從一個檔案串列中串聯每一個其他檔案 -有解無憂

我有一個檔案清單：

MD5.txt

8530362a272d04efef64b7f1ae0d1069 NGS35_FKDN210261811-1A_H3YNKDSX2_L4_1.fq.gz
9b34bdbbb17cdb1205035e24124fed1a NGS35_FKDN210261811-1A_H3YNKDSX2_L4_2.fq.gz
00f8f992334458383fc1a5c7b06d403e NGS35_FKDN210261811-1A_H5JY3DSX2_L4_1.fq.gz
cca0e17b3dcc1e644ec1a9a4a60a851e NGS35_FKDN210261811-1A_H5JY3DSX2_L4_2.fq.gz

我想把第1和第3個檔案以及第2和第4個檔案連接起來，就像這樣：

cat NGS35_FKDN210261811-1A_H5JY3DSX2_L4_2.fq.gz

cat NGS35_FKDN210261811-1A_H3YNKDSX2_L4_1.fq.gz NGS35_FKDN210261811-1A_H5JY3DSX2_L4_1.fq.gz >NGS35_L4_1.fq.gz

cat NGS35_FKDN210261811-1A_H3YNKDSX2_L4_2.fq.gz NGS35_FKDN210261811-1A_H5JY3DSX2_L4_2.fq.gz >NGS35_L4_2.fq.gz


到目前為止，我已經得到了，但我不能把實際的檔案串聯在一起，而只是把檔案名串聯起來......
#get files names
awk -v OFS=" " '$1=$1' MD5.txt | cut -f2 > tmp

#獲取樣本ID
ID=$(sed 's/_.*//' tmp | head -1)

#獲取需要的行數
sed '1q;d' tmp > file1
sed '3q;d' tmp > file2

sed '2q;d' tmp > file3
sed '4q;d' tmp > file4

#把檔案放在一起--這不起作用！!
cat file1 file2 > ${ID}_L4_1.fq.gz
cat file1 file2 > ${ID}_L4_2.fq.gz

rm file* tmp

我相信可能有一個單行本......別緊張，我是一個臨床醫生，而不是一個生物資訊學家！
 
 我相信有一個單行本。
uj5u.com熱心網友回復：
file1, file2等的內容只是你想連接在一起的檔案名，所以你需要另一層cat，以便獲得內容。
#!/bin/bash

#get files names[/span
awk -v OFS=" " '$1=$1' MD5.txt | cut -f2 > tmp

#get sample ID
ID=$(sed 's/_.*//' tmp | head -1)

#get lines needed
cat $(sed '1q;d' tmp) $(sed '3q;d' tmp) > ${ID}_L4_1.fq.gz
cat $(sed '2q;d' tmp) $(sed '4q;d' tmp) > ${ID}_L4_2.fq.gz

rm tmp

作為一個旁觀者，我很驚訝你能把.gz檔案貓在一起，并使產生的檔案仍然 "有效"，但這對我來說確實有效，所以我也學到了一些東西。
uj5u.com熱心網友回復：
我有一個解決方案，但我相信有一個更優雅的解決方案......！
 #!
#!/bin/bash

#獲取檔案名
awk -v OFS=" " '$1=$1' MD5.txt | cut -f2 > tmp

#獲取樣本ID
ID=$(sed 's/_.*//' tmp | head -1)

#獲取需要的行數
file1=$(sed '1q;d' tmp)
file2=$(sed '3q;d' tmp)

file3=$(sed '2q;d' tmp)
file4=$(sed '4q;d' tmp)

#把檔案放在一起
cat $file1 $file2 > ${ID}_L4_1.fq.gz
cat $file1 $file2 > ${ID}_L4_2.fq.gz

rm tmp







        
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