很抱歉這個問題，但我是一個沒有太多編程經驗的生物資訊學家，我不知道如何解決它。
我在服務器目錄中有幾個 bam 檔案。我想計算grepbam 和相應的 fastq 檔案中出現的次數，但是由于空間不足，我還需要在分析后洗掉每個 fastq 檔案。
為了計算 BAM 中出現的次數，我嘗試了這個（但歡迎提出任何建議）：
for i in *bam* ; do
echo $i >> TELO_BAM
grep 'TTAGGG' $i |
wc -l >> TELO_BAM
done
如您所見，我還想將檔案名和計數放入 txt 檔案中。
現在，為了計算我嘗試過的 fastq 中的數字，但我不知道如何在我完成計數后立即洗掉 fastq（所以它不占用空間）：
for i in *bam*; do
samtools bam2fq $i >> $i\.fq |
echo $i >> TELO_FQ
grep 'TTAGGG' $i >> TELO_FQ
done
我不知道它是否有效，但我想將 bam 轉換為 fastq，將檔案名放在文本檔案中，計算 fastq 中的出現次數，然后將其洗掉并繼續下一個檔案。
uj5u.com熱心網友回復：
grep XXX | wc -l為您提供包含 的行數XXX，而不是出現次數（除非每行最多包含一次）。
使用 GNUgrep -o XXX | wc -l，您將能夠計算出現的總數。在回圈內部使用
>> TELO_XXX是次優的，最好使用檔案描述符。你命名 FastQ 檔案無需創建任何 FastQ 檔案；$i.fq，所以你只需要rm "$i.fq"在使用它之后。samtools bam2fq將其輸出寫入標準輸出，以便您可以grep直接使用。
這是一個未經測驗的代碼，說明了所有這些：
exec 3> TELO_BAM || exit 1
exec 4> TELO_FQ || exit 1
for bam in *bam*
do
printf '%s: ' "$bam" 1>&3
grep -o 'TTAGGG' "$bam" | wc -l 1>&3
printf '%s: ' "$bam.fq" 1>&4
samtools bam2fq "$bam" | grep -o 'TTAGGG' | wc -l 1>&4
done
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