我已經下載了 Pfam 資料庫，但為了繼續我的作業，我需要將其拆分為不同的單獨檔案。我嘗試使用命令 hmmfetch 來做到這一點：
Usage: hmmfetch [options] -f <hmmfile> <keyfile> (retrieves all HMMs in <keyfile>)
按照這個程序，我可以檢索一些 Hmm，但我必須在密鑰檔案中指定名稱。這種方法不方便，因為我必須檢索原始檔案中存在的所有 Hmm。
我嘗試做的下一件事是使用以下命令將原始檔案拆分為單獨的檔案：
csplit --digits=2 --quiet --prefix=hmm Pfam-A.hmm "//// 1" "{*}"
這可以很好地將檔案拆分為單獨的檔案，我唯一不知道的是如何為每個檔案指定 hmm 的名稱。每個 hmm 檔案如下所示：
HMMER3/f [3.1b2 | February 2015]
NAME 120_Rick_ant
ACC PF12574.11
DESC 120 KDa Rickettsia surface antigen
LENG 238
ALPH amino
RF no
MM no
CONS yes
CS no
MAP yes
DATE Tue Oct 12 02:07:11 2021
NSEQ 2
EFFN 0.449219
CKSUM 3984216663
GA 25 25;
TC 39.8 39.6;
NC 23.6 21.2;
BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
SM hmmsearch -Z 61295632 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
STATS LOCAL MSV -10.8956 0.70336
STATS LOCAL VITERBI -11.6161 0.70336
STATS LOCAL FORWARD -5.3029 0.70336
HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
m->m m->i m->d i->m i->i d->m d->d
COMPO 2.48852 4.43316 2.82069 2.56851 3.39369 2.73712 3.79297 2.89060 2.54228 2.53662 3.76796 3.01951 3.39446 3.08353 3.05948 2.67787 2.83658 2.66102 4.89473 3.44979
2.68618 4.42225 2.77519 2.73123 3.46354 2.40513 3.72494 3.29354 2.67741 2.69355 4.24690 2.90347 2.73739 3.18146 2.89801 2.37887 2.77519 2.98518 4.58477 3.61503
0.03268 3.83303 4.55537 0.61958 0.77255 0.00000 *
1 3.11165 4.58599 4.12585 3.76620 3.12182 3.93147 4.43434 2.32453 3.53431 0.92536 3.15834 4.04543 4.37407 3.91210 3.71656 3.49871 3.40796 2.35149 4.98612 3.70011 1 l - - -
2.68618 4.42225 2.77519 2.73123 3.46354 2.40513 3.72494 3.29354 2.67741 2.69355 4.24690 2.90347 2.73739 3.18146 2.89801 2.37887 2.77519 2.98518 4.58477 3.61503
0.03268 3.83303 4.55537 0.61958 0.77255 0.48576 0.95510
2 1.07216 4.17353 3.42348 3.21371 4.01396 2.99897 4.24029 3.13365 3.22896 3.01700 4.05375 3.37300 3.73453 3.57391 3.48180 2.52446 2.79912 2.79493 5.44509 4.24110 2 a - - -
2.68618 4.42225 2.77519 2.73123 3.46354 2.40513 3.72494 3.29354 2.67741 2.69355 4.24690 2.90347 2.73739 3.18146 2.89801 2.37887 2.77519 2.98518 4.58477 3.61503
0.03268 3.83303 4.55537 0.61958 0.77255 0.48576 0.95510
3 2.91965 5.02079 2.47306 1.08285 4.36227 3.24954 3.83381 3.80837 2.70946 3.43216 4.40865 2.91254 3.85246 3.05076 3.11366 2.90651 3.22382 3.49656 5.54134 4.26436 3 e - - -
...
//
使用我的命令方法，這個檔案被稱為“hmm01”，但我希望它被命名為“120_Rick_ant.hmm”。有誰知道可以解決問題的方法？提前致謝！
uj5u.com熱心網友回復：
使用 GNU/BSD awk 的基本解決方案：
#!/bin/bash
while read -r id filename
do
echo mv "$filename" "$id".hmm
done < <(awk '$1 == "NAME" {print $2,FILENAME; nextfile}' hmm*)
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