr1, arr2):
    # : build `delta` set using hashes
    delta = set()
    for i in range(0, arr2.shape[0]):
        delta.add(arr2[i])

    # : build the result
    n = len(arr1) - len(arr2)
    result = np.empty(n, dtype=arr1.dtype)
    j = 0
    for i in range(arr1.shape[0]):
        if arr1[i] not in delta:
            result[j] = arr1[i]
            j  = 1
    return result

轉載請註明出處,本文鏈接:https://www.uj5u.com/houduan/515414.html

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