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連接和分組熊貓資料幀的有效方法

2022-10-26 18:58:32 後端開發

我有大約 150 個 CSV 檔案,格式如下:

產品名稱 成本 制造商 國家
P_0 5 輝瑞 芬蘭
P_1 10 生物科技 瑞典
P_2 12 輝瑞 丹麥
P_3 11 強生 芬蘭

每個 CSV 代表每日資料。所以前一個日期的檔案看起來像:

產品名稱 成本 制造商 國家
P_0 7 輝瑞 芬蘭
P_1 15 生物科技 瑞典
P_2 17 輝瑞 丹麥
P_3 10 強生 芬蘭

我想創建一個時間序列資料集,我可以在其中跟蹤給定國家/地區制造商的產品價格。

因此,例如,我希望能夠將瑞典 BioNTech 制造的產品 P_1 的價格發展顯示為:

日期 價格
17/10/2022 15
2022 年 10 月 18 日 10

我的嘗試:

每個 CSV 都將日期作為其名稱的一部分(例如,“data_17-10_2022”)。所以我創建了一個串列,其中包含所有 CSV 檔案的路徑,然后我遍歷這個串列,將每個 CSV 轉換為 pandas 資料框,將它們中的每一個添加到一個串列中,然后將其連接起來,然后我執行一些 groupby 操作.

def create_ts(data):
    df_list = []

    for file in data:
        match = re.search(r'\d{2}-\d{2}-\d{4}', file) # get date from file name
        date = datetime.strptime(match.group(), '%d-%m-%Y').date()

        df = pd.read_csv(file, sep = ";")
        df["date"] = date # create a new column in each df that contains the date
        df_list.append(df)

    return df_list

df_concat = pd.concat(create_ts(my_files))
df_group = df_concat.groupby(["Manufacturer", "Country", "Product Name"])

這將回傳我所追求的。但是,它非常慢(當我針對一個隨機國家、制造商和產品名稱進行嘗試時,它需要將近 10 分鐘才能運行)。

問題(我認為)是每個 CSV 大約為 40MB(180000 行和 20 列,其中我洗掉了大約 10 個不相關的列)。

我能做些什么來加快速度嗎?我嘗試安裝 modin,但我收到一條錯誤訊息,提示我需要 VS C v.14,而且我的作業計算機不允許我安裝程式,而無需與 IT 部門進行很長的程序。

uj5u.com熱心網友回復:

從根本上說,您的閱讀方法很好:據我所知,閱讀然后連接資料框是最好的方法。usecols如果您使用anddtype引數,您可以獲得一些邊際改進,read_csv但這取決于您的資料的樣子:

方法 時間 相對的
原來的 0.1512130000628531 1.5909069397118787
僅加載您需要的列 0.09676750004291534 1.0180876465175188
使用 dtype 引數 0.09504829999059439 1.0

我認為要獲得顯著的性能改進,您可能希望在 dankal444 提到的程序中的某個時刻查看快取。

您快取的內容取決于資料的變化方式,但假設檔案在您收到它們后不會更改,我可能會使用一組包含的檔案快取加載的資料幀,例如:

import pickle

dst = './fastreading.pkl'
contained_files = set()

with open(dst, 'wb') as f:
    pickle.dump((contained_files, df), f)

with open(dst, 'rb') as f:
    contained_files2, df2 = pickle.load(f)

然后,您可以檢查該檔案是否在加載程序中包含的檔案串列中。我在這里使用pickle,但還有其他更快的加載/保存資料幀的方法,這里有一些基準資料

如果您擔心檔案可能會出現,您可以在包含的檔案串列中包含時間戳或校驗和。

我推薦的另一件事是運行分析器這應該讓您很好地了解時間花在哪里。

read_csv測驗代碼:

import pandas as pd
import numpy as np
import timeit

iterations = 10
item_count = 5000

path = './fasterreading.csv'

data = {c: [i/2 for i in range(item_count)]  for c in [chr(c) for c in range(ord('a'), ord('z')   1)]}
dtypes = {c: np.float64 for c in data.keys()}

df = pd.DataFrame(data)
df.to_csv(path)

# attempt to negate file system caching effect
timeit.timeit(lambda: pd.read_csv(path), number=5)

t0 = timeit.timeit(lambda: pd.read_csv(path), number=iterations)
t1 = timeit.timeit(lambda: pd.read_csv(path, usecols=['a', 'b', 'c']), number=iterations)
t2 = timeit.timeit(lambda: pd.read_csv(path, usecols=['a', 'b', 'c'], dtype=dtypes), number=iterations)
tmin = min(t0, t1, t2)

print(f'| Method                                  | Time | Relative      |')
print(f'|------------------                       |----------------------|')
print(f'| Original                                | {t0} | {t0 / tmin}   |')
print(f'| Only load columns you need              | {t1} | {t1 / tmin}   |')
print(f'| Use dtype parameter                     | {t2} | {t2 / tmin}   |')

轉載請註明出處,本文鏈接:https://www.uj5u.com/houduan/519868.html

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