【專題一】計算機輔助藥物設計
1 生物分子互作基礎
2 蛋白資料庫
3 pymol軟體使用影片制作
4 Swiss-Model 同源建模
5 ChemDraw軟體
6 DrugBank、ZINC、ChEMBL等資料庫介紹
7 Autodock和薛定諤使用
8 虛擬篩選
9 預測蛋白-蛋白相互作用(ZDOCK)
10 3D-QSAR模型構建(Sybyl軟體)
11 基于碎片藥物設計(MOE軟體)
12 gromacs在藥物設計中的作用
【專題二】GROMACS
1 分子模擬基礎理論
2 學會編譯方法,安裝自己的GROMACS可執行程式,并運行一個例子
3 掌握不同體系快速搭建方法,使學員具有扎實的建模基礎
4 掌握不同生物體系所需分析方法,生成拓撲結構和坐標檔案
5 水溶性蛋白質模擬
6 結果分析計算結構的RMSD 值
7 蛋白質結合自由能計算(傘形采樣法為例)
8 生物膜磷脂雙分子層生物膜、膜蛋白等建模
9 Martini粗粒化力場–可溶性蛋白模擬
10 藥物分子開發溶劑篩選
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https://docs.qq.com/doc/DSHdVYllIc3J4aEh6(原文鏈接安全)
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