我嘗試通過以下命令運行所有規則:
touch scripts/*.py
snakemake --cores <YOUR NUMBER>
問題是我的本地網路連接不穩定,我可以通過putty將命令提交到linux計算平臺,而似乎總是有輸出回傳到putty介面。因此,當我的本地互聯網連接中斷時,運行的代碼也會中斷。
有什么方法可以讓代碼在linux后端運行嗎?然后輸出最終可以寫入日志檔案。
這可能是一個非常基本的問題。
uj5u.com熱心網友回復:
這是一個常見的問題(不只是 for snakemake),并且有多種選擇,至少有以下幾種:
使用可以跨多個連接持續存在的程式:流行的選項是
screen,tmux. 作業流程如下所示:登錄到服務器,啟動screen或tmux,一旦在程式中啟動您想要運行的代碼,注銷,下次登錄服務器時,您可以重新連接到上一個會話并觀察計算這是在此期間完成的。我推薦tmux,看這個tmux 教程。使用
nohup,這將在后臺啟動計算,如果您斷開連接,它將繼續在服務器上運行:nohup snakemake --cores <YOUR NUMBER>請注意,使用此選項,如果您想查看計算進度,則需要查看檔案夾
.log內的相應內容。.snakemake
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