快速入門
登陸方式
作業站只允許已經授權的用戶進行登錄，在從管理員處獲得你的賬號名和初始密碼后， Linux 或 Mac 用戶可直接從命令列登錄我們的作業站，使用 ssh 命令即可
ssh username@ip_address
username為管理員給你的賬號，ip_address為遠程主機的地址
比如：ssh zhangsan@172.18.121.14對于windows用戶，可以使用PuTTY，secureCRT,mobaterm等SSH客戶端工具，就個人而言，mobaterm官網地址使用最順手，
mobaterm使用示例
更多使用可以參考mobaterm使用
SLURM腳本---作業調度
SLURM 資源管理系統的管理物件包括：節點，磁區，作業和作業步，
-
節點：Node
- 即指計算節點
- 包含處理器、記憶體、磁盤空間等資源
- 具有空閑、分配、故障等狀態
- 使用節點名字標識
-
磁區：Partition
- 節點的邏輯分組
- 提供一種管理機制，可設定資源限制、訪問權限、優先級等
- 磁區可重疊，提供類似于佇列的功能
- 使用磁區名字標識
-
作業：Job
- 一次資源分配
- 位于一個磁區中，作業不能跨磁區
- 排隊調度后分配資源運行
- 通過作業 ID 標識
-
作業步：Jobstep
- 通過 srun 進行的任務加載
- 作業步可只使用作業中的部分節點
- 一個作業可包含多個作業步，可并發運行
- 在作業內通過作業步 ID 標識
三種模式：srun（互動模式）sbatch(批處理模式) salloc(分配模式)
名為 bcm的主機僅僅為用戶提供了登錄操作的 平臺，但程式的運行需要交給它背后的計算節點們完成，那么如何告訴作業站來運行我們的程式？ 我們需要使用作業調度系統 SLURM，它給我們提供了若干運行程式的方式，在本章節 里我們簡要介紹最常用的方式：提交 SLURM 作業腳本的批處理方式
man slurm
sacct(1), sacctmgr(1), salloc(1)分配模式, sattach(1), sbatch(1)批處理模式運行, sbcast(1), scan‐
cel(1), scontrol(1), sinfo(1), smap(1), squeue(1), sreport(1), srun(1)互動模式,
sshare(1), sstat(1), strigger(1), sview(1), slurm.conf(5), slurmdbd.conf(5),
slurmctld(8), slurmd(8), slurmdbd(8), slurmstepd(8), spank(8)
上面命令舉例說明：
srun將任務分配到運行節點中
srun -n 8 -c 1 --gres=gpu:2 --pty bash
引數說明，-n 任務個數
“ --gres = gpu：2，mic：1”，“-gres = gpu：kepler：2”和“ --gres = help”， 注意：
通用資源，顯式設定--gres的值以指定零
每個通用資源的計數或設定為“ --gres = none”或設定為對應數量
-c num 使用cpu數量
--pty bash 進入該節點的終端
-w node02 進入指定節點
squeue查看全部用戶任務情況
sacct -S MMDD則會輸出從 MM 月 DD 日起的所有歷史作業
sacct -S 0916
JobID JobName Partition Account AllocCPUS State ExitCode
------------ ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------
2635 bash defq users 8 FAILED 6:0
2636 bash defq users 8 COMPLETED 0:0
sinfo查看節點情況
defq* up infinite 1 drng node05
defq* up infinite 3 mix node[01,06-07]
defq* up infinite 2 idle node[02-03]
idle表示空閑，mix表示有任務在跑，但有空閑智源，drng表示無scontrol show jobs 顯示作業具體資訊
JobId=962 JobName=bash
UserId=zhangtao(1010) GroupId=zhangtao(1010) MCS_label=N/A
Priority=4294901079 Nice=0 Account=users QOS=normal
JobState=RUNNING Reason=None Dependency=(null)
Requeue=1 Restarts=0 BatchFlag=0 Reboot=0 ExitCode=0:0
RunTime=96-11:29:28 TimeLimit=UNLIMITED TimeMin=N/A
SubmitTime=2020-05-14T09:07:43 EligibleTime=2020-05-14T09:07:43
AccrueTime=Unknown
StartTime=2020-05-14T09:07:43 EndTime=Unknown Deadline=N/A
PreemptTime=None SuspendTime=None SecsPreSuspend=0
