背景
Sentieon建議使用jemalloc來改善Sentieon應用程式中的記憶體管理和整體性能，尤其是Sentieon bwa-mem，有時在安裝運行程序中會出現報錯：
ERROR: ld.so: object '/usr/lib64/libjemalloc.so.2' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. Failed to contact the license server at 10.10.10.1:8990
Jemalloc 是一個記憶體分配器，針對多執行緒方案中的高記憶體分配性能和更少的記憶體碎片進行了優化，可通過以下辦法，修復這個ERROR，有關 jemalloc的更多資訊，請參考 https://github.com/jemalloc/jemalloc
Sentieon建議安裝一個預構建包，用戶可能需要root 訪問權限才能完成安裝， RHEL/CentOS 8.x安裝步驟
yum install epel-release
yum install jemalloc
默認情況下，安裝在
/usr/lib64/libjemalloc.so.2
RHEL/CentOS 7.x
yum install epel-release
yum install jemalloc
默認情況下，安裝在
/usr/lib64/libjemalloc.so.1
Ubuntu 20.04
apt update
apt install libjemalloc2
默認情況下，安裝在
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.2
Ubuntu 18.04
apt update
apt install libjemalloc1
默認情況下，安裝在
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.1
沒有預構建軟體包的其他系統，請參考jemalloc GitHub頁面，https://github.com/jemalloc/jemalloc以獲取有關如何構建和安裝 jemalloc 的更多資訊，
在Sentieon流程中加載jemalloc
可以使用環境變數在運行時加載jemalloc庫到Sentieon中，
例如，在CentOS 8.x 系統上，在運行Sentieon 工具之前，您可以使用以下代碼設定環境變數：
export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2
Sentieon基因資料分析加速軟體 -官方試用下載 (insvast.com)
轉載請註明出處，本文鏈接：https://www.uj5u.com/qita/556698.html
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