我有一個位置為 1..16569（基于 1）的檔案和一個帶有特征資訊的檔案，即；基因名稱等....我想根據 dataframe_positions 中的位置是否落入 dataframe_features$start 和 dataframe_features$end 指定的范圍來制作一個資料框。
我將更改值以節省空間。
df_positions = as.data.frame(
chromosome = rep('MT', 10),
positions = 1:10,
depth = c(rep(6,3), rep(7,3), rep(8,2), rep(10,2),
stringsAsFactors = F
)
df_features = as.data.frame(
chromosome = rep('MT', 10),
start = c(1,4),
end = c(3,10),
feature = c('TRNF', 'RNR1'),
stringsAsFactors = F
)
這就是我希望資料之后的樣子
| 染色體 | 職位 | 深度 | 特征 |
|---|---|---|---|
| 公噸 | 1 | 6 | TRNF |
| 公噸 | 2 | 6 | TRNF |
| 公噸 | 3 | 6 | TRNF |
| 公噸 | 4 | 7 | RNR1 |
| 公噸 | 5 | 7 | RNR1 |
| 公噸 | 6 | 7 | RNR1 |
| 公噸 | 7 | 8 | RNR1 |
| 公噸 | 8 | 8 | RNR1 |
| 公噸 | 9 | 10 | RNR1 |
| 公噸 | 10 | 10 | RNR1 |
這是我嘗試過的
x <- df_positions %>% mutate(feature = ifelse(between(df_positions$positions, df_features$start,df_features$end),df_features$feature, '')
這行不通。我認為 dplyr 函式不知道檢查每個元組。有沒有辦法在 R 中做到這一點？我正在研究 plyr::mapvalues ，然后可能接下來嘗試一個 for 回圈。
謝謝。
uj5u.com熱心網友回復：
df_positions <- data.frame(
chromosome = rep('MT', 10),
positions = 1:10,
depth = c(rep(6, 3), rep(7, 3), rep(8, 2), rep(10, 2)),
stringsAsFactors = FALSE
)
df_features <- data.frame(
chromosome = rep('MT', 10),
start = c(1, 4),
end = c(3, 10),
feature = c('TRNF', 'RNR1'),
stringsAsFactors = FALSE
)
df_positions$feature <- apply(df_positions, 1, function(x) {
idx <- which(df_features$chromosome == x[ 'chromosome' ] &
df_features$start <= as.integer(x[ 'positions' ]) &
df_features$end >= as.integer(x[ 'positions' ]))
df_features[ idx, 'feature' ][ 1 ]
})
View(df_positions)
uj5u.com熱心網友回復：
我使用回圈解決了這個問題，但如果有人有更多 R 解決方案，我會很高興看到它！
data <- c()
data_to_map <- df_positions %>% select(locus) %>% pull()
for(row in 1:nrow(df_features)){
for(i in data_to_map){
check <- df_features[row,]
if(i <= check$end & i >= check$start){
data <- c(data, check$name)
}else{ next }
}
}
df_positions$feature <- data
完畢。
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標籤：r数据框循环dplyr