LastSchedEval=2020-05-14T09:07:43
Partition=defq AllocNode:Sid=bcm:10241
ReqNodeList=(null) ExcNodeList=(null)
NodeList=node05
BatchHost=node05
NumNodes=1 NumCPUs=8 NumTasks=8 CPUs/Task=1 ReqB:S:C:T=0:0:*:*
TRES=cpu=8,node=1,billing=8,gres/gpu=2
Socks/Node=* NtasksPerN:B:S:C=0:0:*:* CoreSpec=*
MinCPUsNode=1 MinMemoryNode=0 MinTmpDiskNode=0
Features=(null) DelayBoot=00:00:00
OverSubscribe=OK Contiguous=0 Licenses=(null) Network=(null)
Command=bash
WorkDir=/home/zhangtao/zy/CFF
Power=
TresPerNode=gpu:2總結起來，在作業站上進行運算的步驟如下：
-
登錄主節點，準備程式和資料，
-
撰寫 SLURM 腳本/進入互動模式，設定作業屬性（例如占用的資源，最長運行時間），
-
檢查可用資源，提交作業腳本，檢查任務狀態（使用 squeue 和 sinfo），
-
等待運行結束，驗收結果，
配置服務器個人運行環境
為了滿足同學們計算任務的需求，服務器中安裝了各種版本的軟體，大家可在同一軟體的不同版本之間切換，也可以在同一功能的不同軟體之間切換，以此來選擇最合適的編程環境和運行環境，使用系統命令 module 可以快速地達到這一效果，
module（可使用module就可彈出來）
Loading / Unloading commands:
add | load modulefile [...] Load modulefile(s)
rm | unload modulefile [...] Remove modulefile(s)
purge Unload all loaded modulefiles
reload | refresh Unload then load all loaded modulefiles
switch | swap [mod1] mod2 Unload mod1 and load mod2
Listing / Searching commands:
list [-t|-l] List loaded modules
avail [-d|-L] [-t|-l] [mod ...] List all or matching available modules
aliases List all module aliases
whatis [modulefile ...] Print whatis information of modulefile(s)
apropos | keyword | search str Search all name and whatis containing str
is-loaded [modulefile ...] Test if any of the modulefile(s) are loaded
is-avail modulefile [...] Is any of the modulefile(s) available
info-loaded modulefile Get full name of matching loaded module(s)
Collection of modules handling commands:
save [collection|file] Save current module list to collection
restore [collection|file] Restore module list from collection or file
saverm [collection] Remove saved collection
saveshow [collection|file] Display information about collection
savelist [-t|-l] List all saved collections
is-saved [collection ...] Test if any of the collection(s) exists
Shell's initialization files handling commands:
initlist List all modules loaded from init file
initadd modulefile [...] Add modulefile to shell init file
initrm modulefile [...] Remove modulefile from shell init file
initprepend modulefile [...] Add to beginning of list in init file
initswitch mod1 mod2 Switch mod1 with mod2 from init file
