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當Python中的時間步不小時,如何計算Kramers-Moyal系數?

2022-05-23 03:03:33 區塊鏈

我正在撰寫一個簡單的一維 Ornstein-Uhlenbeck 模擬python來解釋來自視頻源的一些實驗資料,即跟蹤幀序列中的布朗粒子。相機的采樣頻率是fps=30每秒幀數,這意味著我的時間解析度dt=0.03大約是秒。另一方面,我能夠測量的最小時間尺度大約是tau=0.5秒,比dt(一個合理的差異能夠計算可觀察量,例如程序的自相關函式)大一個數量級。

現在,對于模擬資料,我正在計算前兩個 Kramers-Moyal 系數,使用kramersmoyal. 僅當第二個系數dt不小于 至少兩個數量級時才會出現問題tau,在這種情況下,噪聲強度的估計變為凸函式而不是平坦函式。

所以手頭的問題是:

  • 有沒有一種簡單的方法來撰寫一些更正來解決這個問題?
  • 有沒有其他包可以解決這個問題?
  • 這是一個實作問題還是僅僅是這些系數在無限小的時間步(即dt->0)的限制中定義的結果?

為了更具體,下面的代碼顯示了兩個不同時間步 的模擬,分別dt與 相差兩個和一個數量級tau然后為這兩種情況計算第二個系數,并估計程序的噪聲強度。第一種情況的噪聲強度看起來很平坦,但第二種情況則不然。

# === Ornstein-Uhlenbeck simulation ===

import numpy as np
import kramersmoyal as km
import matplotlib.pyplot as plt

np.random.seed(0)

n = 100_000       # total number of time steps
dt = [.003, .03]  # time steps two/one order of magnitud smaller than tau
tau = .5          # relaxation or characteristic time
sigma = 5         # noise intensity

scale_dW = sigma * np.sqrt(dt)    # scale parameter of the Wiener process
scale_x = sigma / np.sqrt(2/tau)  # scale parameter of the process under study

dW = np.random.normal(scale=scale_dW, size=(n, 2))  # Wiener process array
x = np.empty((n, 2))                                # x array
x[0] = np.random.normal(scale=scale_x, size=2)      # initial condition

# Euler-Maruyama method to solve the SDE
for i in range(n - 1):
    x[i   1] = x[i] - 1/tau * x[i] * dt   dW[i]
# === Second Kramers-Moyal coefficient ===

fig, axs = plt.subplots(1, 2, sharey=True, figsize=(9,3.5))
bins = np.array([100])         # number of bins
powers = np.array([[1], [2]])  # first and second power

for i in range(len(dt)):
    # computation of the coefficients using `kramersmoyal`
    kmc, edges = km.km(x[:,i], bins, powers)

    # sigma parameter estimation
    sigma_est = np.sqrt(2 * kmc[1] / dt[i])

    # plotting
    axs[i].plot(edges[0], sigma_est, '.-', label=f'dt = {dt[i]}')
    axs[i].legend()
    axs[i].set_title(['FLAT', 'NOT FLAT'][i])
    axs[i].set_xlabel('x')
    axs[i].set_ylabel('estimated sigma')
plt.show()

當 Python 中的時間步不小時,如何計算 Kramers-Moyal 系數?

uj5u.com熱心網友回復:

tl; dr:將校正添加到擴散中

D?(x) = (M?(x) - (M?(x)2)/2)/dt

kmc在您的符號中使用

sigma_est = np.sqrt(2 * (kmc[1] - 0.5*kmc[0]**2) / dt[i])

這實際上是一個已知的“問題”,它源于在求解 Kramers-Moyal 方程(或類似的 Fokker-Planck 方程)時表達 Kramers-Moyal 算子的數學近似。您可以在關于不同漂移和擴散估計的定義和處理New Journal of Physics 10 , 083034, 2008中找到這個問題的第一個示例。

為了直接得到答案,對第二個 Kramers-Moyal 系數進行有限時間校正,由下式給出

D?(x) = (M?(x) - (M?(x)2)/2)/dt

這應該立即糾正您觀察到的凸度(或二次效應)。這確實是一種有限時間的效果。

您可以在Arbitrary-Order Finite-Time Corrections for the Kramers–Moyal Operator , Entropy , 23 (5), 517, 2021中找到所有 Kramers-Moyal 系數的全套校正。

披露:我是kramersmoyalpython 庫和最后提到的出版物的作者之一。

轉載請註明出處,本文鏈接:https://www.uj5u.com/qukuanlian/479493.html

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