R-使用GGplot2在縱向資料上繪制2-wayAnova結果-有解無憂

我希望顯示幾個時間點的雙向 Anova 分析的結果。這是初步資料，我有興趣了解時間和性別對腫瘤負荷的潛在關系。

我的資料：

    ID  Sex Tumor.Burden    Time.Point
Cage3   female  1270800 1
Cage3   female  1237600 2
Cage3   female  1288760 3
Cage3   female  775220  4
Cage4   female  1768400 1
Cage4   female  1630200 2
Cage4   female  1606900 3
Cage4   female  1134220 4
Cage5   male    1441500 1
Cage5   male    3000750 2
Cage5   male    5930500 3
Cage5   male    6944225 4
Cage6   male    2063640 1
Cage6   male    7067600 2
Cage6   male    10460400 3
Cage6   male    18764800 4

這是我正在使用的情節。我想指出，這不是用我剛剛列出的資料制作的，而是用類似的資料制作的。但是，我計劃在這里使用相同的方法。

ggplot(Data, aes(x = Time.Point, y = Tumor.Burden, color = Sex))   
  geom_line()   
  theme_minimal()   
  labs(title = "Weekly Follow-up of Tumor-Bearing Mice", x = "Time points (weeks)", y="Log(Tumor Burden)")  
  theme(plot.title = element_text(size = 10, hjust = 0.5))

R - 使用 GGplot2 在縱向資料上繪制 2-way Anova 結果

將上述每個時間點的重要性添加到圖上相應時間點的最佳方法是什么？IE 在時間點 1:5 時，男性和女性之間是否存在統計上的顯著差異？

目前，我正在關注：https ://www.datanovia.com/en/lessons/repeated-measures-anova-in-r/#two-way-repeated-measures-anova 。但是，最后我收到一個錯誤，這似乎與我的 ID 變數在我運行時被標記為 NA 有關

Data %>%
  group_by(Time.Point) %>%
   anova_test(dv = Tumor.Burden, wid = ID, within = Sex)

謝謝！

uj5u.com熱心網友回復：

要計算 p 值，您可以使用anova_test(Tumor.Burden ~ Sex)并在 a 中使用這些輸出 p 值以geom_text在您的圖中顯示它們，如下所示：

library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(rstatix)
library(dplyr)

p_values <- Data %>%
  group_by(Time.Point) %>%
  anova_test(Tumor.Burden ~ Sex)
#> Coefficient covariances computed by hccm()
#> Coefficient covariances computed by hccm()
#> Coefficient covariances computed by hccm()
#> Coefficient covariances computed by hccm()
p_values
#> # A tibble: 4 × 8
#>   Time.Point Effect   DFn   DFd     F     p `p<.05`   ges
#> *      <int> <chr>  <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <chr>   <dbl>
#> 1          1 Sex        1     2 0.342 0.618 ""      0.146
#> 2          2 Sex        1     2 3.11  0.22  ""      0.608
#> 3          3 Sex        1     2 8.83  0.097 ""      0.815
#> 4          4 Sex        1     2 4.05  0.182 ""      0.669

ggplot()   
  geom_line(Data, mapping = aes(x = Time.Point, y = Tumor.Burden, color = Sex))   
  geom_text(data = p_values, mapping = aes(x = Time.Point, y = 15000000, label = p), size = 3)  
  theme_minimal()   
  labs(title = "Weekly Follow-up of Tumor-Bearing Mice", x = "Time points (weeks)", y="Log(Tumor Burden)")  
  theme(plot.title = element_text(size = 10, hjust = 0.5))

R - 使用 GGplot2 在縱向資料上繪制 2-way Anova 結果

^{創建于 2022-11-16，使用reprex v2.0.2}

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標籤：r图表2ggpubr

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