initclear Clear all modulefiles from init file
Environment direct handling commands:
prepend-path [-d c] var val [...] Prepend value to environment variable
append-path [-d c] var val [...] Append value to environment variable
module avail
blacs/openmpi/gcc/64/1.1patch03 intel-tbb-oss/ia32/2019_20191006oss
blas/gcc/64/3.8.0 intel-tbb-oss/intel64/2019_20191006oss
bonnie++/1.97.3 iozone/3_482
cm-pmix3/3.1.4 keras-py36-cuda10.1-gcc/2.3.1
cuda10.1/blas/10.1.243 lapack/gcc/64/3.8.0
cuda10.1/fft/10.1.243 ml-pythondeps-py36-cuda10.1-gcc/3.0.0
cuda10.1/nsight/10.1.243 mpich/ge/gcc/64/3.3
cuda10.1/profiler/10.1.243 mvapich2/gcc/64/2.3
cuda10.1/toolkit/10.1.243 nccl2-cuda10.1-gcc/2.4.8
cudnn/7.5.0 netcdf/gcc/64/4.6.1
default-environment netperf/2.7.0
fftw2/openmpi/gcc/64/double/2.1.5 openblas/dynamic(default)
fftw2/openmpi/gcc/64/float/2.1.5 openblas/dynamic/0.2.20
fftw3/openmpi/gcc/64/3.3.8 opencv3-py36-cuda10.1-gcc/3.4.7
gcc5/5.5.0 openmpi/cuda/64/3.1.4
gdb/8.2 openmpi/gcc/64/1.10.7
globalarrays/openmpi/gcc/64/5.7 protobuf3-gcc/3.7.1
hdf5/1.10.1 pytorch-py36-cuda10.1-gcc/1.3.0
hdf5_18/1.8.20 scalapack/openmpi/gcc/64/2.0.2
hpcx/2.4.0 sge/2011.11p1
hpl/2.2 slurm/18.08.8
hwloc/1.11.11 tensorflow-py36-cuda10.1-gcc/1.14.0
可以看出集群自帶的核心模塊數量，可以使用module add+模塊名加載或者module initadd+模塊名加載(初始化加載)
加載的模塊都在~/.bashrc中可以看到
module list查看當前加載的模塊
Currently Loaded Modulefiles:
1) slurm/18.08.8 2) cuda10.1/toolkit/10.1.243
洗掉與替換 module
如果要把某個模塊從系統環境中刪掉，需要使用
$ module remove <module name>
如果要洗掉全部的模塊，可以直接使用$ module purge
一個模塊洗掉之后，你將無法直接使用與之相關的命令，對應軟體的執行目錄無法被直接訪問，或者是還原成系統默認的版本，有的時候，模塊之間會有所沖突，你無法在同一時間同時加載兩個模塊，例如同一軟體的不同版本，或者是介面相同的不同軟體，當你載入其中一個后，再載入另一個就會出錯使用conda創建屬于你自己的虛擬環境
conda info -e查看有哪些虛擬環境
conda activate +虛擬環境名稱激活虛擬環境
創建虛擬環境并制定python版本
conda create -n your_env_name python=X.X
conda洗掉虛擬環境
conda remove -n tf2 --all
使用圖形化界面
通常情況下，在集群中我們都在命令列中操作，但是有時我們需要打開某些軟體的圖形 界面，此時我們需要借助 X11 轉發，
注意：在網路不好的時候請謹慎使用此功能，此時經過 X11 轉發的界面操作起來有 明顯卡頓，盡量在校內有線網或信號較好的無線網的環境下使用
Linux
在 Linux 環境中啟用 X11 轉發非常簡單，只需要在登錄時加入 -X 引數，
xxk@laptop: $ ssh -X user@server_ip
此后登錄集群可以直接輸入命令開啟圖形界面的程式，例如
matlab
MATLAB is selecting SOFTWARE OPENGL rendering.
firefox
Failed to open connection to "session" message bus: Using X11 for dbus-daemon autolaunch was disabled at compile time, set your DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS instead
Running without a11y support!
