我正在嘗試撰寫一個 for 回圈來解壓縮檔案名中包含 R1 的 fastq.gz 檔案，確定每個檔案中的行數，并將行數除以 4。理想情況下，我也可以將其寫入 txt 檔案兩列（檔案名和行數/4）。
此回圈解壓縮 R1 fastq 檔案并確定每個檔案中的行數，但不除以 4（或將輸出保存到 txt 檔案中）。
for i in $(ls ./ R1 ); 做 gzcat ./$i | wc -l 完成；
此處的其他帖子建議使用 bc 在 bash 中進行劃分，但我無法將其集成到回圈中。
uj5u.com熱心網友回復：
您永遠不會使用for i in $(ls anything)，請參閱Bash Pitfalls #1。對于帶有空格或任何其他特殊字符的檔案名，您的回圈將失敗。在大多數情況下，您只需使用 迭代檔案for i in path/*; do ...，但要了解，如果檔案名包含'\n'字符作為名稱的一部分，則可能會失敗。處理所有檔案名的最佳方法是使用findas while read -r name; do ... done < <(find path -type f -name "*.gz")（注意行程替換，< <(...)僅是 bash 構造，如果使用 POSIX shell，則通過管道連接到回圈）
接下來，要將名稱和行數 / 4 寫入新檔案，請將整個回圈包裝在一個新的范圍內，{ .... }然后簡單地將所有輸出一次重定向到新檔案。
您還應該添加驗證以檢查檔案是否是結尾的目錄gz并跳過任何找到的檔案，以及跳過任何空檔案（檔案大小為零）
如果您完全這樣做，您可以執行以下操作：
{
for i in R1/*.gz; do
[ -d "$i" ] && continue ## skip any directories
[ -s "$1" ] && continue ## skip empty files
nlines=$(gzcat "$i" | wc -l) ## get number of lines
printf "%s\t%s\n" "$i" $((nlines / 4)) ## output name, nlines / 4
done
} > newfile ## redirect all output to newfile
（輸出用分隔名稱和數字 / 4的tab字符寫入 - 根據需要調整）"\t"
看看事情，如果你有任何問題，請告訴我。
uj5u.com熱心網友回復：
進行整數運算的最簡單方法是使用$((...))符號，從這些簡單的示例中可以看出：
Prompt> echo $((2*6))
12
Prompt> echo $((20/4))
5
Prompt> echo $((21/4))
5
它也可以與其他命令結合使用，例如wc -l：
Prompt> cat .viminfo | wc -l
287
Prompt> echo $(($(cat .viminfo | wc -l) / 4))
71
uj5u.com熱心網友回復：
如果您允許 5 / 4 = 1（因此向下舍入到最接近的整數），這將起作用。如果您想使用小數 (5 / 4 = 1.25)，那么您需要bc或awk
for i in $(ls ./R1); do
nb_lines=$(gzcat ./$i | wc -l)
echo $((nb_lines / 4))
done;
轉載請註明出處，本文鏈接：https://www.uj5u.com/net/448360.html