在dplyr::mutate中包裝purrr::map時的奇怪行為-有解無憂

我遇到了一些錯誤，我想打電話的時候不完全了解purrr::map周圍dplyr::mutate。可重現的代碼如下：

library(purrr)
library(dplyr)
#> 
#> Attaching package: 'dplyr'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#> 
#>     filter, lag
#> The following objects are masked from 'package:base':
#> 
#>     intersect, setdiff, setequal, union
library(tibble)
# data 
test_dset <- structure(list(genus = c("Aureitalea", "Aureivirga", "Auricoccucs"), 
                            t_count = c(0L, 0L, 0L), n = c(1L, 1L, 1L), 
                            ncbi_id = list("1176327", "1433990", character(0)), 
                            g_test = list(c(`1176327` = 0), 
                                          c(`1433990` = 0), 
                                          structure(numeric(0), .Names = character(0)))), 
                       class = c("rowwise_df", "tbl_df", "tbl", "data.frame"), 
                       row.names = c(NA, -3L), 
                       groups = structure(list(.rows = structure(list(1L, 2L, 3L), 
                                                                 ptype = integer(0), 
                                                                 class = c("vctrs_list_of","vctrs_vctr", "list"))), 
                                          row.names = c(NA, -3L), 
                                          class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame")))
test_dset
#> # A tibble: 3 × 5
#> # Rowwise: 
#>   genus       t_count     n ncbi_id   g_test   
#>   <chr>         <int> <int> <list>    <list>   
#> 1 Aureitalea        0     1 <chr [1]> <dbl [1]>
#> 2 Aureivirga        0     1 <chr [1]> <dbl [1]>
#> 3 Auricoccucs       0     1 <chr [0]> <dbl [0]>
# process a vector of pvals 
proc_gtest <- function(pvals){
  if (length(pvals) == 0){
    return(NA_character_)
  } 
  sig <- which(pvals < 0.05)
  if (length(sig) == 0){
    return(NA_character_)
  } else {
    return(names(pvals)[sig])
  }
}

# returns errors 
test_dset |> mutate(ncbi_filt = map(g_test, proc_gtest))
#> Error: Problem with `mutate()` column `ncbi_filt`.
#> ? `ncbi_filt = map(g_test, proc_gtest)`.
#> ? `ncbi_filt` must be size 1, not 0.
#> ? Did you mean: `ncbi_filt = list(map(g_test, proc_gtest))` ?
#> ? The error occurred in row 3.
# this is okay 
map(test_dset$g_test, proc_gtest)
#> [[1]]
#> [1] "1176327"
#> 
#> [[2]]
#> [1] "1433990"
#> 
#> [[3]]
#> [1] NA
# adding list doesn't work because it returns a list of NULL 
# with names as the quantities I wanted. 
test_dset |> mutate(ncbi_filt = list(map(g_test, proc_gtest))) |> pull(ncbi_filt)
#> [[1]]
#> [[1]]$`1176327`
#> NULL
#> 
#> 
#> [[2]]
#> [[2]]$`1433990`
#> NULL
#> 
#> 
#> [[3]]
#> named list()

^{由reprex 包(v2.0.1)于 2021 年 10 月 13 日創建}

會話資訊

sessioninfo::session_info()
#> ─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────
#>  setting  value                       
#>  version  R version 4.1.1 (2021-08-10)
#>  os       macOS Mojave 10.14.6        
#>  system   x86_64, darwin17.0          
#>  ui       X11                         
#>  language (EN)                        
#>  collate  en_US.UTF-8                 
#>  ctype    en_US.UTF-8                 
#>  tz       America/New_York            
#>  date     2021-10-13                  
#> 
#> ─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
#>  ! package     * version date       lib source        
#>    assertthat    0.2.1   2019-03-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    backports     1.2.1   2020-12-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    cli           3.0.1   2021-07-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    crayon        1.4.1   2021-02-08 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    DBI           1.1.1   2021-01-15 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    digest        0.6.27  2020-10-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    dplyr       * 1.0.7   2021-06-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    ellipsis      0.3.2   2021-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    evaluate      0.14    2019-05-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    fansi         0.5.0   2021-05-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    fastmap       1.1.0   2021-01-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    fs            1.5.0   2020-07-31 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    generics      0.1.0   2020-10-31 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    glue          1.4.2   2020-08-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    highr         0.9     2021-04-16 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    htmltools     0.5.2   2021-08-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    knitr         1.34    2021-09-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    lifecycle     1.0.0   2021-02-15 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    magrittr      2.0.1   2020-11-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    pillar        1.6.2   2021-07-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    pkgconfig     2.0.3   2019-09-22 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    purrr       * 0.3.4   2020-04-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  P R.cache       0.15.0  2021-04-30 [?] CRAN (R 4.1.0)
#>  P R.methodsS3   1.8.1   2020-08-26 [?] CRAN (R 4.1.0)
#>  P R.oo          1.24.0  2020-08-26 [?] CRAN (R 4.1.0)
#>  P R.utils       2.11.0  2021-09-26 [?] CRAN (R 4.1.0)
#>    R6            2.5.1   2021-08-19 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    reprex        2.0.1   2021-08-05 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    rlang         0.4.11  2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    rmarkdown     2.11    2021-09-14 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    rstudioapi    0.13    2020-11-12 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    sessioninfo   1.1.1   2018-11-05 [3] CRAN (R 4.1.0)
#>    stringi       1.7.4   2021-08-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    stringr       1.4.0   2019-02-10 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>  P styler        1.6.2   2021-09-23 [?] CRAN (R 4.1.0)
#>    tibble      * 3.1.4   2021-08-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    tidyselect    1.1.1   2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    utf8          1.2.2   2021-07-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    vctrs         0.3.8   2021-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    withr         2.4.2   2021-04-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    xfun          0.26    2021-09-14 [1] CRAN (R 4.1.0)
#>    yaml          2.2.1   2020-02-01 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> 
#> [1] /Users/quangnguyen/research/microbe_set_trait/renv/library/R-4.1/x86_64-apple-darwin17.0
#> [2] /private/var/folders/fs/hp4_8vfs665_nqytkhjc8s6w0000gn/T/Rtmp6ZA9pW/renv-system-library
#> [3] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1/Resources/library
#> 
#>  P ── Loaded and on-disk path mismatch.

