將自定義注釋添加到p值標簽到ggpubrstat_compare

我嘗試制作帶有顯示 p 值的箱線圖

my_comparisons <- list( c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2") )
ggboxplot(ToothGrowth, x = "dose", y = "len")  
  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons, method = "wilcox.test")

結果是

將自定義注釋添加到 p 值標簽到 ggpubr stat_compare_means()

但是如何向計算出的 p 值添加額外的文本？我要添加“p =”如下圖將自定義注釋添加到 p 值標簽到 ggpubr stat_compare_means()

我怎樣才能做到？

更新。以下變體不起作用

my_comparisons <- list( c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2") )

ggboxplot(ToothGrowth, x = "dose", y = "len")  
  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons, method = "wilcox.test", aes(label=paste("p=",scientific(as.numeric(..p.format..)))))

ggboxplot(ToothGrowth, x = "dose", y = "len")  
  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons, method = "wilcox.test", aes(label = paste("p =", ..p.format..)))

ggboxplot(ToothGrowth, x = "dose", y = "len")  
  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons, method = "wilcox.test", aes(label = paste0("p =", ..p.format..)))

uj5u.com熱心網友回復：

我相信這可能是 ggpubr 中的潛在錯誤。該檔案提供了如何將自定義文本添加到 p 值的示例。當將多個比較傳遞給標記函式時，這開始失敗。我認為錯誤可能是 ggplot 不知道將哪個運算式決議為標簽（請參閱下面的 r-lang 警告）。還有一些關于可能相關的 p 值計算的警告。

也就是說，我覺得關于 ggpubr 的大多數問題都與具有多個 p 值的注釋有關，而且我確實覺得您可能想要重新考慮 (a) 您的統計資料和 (b) 您的可視化。

library(ggpubr)
#> Loading required package: ggplot2
library(tidyverse)

## This works as expected. Only one test
ggboxplot(ToothGrowth, x = "supp", y = "len")   
  stat_compare_means(aes(label = paste0("p = ", ..p.format..)))

將自定義注釋添加到 p 值標簽到 ggpubr stat_compare_means()

看到很多警告 - 開始失敗。

my_comparisons <- list( c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2") )
ggboxplot(ToothGrowth, x = "dose", y = "len")  
  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons, 
                     aes(label = paste0("p = ", ..p.format..)))
#> Warning: Using `as.character()` on a quosure is deprecated as of rlang 0.3.0.
#> Please use `as_label()` or `as_name()` instead.
#> This warning is displayed once per session.
#> Warning in wilcox.test.default(c(4.2, 11.5, 7.3, 5.8, 6.4, 10, 11.2, 11.2, :
#> cannot compute exact p-value with ties
#> Warning in wilcox.test.default(c(4.2, 11.5, 7.3, 5.8, 6.4, 10, 11.2, 11.2, :
#> cannot compute exact p-value with ties
#> Warning in wilcox.test.default(c(16.5, 16.5, 15.2, 17.3, 22.5, 17.3, 13.6, :
#> cannot compute exact p-value with ties

將自定義注釋添加到 p 值標簽到 ggpubr stat_compare_means()

通過分別為每個比較組創建一個圖，這又開始起作用了。

ls_tg <- ToothGrowth %>%
  split(., .$dose)

lapply(my_comparisons, function(x) bind_rows(ls_tg[x])) %>%
  map(~ggboxplot(., x = "dose", y = "len")   
        stat_compare_means(aes(label = paste0("p = ", ..p.format..)))) %>%
  patchwork::wrap_plots()

將自定義注釋添加到 p 值標簽到 ggpubr stat_compare_means()

^由

為了更好地控制格式和舍入，您可以使用它或更改為您希望的任何格式。

mutate(myformatted.p = paste0("p = ", ifelse(p < 1e-5, format(p, scientific = T), signif(p, digits = 2))))

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