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繪制NMDS連續變數無法映射到形狀ggplot2但組變數似乎是字符

2022-04-30 12:39:53 區塊鏈

我正在嘗試使用我在網上找到的示例來繪制 NMDS 結果。當我繪制我的組變數（'S'和'E'）時，我得到“'scale_f（）'中的錯誤：連續變數無法映射到形狀。我嘗試使用不同的組（月份）做同樣的事情) 我繼續得到同樣的錯誤。

library(ggplot2)
library(vegan)
library(dplyr)

用于 NMDS 的資料（我很抱歉這很長）：

    structure(list(d.lept = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.014625576, 0, 0, 0, 0.008037479, 0.155240934, 
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"115S", "118E", "118S", "119E", "119S", "710E", "710S", "711E", 
"711S", "712E", "712S", "78E", "78S", "79E", "79S", "713E", "713S", 
"72S", "73S", "714E", "714S", "715E", "715S", "716E", "716S", 
"717E", "717S", "718E", "718S", "719E", "719S", "720S", "721S", 
"81E", "81S", "82E", "82S", "83E", "83S", "84E", "84S", "85E", 
"85S", "86E", "86S", "87E", "87S", "88E", "88S", "813E", "813S", 
"814E", "814S", "815E", "815S", "816E", "816S", "817E", "817S", 
"818E", "818S", "819E", "819S", "820E", "820S", "821E", "822E", 
"822S", "823E", "823S", "824E", "824S", "810E", "810S", "811E", 
"811S", "812E", "812S", "89E", "89S"))

行名稱是我的站點名稱。

NMDS：

znmds <- metaMDS(allzp, distance = 'bray', k=2)

以下示例我發現使用 ggplot 繪制 nmds：

data.scores <- as.data.frame(scores(znmds))
data.scores$site <- rownames(data.scores)

組變數：

    structure(list(Tow = c("E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", 
"E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", 
"S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", 
"S", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", 
"S", "S", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", 
"E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", 
"S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "E", "S", "E", 
"S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S", "E", "S")), row.names = c(NA, 
-97L), class = "data.frame")

添加我的組變數：

data.scores$grp <- grp

使用 vegan 包中的 score 函式提取物種分數并轉換為資料框

species.scores <- as.data.frame(scores(znmds, "species"))
species.scores$species <- rownames(species.scores)

格圖：

    ggplot()   
  geom_text(data=species.scores,aes(x=NMDS1,y=NMDS2,label=species),alpha=0.5)    # add the species labels
  geom_point(data=data.scores,aes(x=NMDS1,y=NMDS2,shape=grp,colour=grp),size=3)   # add the point markers
  geom_text(data=data.scores,aes(x=NMDS1,y=NMDS2,label=site),size=6,vjust=0)    # add the site labels
  scale_colour_manual(values=c("S" = "red", "E" = "blue"))  
  coord_equal()  
  theme_bw()

這給了我以下錯誤：錯誤scale_f()：！連續變數不能映射到形狀

當我檢查我的組（grp）類時：

class(data.scores$grp)
[1] "data.frame"

is.vector(as.character(data.scores[,4]))
[1] TRUE

這樣做有點不同，不使用ggplot，可以：

mds.fig <- ordiplot(znmds, type = "none")
points(mds.fig, "sites", pch = 19, col = "green", select = zp1$Tow == 
         "S")
points(mds.fig, "sites", pch = 19, col = "blue", select = zp1$Tow == 
         "E")
ordiellipse(znmds, zp1$Tow, conf = 0.95, label = TRUE)

這個有效。該圖顯示“S”和“E”分組非常相似，因此我嘗試做同樣的事情，但將月份（“11”、“7”、“8”）作為我的組，但我仍然得到相同的結果嘗試使用 ggplot 繪制此圖時出錯。我不明白問題出在哪里。我沒有在這里包含我的“zp1”資料，但它基本上是我的田間季節的所有資料（我用它來提取拖曳組以獲取最后一個代碼來繪制它）。我看了以下帖子：這里，這里，這里，這里。謝謝你。

uj5u.com熱心網友回復：

而不是data.scores$grp <- grp，嘗試data.scores$grp <- grp$Tow。對于前者，您將其指定data.scores$grp為一個資料框，對于后者，它是一個能夠映射到顏色和形狀比例的實際字符向量。

轉載請註明出處，本文鏈接：https://www.uj5u.com/qukuanlian/468206.html

標籤：r ggplot2 阴谋 分组 连续的

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