我的理解是該錯誤是由于被映射的函式在第 3 行不回傳任何內容。給出的解決方案dplyr是我應該將所有內容包裝在list.

然而：

我正在使用map應該已經回傳一個串列的原始版本（其他關于使用map轉換串列列為 tibbles 的教程也沒有包含所有內容list）。將它包裝在 a 中會list回傳 a listofNULL元素，其中我想要提取的內容被設定為這個新串列的名稱。
即使串列中的元素為空，我的函式也會回傳值（回傳NA_character_.

正如在 reprex 中所見，正常map函式作業并回傳一個長度為 3 的串列，其中空行根據自定義函式的邏輯分配了一個 NA。現在我只是通過生成一個單獨的串列并將其附加到資料框來解決這個問題，但是我很想了解我在看什么！

uj5u.com熱心網友回復：

這是rowwise組屬性的問題。當我們遍歷中的每個元素時map，只需ungroup

library(dplyr)
library(purrr)
test_dset %>% 
   ungroup %>% 
   mutate(ncbi_filt = map(g_test, proc_gtest))
# A tibble: 3 × 6
  genus       t_count     n ncbi_id   g_test    ncbi_filt
  <chr>         <int> <int> <list>    <list>    <list>   
1 Aureitalea        0     1 <chr [1]> <dbl [1]> <chr [1]>
2 Aureivirga        0     1 <chr [1]> <dbl [1]> <chr [1]>
3 Auricoccucs       0     1 <chr [0]> <dbl [0]> <chr [1]>

或者使用map_chr作為向量回傳（因為回傳了一個值）

test_dset %>% 
   ungroup %>% 
   mutate(ncbi_filt = map_chr(g_test, proc_gtest))
# A tibble: 3 × 6
  genus       t_count     n ncbi_id   g_test    ncbi_filt
  <chr>         <int> <int> <list>    <list>    <chr>    
1 Aureitalea        0     1 <chr [1]> <dbl [1]> 1176327  
2 Aureivirga        0     1 <chr [1]> <dbl [1]> 1433990  
3 Auricoccucs       0     1 <chr [0]> <dbl [0]> <NA>

如果有rowwise屬性，我們可以直接應用該函式并在a中獲取輸出list（如果輸出回傳長度> 1或不同結構）

test_dset %>%
    mutate(ncbi_filt = list(proc_gtest(g_test)))
# A tibble: 3 × 6
# Rowwise: 
  genus       t_count     n ncbi_id   g_test    ncbi_filt
  <chr>         <int> <int> <list>    <list>    <list>   
1 Aureitalea        0     1 <chr [1]> <dbl [1]> <chr [1]>
2 Aureivirga        0     1 <chr [1]> <dbl [1]> <chr [1]>
3 Auricoccucs       0     1 <chr [0]> <dbl [0]> <chr [1]>

該函式回傳一個值，所以我們并不需要與包裹list以及

test_dset %>% 
    mutate(ncbi_filt = proc_gtest(g_test))
# A tibble: 3 × 6
# Rowwise: 
  genus       t_count     n ncbi_id   g_test    ncbi_filt
  <chr>         <int> <int> <list>    <list>    <chr>    
1 Aureitalea        0     1 <chr [1]> <dbl [1]> 1176327  
2 Aureivirga        0     1 <chr [1]> <dbl [1]> 1433990  
3 Auricoccucs       0     1 <chr [0]> <dbl [0]> <NA>

轉載請註明出處，本文鏈接：https://www.uj5u.com/net/312481.html

標籤：r 数据框 dplyr 咕噜噜小题大做

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