我試圖運行 unitas_1.7.8.pl，這是一個生物資訊學軟體，在這里可以找到。重要的是，我過去曾多次在這臺ubuntu機器上成功地使用這個軟體。現在當我運行這個命令時
perl ~/scripts/unitas_1。 7.0.pl -threads 24 -s homo_sapiens -i PCR_Primer_11_S11_L001_R1_001.trim.lng ...
我得到的錯誤
Perl module LWP::Simple is not on this machine installed!
Perl模塊Archive::Extract（自2007-07-07起在核心中）是不安裝在這臺機器上的!
Perl模塊可用于下載，網址是：/www.cpan.org/
如果你安裝了CPAN，請嘗試以下方法。
cpan
安裝Archive::Extract
exit。
如果你是在MAC 或UNIX上，你應該用sudo運行cpan。
sudo cpan
安裝Archive::Extract
exit。
我已經按照這些說明，更新并重新安裝了cpan（盡管我知道它應該是好的），沒有明顯的問題。自從上次我成功使用 unitas 以來，我能想到的唯一變化是，服務器在一個月前被重新啟動。
細節：
Distributor ID: 烏班圖
描述。 Ubuntu 20.04.2 LTS
發布。 20.04。
代號: focal
$ cpan --version
加載內部記錄器。推薦使用Log::Log4perl for更好的日志記錄。
/home/user/miniconda3/bin/cpan版本1.64呼叫Getopt::Std::getopts（版本1.12【偏執】）。
在Perl版本5.30.3下運行。
[現在由于向后兼容性和過度偏執而繼續。
參見'perldoc Getopt::Std'關于$Getopt::Std::STANDARD_HELP_VERSION.]
沒有什么需要安裝的!
$ type -p perl; perl -M5.010 -e'say "$_: $ENV{$_}" for sort grep /^PERL/, keys(%ENV)'/span>; echo 'o conf'/span>| cpan
/home/stewart/miniconda3/bin/perl
[...]
make [/usr/bin/make] 。
make_arg []
make_install_arg []
make_install_make_command [/usr/bin/make] 。
makepl_arg [INSTALLDIRS=site]
mbuild_arg []
mbuild_install_arg []
mbuild_install_build_command [./Build] 。
mbuildpl_arg [-installdirs site] [...
[...]
$ perl -MLWP::Simple -E 'say $INC{"LWP/Simple.pm"}'/span>
不能在@INC中找到LWP/Simple.pm（你可能需要安裝LWP::Simple模塊）（@INC包含。/home/stewart/miniconda3/lib/site_perl/5.30.3/x86_64-linux-thread-multi /home/stewart/miniconda3/lib/site_perl/5.30.3 /home/stewart/miniconda3/lib/5.30.3/x86_64-linux-thread-multi 。)
BEGIN failed--編譯中止。
$ head -n 1 "$( type -p cpan )"
#! /home/stewart/miniconda3/bin/perl
$ perl -MLWP::Simple -e'print "ok
"'
不能在@INC中找到LWP/Simple.pm（你可能需要安裝LWP::Simple模塊）（@INC包含。/home/stewart/miniconda3/lib/site_perl/5.30。 3/x86_64-linux-thread-multi /home/stewart/miniconda3/lib/site_perl/5.30. 3 /home/stewart/miniconda3/lib/5.30. 3/x86_64-linux-thread-multi /home/stewart/miniconda3/lib/5.30.3 . ) 。
BEGIN failed--compilation aborted.
LWP::Simple和Archive::Extract的當前狀態
。$ sudo cpan install LWP::Simple
加載內部記錄器。推薦使用Log::Log4perl for better logging
讀取'/root/.cpan/Metadata'。
資料庫生成于07 Sep 2021 08:55:47 GMT
LWP::Simple是最新的（6.56）。
$ sudo cpan install Archive::Extract
正在加載內部記錄器。推薦使用Log::Log4perl for better logging
讀取'/root/.cpan/Metadata'。
資料庫生成于07 Sep 2021 08:55:47 GMT
Archive::Extract是最新的（0.88）。
$ sudo cpan LWP::Simple
加載內部記錄器。推薦使用Log::Log4perl for更好的日志記錄。
讀取'/root/.cpan/Metadata'。
資料庫生成于07 Sep 2021 08:55:47 GMT
LWP::Simple是最新的（6.56）。
uj5u.com熱心網友回復：
如果你已經有了Miniconda，那么你應該在一個隔離的環境中使用Bioconda通道進行安裝。你的Perl安裝，來自conda，正在干擾你的系統CPAN模塊：
conda create -n unitas -c bioconda unitas
conda激活unitas
unitas.pl -threads 24 -s homo_sapiens -i PCR_Primer_11_S11_L001_R1_001.trim.lng ...
conda deactivate
uj5u.com熱心網友回復：
除了從另一個目錄（已經安裝了perl）直接呼叫perl，建議的解決方案都沒有對我起作用。
/usr/bin/perl5.30.0 ~/scripts/unitas_1.7.0.pl ...
可能有辦法在用$PATH呼叫這個目錄時切換默認使用的perl，但我暫時找到了這個變通辦法。謝謝大家的幫助。
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