Windows
使用 MobaXterm
推薦使用 MobaXterm 客戶端進行連接，官網地址>>
在默認情況下 MobaXterm 會自動打開 X11 的轉發，因此只需正常登錄然后直接輸入 打開軟體的命令即可
傳輸檔案
我們經常會將我們本地的一些檔案上傳到作業站上，或是從作業站下載檔案，這些作業用命令列可以輕松完成，
建議在傳輸檔案之前對要傳輸的檔案進行打包，以便有更高的傳輸效率，在 Linux 下可以使用 tar 工具進行打包，
$ tar -cjf archive.tar.bz2 folder1/ folder2/
上面的命令是將兩個檔案夾下的所有檔案打包到 archive.tar.bz2 檔案中，并進行一定壓縮，在作業站打包資料建議使用這個命令，
Windows 用戶可以使用 WinRAR 或者 Zip 進行打包，
在服務器中，相應的解包命令為
$ tar -xjf archive.tar.bz2
$ unzip archive.zip
$ unrar e archive.rar
Linux 或 Mac
使用 scp
在命令列中可以使用 scp 命令進行傳輸檔案，這是依賴于 SSH 的一個命令，如果已經配置了 SSH 無密碼 登錄那么每次復制將不必輸入密碼，否則，每次傳輸檔案都需要輸入密碼，
以下命令均在本地計算機中執行，
$ scp file username@ip_address:
$ scp file username@ip_address:Documents/
上面的第一條命令即可將 file 傳輸到作業站相應賬號的 HOME 檔案夾下，如果想要指定目錄，可以直接寫 相對于 HOME 檔案夾的路徑，例如第二條命令，
如果要使用 scp 命令復制檔案夾，需要加上 -r 引數，
$ scp -r folder username@ip_address:
從服務器傳輸檔案到本地只需將兩個引數的位置調換，
$ scp username@ip_address:file .
在這里我們使用 . 來表示本地的當前路徑，
使用 rsync
rsync 是強大的同步檔案的命令列工具，它比 scp 更加智能，rsync 支持從本地到本地， 從本地到服務器，從服務器到本地的檔案傳輸，使用 rsync 訪問服務器依賴于 SSH 的 配置，下面的例子假定用戶已經配置了 SSH 無密碼登錄，
傳輸檔案
rsync 基本的傳輸檔案命令為
# 下載檔案
rsync [OPTION...] [USER@]HOST:SRC... [DEST]
# 上傳檔案
rsync [OPTION...] SRC... [USER@]HOST:DEST
其中 SRC 表示來源的路徑，DEST 表示目標路徑，由于要訪問服務器，因此當來源或 目標不是本地時，需要指定服務器的用戶和主機名，用戶和主機名的指定可以直接使用 SSH 的 .ssh/config 表示的格式，
因此上傳可用
# 假設已經配好了 SSH config，server 表示的主機有意義
rsync -avz folder server:
# 如果沒有配置 SSH config
rsync -avz folder user@server_ip:
其中的三個選項，a 表示歸檔模式，在這個模式下傳輸將遞回地進行，并保留檔案的 權限資訊；v 表示將中間資訊輸出；z 表示在傳輸程序中進行壓縮來減少傳輸量， 下載只需要將 SRC 和 DEST 的地位對換，
rsync 的優勢在于，每次在傳輸之前會對檔案進行比較，只會傳輸那些真正改變的檔案， 在多數情況下會極大減小傳輸量，下面是一個例子，
[liuhy@laptop ~]$ ls test/
total 0 # test 檔案夾只有三個檔案
-rw-rw-r--. 1 liuhy liuhy 0 Jul 1 15:25 1.txt
-rw-rw-r--. 1 liuhy liuhy 0 Jul 1 15:25 2.txt
-rw-rw-r--. 1 liuhy liuhy 0 Jul 1 15:25 3.txt
# 使用 rsync 上傳
[liuhy@laptop ~]$ rsync -avz test server:
sending incremental file list
test/
test/1.txt
test/2.txt
test/3.txt
sent 213 bytes received 80 bytes 195.33 bytes/sec
total size is 0 speedup is 0.00
# 創建新檔案 4.txt
[liuhy@laptop ~]$ echo "hello world" >> test/4.txt
[liuhy@laptop ~]$ rsync -avz test server:
