必須使用 .sh 腳本來解壓和準備一些資料庫。代碼如下：
#
# Downloads and unzips all required data for AlphaFold.
#
# Usage: bash download_all_data.sh /path/to/download/directory
set -e
DOWNLOAD_DIR="$1"
for f in $(ls ${DOWNLOAD_DIR}/*.tar.gz)
do
tar --extract --verbose --file="${DOWNLOAD_DIR}/${f}" /
--directory="${DOWNLOAD_DIR}/mmseqs_dbs"
rm "${f}"
BASENAME="$(basename {f%%.*})"
DB_NAME="${BASENAME}_db"
OLD_PWD=$(pwd)
cd "${DOWNLOAD_DIR}/mmseqs_dbs"
mmseqs tar2exprofiledb "${BASENAME}" "${DB_NAME}"
mmseqs createindex "${DB_NAME}" "${DOWNLOAD_DIR}/tmp/"
cd "${OLD_PWD}"
done
當我運行代碼時，我收到了這個錯誤：
(openfold_venv) watson@watson:~/pedro/openfold$ sudo bash scripts/prep_mmseqs_dbs.sh data/
tar: data//data//colabfold_envdb_202108.tar.gz: Cannot open: No such file or directory
tar: Error is not recoverable: exiting now
我不明白為什么代碼會重復我的“DOWNLOAD_DIR”，正確的應該是：
data/colabfold_envdb_202108.tar.gz
并不是
data//data//colabfold_envdb_202108.tar.gz
有人可以幫助我嗎？
新代碼：
set -e
DOWNLOAD_DIR="$1"
for f in ${DOWNLOAD_DIR}/*.tar.gz;
do
tar --extract --verbose --file="$f" /
--directory="${DOWNLOAD_DIR}/mmseqs_dbs"
rm "${f}"
BASENAME="$(basename {f%%.*})"
DB_NAME="${BASENAME}_db"
OLD_PWD=$(pwd)
cd "${DOWNLOAD_DIR}/mmseqs_dbs"
mmseqs tar2exprofiledb "${BASENAME}" "${DB_NAME}"
mmseqs createindex "${DB_NAME}" "${DOWNLOAD_DIR}/tmp/"
cd "${OLD_PWD}"
done
uj5u.com熱心網友回復：
回答你的第一個問題：為什么重復？因為您在代碼中重復它：
for f in ${DOWNLOAD_DIR}/*.tar.gz;
do
tar --extract --verbose --file="${DOWNLOAD_DIR}/$f"
如果f是downloads/file.tar.gz，然后${DOWNLOAD_DIR}/${f}將決議downloads/downloads/file.tar.tgz。
至于你的第二個問題：轉義字符是反斜杠\，而不是正斜杠。您的多行命令應如下所示：
tar --extract --verbose --file="${DOWNLOAD_DIR}/${f}" \
--directory="${DOWNLOAD_DIR}/mmseqs_dbs"
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