嘗試使用Boost對Rcpp進行T測驗：“未命名成員”錯誤

我正在嘗試通過使用 Rcpp 更快地在 R 中進行一些統計計算。首先，我用 R 撰寫代碼。然后我使用 Qt Creator 用 C 撰寫代碼，這需要我使用 Boost 包。現在，當我嘗試使用sourceCpp()編譯一個簡單的函式時boost::math::statistics::two_sample_t_test()，我得到 了兩個錯誤——單擊此處查看它在 RStudio 中的外觀。

/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/BH/include/boost/compute/algorithm/random_shuffle.hpp
在命名空間“std”中沒有名為“random_shuffle”的成員；你的意思是簡單的'random_shuffle'嗎？

~/Documents/Research/P-value correction project/Perm FDR with C using Rcpp/PermFDR_R/Rcpp.cpp
no member named 'two_sample_t_test' in namespace 'boost::math::statistics'

這是發生這種情況時彈出的 /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/BH/include/boost/compute/algorithm/random_shuffle.hpp 中代碼的螢屏截圖。

這是R代碼。

library(Rcpp)
library(rstudioapi)
library(BH)

Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"="-std=c  17")
sourceCpp("Rcpp.cpp")

這是 C 代碼。

//[[Rcpp::depends(BH)]]
#include <Rcpp.h>
#include <vector>
#include <cmath>
#include <iostream>
#include <random>
#include <boost/math/statistics/t_test.hpp>
#include <boost/math/distributions/students_t.hpp>
#include <boost/math/tools/univariate_statistics.hpp>
#include <boost/compute/algorithm/random_shuffle.hpp>
#include <boost/accumulators/accumulators.hpp>
#include <boost/accumulators/statistics/stats.hpp>
#include <boost/accumulators/statistics/mean.hpp>
#include <iomanip>
#include <numeric>
#include <random>

//[[Rcpp::plugins(cpp17)]]

using namespace std;
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

/*
 * Performs a T test on the measurements according to the design (1s and 2s)
 * and returns a P value.
 */
double designTTest(vector<double> ints, vector<int> design) {
  if (ints.size() != design.size()) {
    cout << "ERROR: DESIGN VECTOR AND MEASUREMENT VECTOR NOT EQUAL IN LENGTH!";
    throw;
  }
  
  vector<double> cIntensities;
  vector<double> tIntensities;
  
  for (int i = 0; i < design.size(); i  ) {
    if (design[i] == 1) {
      cIntensities.push_back(ints[i]);
    } else if (design[i] == 2) {
      tIntensities.push_back(ints[i]);
    } else {
      cout << "ERROR: DESIGN SYMBOL IS NOT 1 OR 2!";
      throw;
    }
  }
  
  auto [t, p] = boost::math::statistics::two_sample_t_test(cIntensities, tIntensities);
  return p;
}

// [[Rcpp::export]]
double ttestC(NumericVector ints, NumericVector design) {
  vector<double> intVec = as<std::vector<double>>(ints);
  vector<int> designVec = as<std::vector<int>>(design);
  return designTTest(intVec, designVec);
}

謝謝！！

uj5u.com熱心網友回復：

您的問題有很多內容，我不確定我是否理解所有內容（“設計排序”非常不清楚）。

但是，我可以幫助您了解via的機制Rcpp和使用。我可以提出一些改變：BoostBH

• 您不需要指定 C 11 或 C 17；在最新版本下，R 已經默認為 C 14（如果編譯器支持）（編輯：我們重新添加 C 17 以確保結構化系結有效）
• 你不需要所有這些標題：我們需要一個for Rcpp，一個forBoost
• 我反對using namespace ...并建議明確命名
• 你不需要 R 向量的包裝器，std::vector<...>就像Rcpp你需要的那樣
• 我通過簡化錯誤報告Rcpp::stop()

有了這一切，再加上一個運行該函式的迷你演示，您的代碼變得更簡單、更短。

代碼

// [[Rcpp::depends(BH)]]
// [[Rcpp::plugins(cpp17)]]

#include <Rcpp.h>
#include <boost/math/statistics/t_test.hpp>

// Performs a T test on the measurements according to the design (1s and 2s)
// and returns a P value.
// [[Rcpp::export]]
double designTTest(std::vector<double> ints, std::vector<double> design) {
    if (ints.size() != design.size()) Rcpp::stop("ERROR: DESIGN VECTOR AND MEASUREMENT VECTOR NOT EQUAL IN LENGTH!");
    std::vector<double> cIntensities, tIntensities;
    for (size_t i = 0; i < design.size(); i  ) {
        if (design[i] == 1) {
            cIntensities.push_back(ints[i]);
        } else if (design[i] == 2) {
            tIntensities.push_back(ints[i]);
        } else {
            Rcpp::stop("ERROR: DESIGN SYMBOL IS NOT 1 OR 2!");
        }
    }

    auto [t, p] = boost::math::statistics::two_sample_t_test(cIntensities, tIntensities);
    return p;
}

/*** R
designTTest(c(1,2,1,2,1), c(2,1,2,1,2))
*/

我們可以將其用于編譯和示例（可能包含無意義的資料）。

輸出

> Rcpp::sourceCpp("~/git/stackoverflow/72652032/answer.cpp")

> designTTest(c(1,2,1,2,1), c(2,1,2,1,2))
[1] 0
> 

我洗掉了一堆編譯噪音，當您添加-Wno-parentheses到您的CXXFLAGSin時，這些噪音就會消失~/.R/Makevars。CRAN 不允許我（作為BH維護者）保持上游#pragmas如此嘈雜，它是......

uj5u.com熱心網友回復：

在完整的編譯器輸出中，boost 告訴您不應該包含<boost/math/tools/univariate_statistics.hpp>. 你應該包括<boost/math/statistics/univariate_statistics.hpp>：

/usr/include/boost/math/tools/univariate_statistics.hpp:15:1: note: ‘#pragma message: This header is deprecated. Use <boost/math/statistics/univariate_statistics.hpp> instead.’

遵循該建議，我不再收到std::random_shuffle錯誤訊息。

關于另一個錯誤訊息two_sample_t_test可能是因為它是最近才添加到 boost 的，版本為 1.76，請參閱https://github.com/boostorg/math/pull/487。您可能使用的是舊版本。

標籤：C r qt 促进 rcpp

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