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如何在小標題和小標題中的列/值上運行操作,小標題在串列中?

2021-10-29 00:57:22 其他

我是 R 的新手,因此很抱歉,如果 awnser 很明顯。我正在嘗試對小標題及其值/列執行操作,而此小標題是串列的一部分。以前我會手動上傳每個現在的 tibbles 作為 data.frame(csv 資料)并在 data.frame 上手動執行操作。不幸的是,這很煩人,所以我試圖同時為我的所有 data.frames 完成我在腳本中的所有操作。例如,到目前為止對我有用的是將 0.7 添加到串列中每個 tibble 名稱為“Temperature”的每列中的每個元素。我是這樣做的:

for(i in seq_along(Data_List)) {Data_List[[i]]$Temperature <- Data_List[[i]]$Temperature   0.7}

但是我現在想執行不同的任務:主要是我需要將我的小標題分成序列。當我一次使用一個 data.frame 時,這就是我所做的:

df_Sitting <- df[1:12, ]
df_Standing <- df[13:26, ]
df_LigEx <- df[27:35, ]
df_VigEx <- df[36:42, ]
df_After <- df[43:54, ]

如何為我現在擁有的所有 tibbles/data.frames 串列正確調整它?其次,我想進行描述性統計,Pearson Correlation 和 Lin Correlation。此外,我創建了一個 ggplot 和一個 Bland-Altman-Plot。我是這樣做的:

describe(df$Temperature)
describe(df$Temp_core)
cor.test(df)
library(epiR)
epi.ccc(df$Temp_core, df$Temperature, ci = "z-transform", 
        conf.level = 0.95, rep.measure = FALSE, subjectid)
mdata <- melt(df, id="Time")
ggplot(data = mdata, aes(x = Time, y = value)) 
  geom_point(aes(group= variable, color = variable)) 
  geom_line(aes(group= variable, color = variable))
library(BlandAltmanLeh)
BlandAltman_df <- bland.altman.plot(df$Temp_core, df$Temperature, graph.sys = "ggplot2")
print(BlandAltman_df  theme(plot.title=element_text(hjust = 0.5)))

我現在想一次為整個 tibbles 串列和 tibbles 中的變數串列運行上述所有函式,并獲取所有相應的統計資訊和繪圖,以便稍后創建 Markdown。我試過 lapply 但不知何故不起作用。我希望我正確地提出了這個問題,我很感激你的幫助!!

uj5u.com熱心網友回復:

與其他型別的串列,在作業R.是完全可行首先,我建議更換seq_alonglapply,或者因為你已經在使用tidyverse, purrr::map

for(i in seq_along(Data_List)) {
    Data_List[[i]]$Temperature <- Data_List[[i]]$Temperature   0.7
}

變成:

modified_data_list <- purrr::map(Data_List, function(df){
    dplyr::mutate(df, Temperature = Temperature   0.7)
})

您可以將同樣的原則應用于上述功能。請注意,我purrr:walk在這里使用而不是map,因為您沒有在函式中回傳修改后的資料框,而是呼叫它來實作“副作用”,如繪圖:

library(epiR)
library(BlandAltmanLeh)

modified_data_list <- purrr::walk(Data_List, function(df){
    describe(df$Temperature)
    describe(df$Temp_core)
    cor.test(df)
    epi.ccc(df$Temp_core, df$Temperature, ci = "z-transform", 
        conf.level = 0.95, rep.measure = FALSE, subjectid)
    mdata <- melt(df, id="Time")
    ggplot(data = mdata, aes(x = Time, y = value)) 
      geom_point(aes(group= variable, color = variable)) 
      geom_line(aes(group= variable, color = variable))
    BlandAltman_df <- bland.altman.plot(df$Temp_core, df$Temperature, graph.sys = "ggplot2")
    print(BlandAltman_df  theme(plot.title=element_text(hjust = 0.5)))
})

uj5u.com熱心網友回復:

您可以lapply將測驗和繪圖代碼添加到串列成員并回傳測驗結果和繪圖串列。類似于以下內容。

library(ggplot2)
library(epiR)
library(BlandAltmanLeh)

Data_List <- lapply(Data_List, \(X){
  X[["Temperature"]] <- X[["Temperature"]]   0.7
  X
})

cor_test_list <- lapply(Data_List, \(X) cor.test(formula = ~ Temperature   Temp_core, data = X))
lin_test_list <- lapply(Data_List, \(X){
  epi.ccc(
    X[["Temp_core"]], 
    X[["Temperature"]], 
    ci = "z-transform", 
    conf.level = 0.95, 
    rep.measure = FALSE
  )
})

gg_plot_list <- lapply(Data_List, \(X){
  mdata <- reshape2::melt(X, id = "Time")
  ggplot(data = mdata, aes(x = Time, y = value)) 
    geom_point(aes(group = variable, color = variable)) 
    geom_line(aes(group= variable, color = variable))
})

BlandAltman_List <- lapply(Data_List, \(X){
  BlandAltman_df <- bland.altman.plot(X$Temp_core, X$Temperature, graph.sys = "ggplot2")
  BlandAltman_df   
    theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
})

測驗

要訪問測驗結果,請再次使用*apply回圈和提取函式。

sapply(cor_test_list, "[[", "estimate")
# df_a.cor  df_b.cor  df_c.cor 
#0.7425467 0.5259107 0.4572278 

sapply(cor_test_list, "[[", "statistic")
#  df_a.t   df_b.t   df_c.t 
#7.680738 4.283887 3.561892 

sapply(cor_test_list, "[[", "p.value")
#        df_a         df_b         df_c 
#6.709843e-10 8.771860e-05 8.434625e-04 

sapply(lin_test_list, "[[", "rho.c")
sapply(lin_test_list, "[[", "sblalt")

地塊

這些圖可以一一繪制:

gg_plot_list[[1]]
BlandAltman_List[[1]]

或與print.

for(i in seq_along(gg_plot_list)) 
  print(gg_plot_list[[i]])

或者到圖形設備(到磁盤檔案)。

for(i in seq_along(gg_plot_list)) {
  filename <- sprintf("Rplotd.png", i)
  png(filename = filename)
  print(gg_plot_list[[i]])
  dev.off()
}

測驗資料

Data_List <- iris[1:2]
names(Data_List) <- c("Temp_core", "Temperature")
Data_List$Time <- rep(1:50, 3)
Data_List <- split(Data_List, iris$Species)
names(Data_List) <- paste("df", letters[1:3], sep = "_")
Data_List <- lapply(Data_List, \(x){row.names(x) <- NULL; x})

轉載請註明出處,本文鏈接:https://www.uj5u.com/qita/340007.html

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