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透視資料框以獲取基線分數作為列

2022-11-01 22:08:37 區塊鏈

我有一些試驗資料,其中每個參與者被多次評估多個分數,并且是長格式的。例如:

set.seed(1)
data <- data.frame(patient = rep(c(100, 101, 102, 103), 3),
                   group = rep(c("A", "B", "A", "B"), 3),
                   time = rep(c(0, 1, 2), each = 4),
                   score_a = runif(12),
                   score_b = runif(12))
print(data, digits = 2)

   patient group time score_a score_b
1      100     A    0   0.266    0.69
2      101     B    0   0.372    0.38
3      102     A    0   0.573    0.77
4      103     B    0   0.908    0.50
5      100     A    1   0.202    0.72
6      101     B    1   0.898    0.99
7      102     A    1   0.945    0.38
8      103     B    1   0.661    0.78
9      100     A    2   0.629    0.93
10     101     B    2   0.062    0.21
11     102     A    2   0.206    0.65
12     103     B    2   0.177    0.13

我想以某種方式對這些資料進行旋轉,以便將其保留為長格式,但將基線(時間 = 0)測量值提取為單獨的列。因此,新列將是:

patient group score_a_0 score_b_0 time score_a score_b

對于示例資料集,在奇怪的樞軸之后它將有 8 行(時間 1 和時間 2,4 名患者)。

這樣,在每個時間點我都可以調整基線。我正在尋找一個通用的解決方案,因為實際的資料集有 7 個分數和 6 個跟進。我假設解決方案將涉及 和 的組合,pivot_widerpivot_longer我無法使其發揮作用。

理想的輸出是:

  patient group time    score_a   score_b score_a_0 score_b_0
1     100     A    1 0.20168193 0.7176185 0.2655087 0.6870228
2     101     B    1 0.89838969 0.9919061 0.3721239 0.3841037
3     102     A    1 0.94467527 0.3800352 0.5728534 0.7698414
4     103     B    1 0.66079779 0.7774452 0.9082078 0.4976992
5     100     A    2 0.62911404 0.9347052 0.2655087 0.6870228
6     101     B    2 0.06178627 0.2121425 0.3721239 0.3841037
7     102     A    2 0.20597457 0.6516738 0.5728534 0.7698414
8     103     B    2 0.17655675 0.1255551 0.9082078 0.4976992

uj5u.com熱心網友回復:

按“患者”分組,通過回圈“score_ _0”列將“time”為0的“score_”列的值設定為子集across,然后filter將“time”為0的行取出來創建“score”列

library(dplyr)
data %>% 
   group_by(patient) %>%
   mutate(across(starts_with('score_'), ~ .x[time == 0],
     .names = "{.col}_0")) %>%
  ungroup %>% 
  filter(time != 0) 

-輸出

 # A tibble: 8 × 7
  patient group  time score_a score_b score_a_0 score_b_0
    <dbl> <chr> <dbl>   <dbl>   <dbl>     <dbl>     <dbl>
1     100 A         1  0.202    0.718     0.266     0.687
2     101 B         1  0.898    0.992     0.372     0.384
3     102 A         1  0.945    0.380     0.573     0.770
4     103 B         1  0.661    0.777     0.908     0.498
5     100 A         2  0.629    0.935     0.266     0.687
6     101 B         2  0.0618   0.212     0.372     0.384
7     102 A         2  0.206    0.652     0.573     0.770
8     103 B         2  0.177    0.126     0.908     0.498

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