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回圈一個ibble需要太多時間

2021-10-15 04:37:01 區塊鏈

在我正在進行的專案中,我正在分析兩個各有500,000行的資料集。我必須根據一個特定列的值來過濾這些行。以下是我在二維碼上編碼使用的函式:

theme_analyser <- functiontibble_to_analyse {> for (i in 1: nrow(tibble_to_analyse) { 主題 < - unlist(strsplit((tibble_to_analyse$themes[i] " 。 ")) if (any(theme %in% themes_to_use{ next} else { tibble_to_analyse <- tibble_to_analyse[-i,] /span> } } }

在這個函式中,themes_to_use是一個包含一組字串值的向量。主題列需要一個以上的值,并且每個值都由"; "分隔。因此,我首先拆分這些值,然后將它們從串列中洗掉。

這段代碼的問題是,它的作業速度太慢。它在18個小時內只完成了250k行的作業。我有什么方法可以加快這個程序,使其不需要花費那么多時間呢?

假設我有一個如下的資料集 :

A B  
1 "bright" 
2 "shiny"/span>
3 " bright" 

我想過濾這些行,所以我只得到B列等于 "明亮 "的行。我的代碼是用來選擇themes列等于價值向量中的至少一個值的行。

預先感謝你。

uj5u.com熱心網友回復:

另一種方法是使用來自tidyverse的dplyr/string:

library(tidyverse)
tibble_to_analyse%>%。
  filter(str_detect(themes, paste(themes_to_use崩潰= "|" # Edit, 謝謝你 @Jared_mamrot

示例資料:

set.seed123
n = 10000
tibble_to_analyse = tibble()
  val1 = sample(c。  themes_to_use), n替換= TRUE),
  val2 = sample(c(LETTERS themes_to_use), n替換= TRUE,
  主題 = paste(val1, val2, sep = " 。 "),= 1n
)

速度有了很大的提高,但沒有@Jared_marot的基礎R解決方案快。

在此輸入圖片描述

uj5u.com熱心網友回復:

如果沒有一個最小的可重復的例子,很難說這個解決方案是否合適,但是你的回圈需要這么長的時間,其中一個原因是你在回圈的每一次迭代中都在寫tibble并計算theme <- unlist(strsplit((tibble_to_analyse$themes[i]), ";"))/code>.

如果你通過向量函式來繞過這些問題,它應該會明顯地更快--下面是一個例子:

如果你通過向量函式來繞過這些問題,它應該會明顯地更快。

library(tidyverse)

set.seed(123)

df <- data. frame(themes = sample(c("one; 主題", "二;主題",
                               "three;theme", "four;theme"),
                             size = 10000替換= TRUE),
              values = rnorm(10000)) 

themes_to_use < - c("one" "three"
                         
theme_analyser <- function(tibble_to_analyse)  {
  
  for (i in 1: nrow(tibble_to_analyse) {
    主題 < - unlist(strsplit((tibble_to_analyse$themes[i] " 。 "))
    if (any(theme %in% themes_to_use{
      next}
    else {
      tibble_to_analyse <- tibble_to_analyse[-i,] /span>
    }
  }  
}

vectorised_theme_analyser <- functiontibble_to_analyse {
  tibble_to_analyse[which(gsub("; 。 *", "1" tibble_to_analyse$themes %in% themes_to_use]
}

res <- microbenchmark:: microbenchmark(vectorised_theme_analyser(df), 
                                      theme_analyser(df)
autoplot(res)
#> 坐標系統已經存在。添加新的坐標系,它將取代現有的坐標系。

創建于2021-09-10,由reprex包(v2.0.1)

編輯

利用你問題中提供的簡化示例資料,這里有一個簡化的子集方法以及與@Jon Spring的tidy_detect方法的對比:

library(tidyverse) 

set.seed(123)

df <- data. frame(themes = sample(c("one"/span>"三", "四",
                             size = 500000替換= TRUE),
              values = rnorm(500000)

themes_to_use < - c("one" "three"

subset_in <- function(tibble_to_analyse)  {
  tibble_to_analyse[tibble_to_analyse$themes %in% themes_to_use
}

tidy_detect <- function(tibble_to_analyse)  {
  tibble_to_analyse %> %過濾(str_detect(themes, paste(themes_to_use, 崩潰= "|"
}

res <- microbenchmark:: microbenchmark(subset_in(df)
                                      tidy_detect(df)
autoplot(res)
#> 坐標系統已經存在。添加新的坐標系,它將取代現有的坐標系。

創建于2021-09-10,由reprex包(v2.0.1)

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