將更多資料添加到其他df的熱圖中

我需要你的幫助！我正在繪制熱圖并且沒有任何錯誤，但我不知道如何解決它，因為我沒有看到任何類似的帖子。我有2個資料框：

DF1：

Basal   HER2    LumA    LumB
GATA3   -0.198  0.001   0.497   0.138
IL2RA   -0.186  0.081   0.157   0.267
PRKCQ   -0.235  -0.002  0.157   0.267
WNK1    -0.829  NA  0.110   0.158
NOTCH2  -0.895  -0.237  -0.036  0.423
SEC22B  -0.848  -0.077  -0.032  0.484
APCS    -0.757  -0.184  0.031   0.877
CD160   -0.848  -0.077  -0.032  0.484
CRP -0.757  -0.184  0.030   0.901
PGLYRP3 -0.509  -0.391  0.043   0.402
PGLYRP4 -0.509  0.391   0.060   0.402
RORC    -0.567  -0.338  0.085   0.371
S100A12 -0.509  -0.391  0.060   0.402
S100A7  -0.522  -0.419  0.060   0.400
S100A8  -0.509  -0.391  0.060   0.402
S100A9  -0.509  -0.391  0.060   0.402
SLAMF6  -0.7    -0.246  0.038   0.771
ANKRD20A12P -0.848  -0.077  -0.032  0.484
AGPAT6  -0.570  0.521   -0.457  -0.476
IKBKB   -0.646  0.521   -0.392  -0.551
FADD    -0.099  -0.244  -0.229  0.212
GSTP1   -2.130  0.056   -0.654  -0.352
BAI1    0.331   0.285   -0.354  -0.264
ACE -0.610  -0.229  0.142   0.322
ICAM2   -0.771  -0.107  0.166   0.411
MILR1   -0.890  -0.213  0.177   0.321
PHB NA  -0.630  0.347   0.007
PSMC5   -0.963  -0.045  0.170   0.408
PSMD3   -0.911  -0.527  0.300   0.449
SFRP1   -0.275  0.676   0.398   -0.275

DF2（p 值）：

    Basal   HER2    LumA    LumB
GATA3   0.544   0.974   0.514   0.629
IL2RA   0.640   0.758   0.985   0.521
PRKCQ   0.473   0.975   0.985   0.521
WNK1    0.055   NA  0.687   0.315
NOTCH2  0.023   0.584   0.707   0.927
SEC22B  0.031   0.948   0.703   0.851
APCS    0.127   0.900   0.369   0.201
CD160   0.031   0.948   0.703   0.851
CRP 0.127   0.900   0.385   0.126
PGLYRP3 0.245   0.379   0.350   0.206
PGLYRP4 0.245   0.379   0.281   0.206
RORC    0.166   0.502   0.203   0.431
S100A12 0.245   0.379   0.281   0.206
S100A7  0.225   0.379   0.281   0.262
S100A8  0.245   0.379   0.281   0.206
S100A9  0.245   0.379   0.281   0.206
SLAMF6  0.150   0.753   0.366   0.177
ANKRD20A12P 0.031   0.948   0.703   0.851
AGPAT6  0.233   0.060   0.006   0.050
IKBKB   0.156   0.060   0.024   0.018
FADD    0.448   0.393   0.037   0.489
GSTP1   0.200   1.000   0.002   0.438
BAI1    0.821   0.442   0.033   0.213
ACE 0.985   0.243   0.303   0.502
ICAM2   0.667   0.587   0.213   0.231
MILR1   0.503   0.330   0.276   0.492
PHB NA  0.025   0.053   0.847
PSMC5   0.424   0.776   0.212   0.278
PSMD3   0.436   0.035   0.215   0.131
SFRP1   0.510   0.013   0.021   0.510

我已經使用以下代碼繪制了其中一個的熱圖：

require(reshape)
library(ggplot2)

CD8.m = melt(CD8)
colnames(CD8.m) <- c('Genes','CD8', 'rho')

ggplot(data = data.frame(CD8.m), aes(x = Genes, y = CD8, fill = rho))   
  geom_tile()   scale_fill_gradient2(low = "blue", mid = "white", high = "red")   
  scale_x_discrete(expand = c(0, 0))   scale_y_discrete(expand = c(0, 0))   
  theme(axis.text.x = element_text(vjust=0.6, angle=45))    
   geom_text(aes(label = rho), color = "black", size = 1) 

熱圖看起來像：

但是現在我想geom_text在括號中的標簽下方添加 p 值，如果 p 值 <0.05，它應該是粗體。任何幫助都不僅僅是歡迎！謝謝！！

uj5u.com熱心網友回復：

您也需要轉換DF2為長格式。然后，您可以將 p 值用作標簽，方法是將DF2其作為引數傳遞給不同的geom_text呼叫。您還可以將fontface美學映射到 p 值，以獲得“顯著*” p 值的粗體字體。最后，您需要將 p 值標簽往下推一點。

DF2.m <- melt(DF2)
colnames(DF2.m) <- c('Genes','CD8', 'pval')

ggplot(data = data.frame(CD8.m), aes(x = Genes, y = CD8))   
  geom_tile(aes(fill = rho))   
  scale_fill_gradient2(low = "blue", mid = "white", high = "red")   
  scale_x_discrete(expand = c(0, 0))   
  scale_y_discrete(expand = c(0, 0))   
  theme(axis.text.x = element_text(vjust = 0.6, angle = 45))    
  geom_text(aes(label = rho), color = "black", size = 3)  
  geom_text(data = DF2.m, aes(label = pval, 
                              fontface = as.numeric(pval < 0.05)   1), 
            nudge_y = -0.1, size = 3)

這里需要注意的幾點是，首先這個圖相當難以辨認，最好找到另一種方式來呈現資料。其次，您正在查看 120 個不同的 p 值，因此我們預計這些 p 值中大約有 6 個純粹是偶然地小于 0.05。您可能需要考慮使用 Bonferroni 校正或類似方法向下修改 p 值。

標籤：r ggplot2 热图

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