開源地址
https://github.com/miso-lims/miso-lims
github加速可使用:https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/miso-lims
專案簡介
適用于NGS基因測序醫院檢驗實驗室,當前大量的新冠核酸檢測機構,倒是可以試一試,
開源協議是GPL3.0,
MISO是Managing Information for Sequencing Operations的縮寫,是適用于基因測驗實驗室的LIMS,
由 Earlham Institute 和 Ontario Institute for Cancer Research發布,
Earlham Institute 2010年開發,然后開源,然后OICR選擇其作為自己的LIMS,并參與到開發團隊中,系統提供的DEMO等也是基于OICR LIMS專案,
技術架構
后端服務使用Java,Groovy(使用JVM虛擬機的動態語言,專案中用于公式腳本的撰寫等配置性功能的實作),
使用spring,并沒有使用springboot,部署war包可使用Tomcat 8等中間件部署,(Tomcat8以上版本的兼容性需要測驗驗證調整)
前端使用js\css,未使用vue、react等現代前端技術,
資料庫使用mysql 5.7及以上,(5.7以上版本的兼容性需要測驗驗證調整)
安裝部署
可以使用docker部署,或使用傳統的Tomcat中間件部署,
docker鏡像下載地址:https://hub.docker.com/u/misolims
war包下載地址:https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/miso-lims/releases
嘗鮮可先下載官方docker鏡像跑個容器看看,深入學習還是要下載war包并部署,最終如果部署自己的環境,可打war包或做docker鏡像,
安裝、編譯向導:https://miso-lims.readthedocs.io/projects/docs/en/latest/admin/installation-guide/
系統概述
兩個功能模式:Plain sample mode (簡單樣品模式) 和Detailed sample mode(詳細樣品模式),detailed模式包含了plain模式,
默認賬號資訊:admin\admin,
簡單樣品模式用戶手冊:https://miso-lims.github.io/walkthroughs/index-plain
詳細樣品模式用戶手冊:https://miso-lims.github.io/walkthroughs/
demo演示、學習(按習慣稱作miso學院\味噌學院):https://github.com/miso-lims/walkthroughs
https://oicr.on.ca/該癌癥研究機構為學習案例,培訓資料(training workshop)鏈接地址:
https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/miso-training-external,
開發或用戶可加入討論組(當然得英文討論),https://gitter.im/miso-lims/community
關鍵組件
儀器資料采集(儀器報告檔案資料采集)
https://github.com/miso-lims/runscanner
https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/runscanner
同多數lims系統解決方案一致,部分儀器(例如Illumina、PACBIO、OXFORDNANOPORE)的資料采集方式是通過采集儀器輸出的資料報告檔案,然后決議其中的內容,間接達到采集儀器資料的目的,
使用JDK11和Tomcat8、9,jsoncpp和c++,
該儀器資料采集服務做得很完善,不同于其他lims組件或一個Windows服務、簡單應用程式,其實作為一個web系統,做資料檔案的采集、決議,以及程序的監控,
監控使用 Prometheus,現在服務器、資料庫等的監控使用 Prometheus很不錯,
賽默飛VisionMate讀碼器TCP/IP介面訪問
https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/visionmate-client
賽默飛的VisionMate高速讀碼器的TCP/IP客戶端,Java實作,

作者:馬洪彪
出處:http://www.cnblogs.com/mahongbiao/
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