我正在嘗試對宿主植物物種的昆蟲群落組成進行 permanova。無論我們嘗試了什么，它都不起作用，我不知道為什么不這樣做。我知道 permanova 可以處理零，但我們確實有很多，這可能是問題嗎？
我們收到此錯誤： if (any(lhs < -TOL)) stop("dissimilarities must be non-negative") 中的錯誤：需要 TRUE/FALSE 的缺失值
這是我們嘗試過的：
library(vegan)
#insect community composition on 3 different species of milkweed
lilly.data<-read.csv("https://raw.githubusercontent.com/lmgermeroth/Garden-sampling-SU21/main/backyard2021_main_forR.4.22.22.csv")
lilly.data$SPECIES<-as.factor(lilly.data$SPECIES)
# creating a species data matrix so I can tell the model how to calculate the community composition, but first, make them numeric.
lilly.data[6:151] <- lapply(lilly.data[6:152], as.numeric)
#Create the matrix of insect species
lilly.species<-as.matrix(lilly.data[,8:152])
lilly.dist<-vegdist(lilly.species,"bray")
#get a warning.....but it runs
lilly.permanova<-adonis2(lilly.dist ~ SPECIES,permutations=999,method='bray',data=lilly.data)
# why doesn't this work?
其次，我們正在嘗試創建一個出家圖，但這也行不通，我們不確定原因。可能與上述問題有關？
library(ggplot2)
ord<-metaMDS(lilly.species)
#this is where we throw the error....
scores<-scores(ord,display='sites')
scores<-cbind(as.data.frame(scores), Treatment=lilly.data$SPECIES)
center<-aggregate(cbind(NMDS1,NMDS2)~Treatment,data=scores,FUN=mean)
seg<-merge(scores,setNames(center,c('Species','oNMDS1','oNMDS2')),by='Treatment',sort=FALSE)
ggplot(scores,aes(x=NMDS1,y=NMDS2,colour=Treatment))
geom_segment(data=seg,
mapping=aes(xend=oNMDS1,yend=oNMDS2))
geom_point(data=cent,size=8)
geom_point()
coord_fixed()
這里的錯誤是：平方根變換威斯康星雙標準化cmdscale（dist，k = k）中的錯誤：'d'中不允許NA值另外：警告訊息：1：在distfun（comm，方法=距離，...） ：您有空行：它們的差異在方法“bray”中可能毫無意義 2：在 distfun(comm, method = distance, ...) 中：結果中的缺失值
任何建議將不勝感激！
uj5u.com熱心網友回復：
您不能有檢測到零種的站點。制作社區資料矩陣后，您應該洗掉所有物種為零的行：
lilly.species <- lilly.species[rowSums(!lilly.species) < ncol(lilly.species), ]
然后所有剩余的代碼應該可以正常作業。
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