sending incremental file list
test/
test/4.txt # <- 只上傳了這一個檔案！
sent 184 bytes received 42 bytes 150.67 bytes/sec
total size is 12 speedup is 0.05
同步時洗掉
使用 rsync 上傳檔案時，如果 SRC 的檔案比 DEST 的檔案要少時，rsync 默認不會去 處理 DEST 多出來的檔案，如果要實作真的的完全同步，即洗掉 DEST 多出來的檔案，需要 給 rsync 加上 --delete 選項，
接著上面的例子，在本地洗掉 1.txt，并告訴服務器也要洗掉這個檔案
[liuhy@laptop ~]$ rm test/1.txt # 洗掉 1.txt
[liuhy@laptop ~]$ rsync -avz --delete test server:
sending incremental file list
test/
deleting test/1.txt # <- 在做洗掉操作！
sent 113 bytes received 37 bytes 100.00 bytes/sec
total size is 12 speedup is 0.08
斷點續傳
rsync 的同步演算法只能針對整個的檔案，默認情況下，如果檔案傳輸不完整，rsync 會 扔掉這些檔案，在下次傳輸的時候重新處理，當要傳輸單個大檔案時，由于網路等多方面 原因，傳輸很難一次完成，這時候就需要斷點續傳功能，
# 使用 rsync 指定 --partial 選項來保留傳輸未完成的檔案
[liuhy@laptop Downloads]$ rsync -avz --partial --progress gcc-7.3.0.tar.xz server:
sending incremental file list
gcc-7.3.0.tar.xz
36,208,640 57% 11.43MB/s 0:00:02 ^CKilled by signal 2.
# ^ 使用 Ctrl+C 強制終止
rsync error: unexplained error (code 255) at rsync.c(638) [sender=3.1.2]
# 指定 --append 選項來傳輸未完成的檔案
[liuhy@laptop Downloads]$ rsync -avz --append --progress gcc-7.3.0.tar.xz server:
sending incremental file list
gcc-7.3.0.tar.xz
62,462,388 100% 11.71MB/s 0:00:02 (xfr#1, to-chk=0/1)
sent 26,481,503 bytes received 34 bytes 7,566,153.43 bytes/sec
total size is 62,462,388 speedup is 2.36
# ^ 注意這是從 57% 開始傳的，sent 和 total size 不一樣，
將作業站目錄掛載到本地
如果不想使用 scp 命令，可以利用 sshfs 將服務器的 HOME 目錄掛載到本地，這并不會消耗你本地的存盤空間，
首先，使用如下命令安裝 sshfs 應用
$ sudo apt install sshfs
其中 apt 是 ubuntu/debian 的安裝包管理器，如果你在使用其它 Linux 發行版，請使用相應的安裝包管理器進行安裝，
安裝完畢后，在你喜歡的本地目錄下建立掛載點，為了方便，可以選擇個人的本地 HOME 檔案夾，
$ mkdir workstation
其中 workstation 為掛載點的名稱，可以隨意填寫，
最后，將服務器端的 HOME 檔案夾掛載到本地
$ sshfs username@ip_address: workstation
其中 username 為你用戶名，ip_address為服務器的地址，上面命令的最后一個 workstation 表示將服務器檔案夾掛載到剛創建的掛載點 workstation 上，使用時請將其替換成你實際創建掛載點的路徑，
掛載成功后，你可以從掛載點處（在本說明中為本地 HOME 檔案夾下的 workstation 目錄）直接訪問你的服務器遠端的目錄，非常方便，
當你不需要使用服務器檔案時，需要將服務器掛載目錄卸載，命令為
$ fusermount -u workstation
其中 workstation 為你事先創建好的掛載點，卸載前請確保本地沒有程式在使用遠程目錄下的檔案，
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