awk：處理日志和搜索模式

我正在使用按以下格式排列的日志填充：

f?dfFinding intramodel H-bonds
Constraints relaxed by 0.5 angstroms and 20 degrees
Models used:
    1.1 SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb
    1.2 SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb
    1.3 SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb
    1.4 SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb
    1.5 SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb
    1.6 SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb
    1.7 SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb
    1.8 SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb
    1.9 SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb
    1.10 SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb
    1.11 SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb
    1.12 SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb
    1.13 SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb
    1.14 SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb

14 H-bonds
H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.1/? ASN 142 ND2   SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.1/A UNL 888 O   SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.1/? ASN 142 1HD2   3.102  2.145
SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.3/? GLU 166 N     SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.3/A UNL 888 O   SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.3/? GLU 166 H      3.011  2.024
SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.4/? GLU 166 N     SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.4/A UNL 888 O   SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.4/? GLU 166 H      3.037  2.132
SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.5/? HIS 163 NE2   SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.5/A UNL 888 O   no hydrogen                                                   3.388  N/A
SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.5/? GLU 166 N     SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.5/A UNL 888 O   SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.5/? GLU 166 H      2.806  1.792
SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.7/? THR 26 N      SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.7/A UNL 888 O   SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.7/? THR 26 H       3.093  2.142
SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.7/? GLY 143 N     SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.7/A UNL 888 O   SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.7/? GLY 143 H      3.030  2.193
SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.9/? GLN 189 NE2   SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.9/A UNL 888 O   SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.9/? GLN 189 2HE2   3.052  2.301
SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.10/? GLU 166 N    SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.10/A UNL 888 O  SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.10/? GLU 166 H     2.854  1.868
SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.12/? GLY 143 N    SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.12/A UNL 888 O  SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.12/? GLY 143 H     3.103  2.070
SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.13/? GLY 143 N    SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.13/A UNL 888 O  SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.13/? GLY 143 H     3.161  2.224
SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.13/? CYS 145 SG   SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.13/A UNL 888 O  SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.13/? CYS 145 HG    3.421  2.842
SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.14/? ASN 142 ND2  SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.14/A UNL 888 O  SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.14/? ASN 142 2HD2  3.055  2.465
SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.14/? CYS 145 N    SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.14/A UNL 888 O  SarsCov2_structure49R_nsp5holo_rep1.pdb #1.14/? CYS 145 H     2.924  2.143

我需要找到“GLU 166 N”模式的第一次出現，并在模式之前將出現在同一行的數字列印為#1.number/?，與此模式相關聯。所以在示例中檢測到的數字應該是 3（因為關聯數字是#1.3/？）。

我將從基本的模式檢測開始

awk '/GLU 166 N/' file

但是如何正確找到模式之前定義的數字并將其列印為輸出？最后，如果找不到模式，我希望腳本列印 1。

uj5u.com熱心網友回復：

$ awk -vn=1 '/GLU 166 N/ {gsub(/.*\.|\/\?/,"",$2); n=$2; exit} END {print n}' file
3
$ awk -vn=1 '/GLU 166 N/ {gsub(/.*\.|\/\?/,"",$2); n=$2; exit} END {print n}' /dev/null
1

您要查找的是第二個欄位 ( $2)。gsub(/.*\.|\/\?/,"",$2)替換$2直到（包括）句點的所有前導字符，以及/?空字串的尾隨。

uj5u.com熱心網友回復：

使用 GNU awk 作為第三個引數match()：

$ awk 'match($0,/([0-9] ).. GLU 166 N /,a){print a[1]; exit}' file
3

或使用任何 awk：

$ awk 'match($0,/[0-9] .. GLU 166 N /){sub("/.*",""); print substr($0,RSTART); exit}' file
3

$ awk 'match($0,/[0-9] .. GLU 166 N /){print substr($0,RSTART,RLENGTH-13); exit}' file
3

uj5u.com熱心網友回復：

如果GNU awk有哪些支持gensub功能可用，請嘗試：

awk '/GLU 166 N/ {
    print gensub(/^.*#1\.([0-9] )\/\? GLU 166 N.*$/, "\\1", 1)
    exit
}'  file

正則運算式^.*#1\\.([0-9] )/\\? GLU 166 N.*$匹配帶有 substring 的行#1.<number>/? "GLU 166 N。<number>在正則運算式 as 中用括號括起來的部分([0-9] )被捕獲為組 1，然后將整行替換為指定為替換的組 1，\\1然后將其作為結果列印。
或者，您可以說GNU sed：

sed -nE '0,/GLU 166 N/s|^.*#1\.([0-9] )/\? GLU 166 N.*|\1|p' file

address 0,/pattern/，其中 0 特定于GNU sed作為起始行，使腳本在第一個模式匹配后立即退出。

標籤：重击 awk

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