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如何在 Kubernetes 集群中玩轉 Fluid + JuiceFS

2021-12-06 21:06:49 其他

作者簡介:
呂冬冬,云知聲超算平臺架構師, 負責大規模分布式機器學習平臺架構設計與功能研發,負責深度學習演算法應用的優化與 AI 模型加速,研究領域包括高性能計算、分布式檔案存盤、分布式快取等,
朱唯唯,Juicedata 全堆疊工程師,負責 JuiceFS CSI Driver 的開發和維護,負責 JuiceFS 在云原生領域的發展,

云知聲 Atlas 團隊在 2021 年初開始接觸并跟進 JuiceFS 存盤,并且在早期已經積累了豐富的 Fluid 使用經驗,近期,云知聲團隊與 Juicedata 團隊合作開發了 Fluid JuiceFS 加速引擎,使用戶能夠更好地在 Kubernetes 環境中使用 JuiceFS 快取管理能力,本篇文章講解如何在 Kubernetes 集群中玩轉 Fluid + JuiceFS,

背景介紹

Fluid 簡介

CNCF Fluid 是一個開源的 Kubernetes 原生的分布式資料集編排和加速引擎,主要服務于云原生場景下的資料密集型應用,例如大資料應用、AI 應用等,關于 Fluid 更多資訊可以參考地址,

Fluid 不是全存盤加速和管理,而是應用使用的資料集加速和管理,Fluid 提供了一種更加云原生的方式對資料集進行管理,通過快取加速引擎實作將底層存盤系統的資料 cache 在計算節點的記憶體或者硬碟上,解決了計算與存盤分離架構中由于資料傳輸帶寬限制以及底層存盤帶寬與 IOPS 能力限制等問題,導致的 IO 效率不高等問題,Fluid 提供快取資料調度能力,快取被納入 kubernetes 擴展資源,kubernetes 在進行任務的調度的時候,能夠參考快取進行調度策略的分配,

Fluid 有 2個重要的概念:Dataset 與 Runtime

  • Dataset: 資料集是邏輯上相關的一組資料的集合,一致的檔案特性,會被同一運算引擎使用,
  • Runtime: 實作資料集安全性,版本管理和資料加速等能力的執行引擎的介面,定義了一系列生命周期的方法,

Fluid 的 Runtime 定義了標準化的介面,Cache Runtime Engine 可以對接多種快取引擎,提供了用戶更靈活的選擇,用戶能夠針對不同的場景與需求,充分利用快取引擎加速相應的場景應用,

JuiceFS 簡介

JuiceFS 是一個面向云環境設計的高性能開源分布式檔案系統,完全兼容 POSIX、HDFS、S3 介面,適用于大資料、AI 模型訓練、Kubernetes 共享存盤、海量資料歸檔管理等場景,

使用 JuiceFS 存盤資料,資料本身會被持久化在物件存盤(例如,Amazon S3),而資料所對應的元資料可以根據場景需求被持久化在 Redis、MySQL、TiKV 等多種資料庫引擎中,JuiceFS 客戶端具有資料快取能力,當通過 JuiceFS 客戶端讀取資料時,這些資料將會智能地快取到應用配置的本地快取路徑(可以是記憶體,也可以是磁盤),同時元資料也會快取到客戶端節點本地記憶體中,

對于 AI 模型訓練場景來說,第一個 epoch 完成之后后續的計算都可以直接從快取中獲取訓練資料,極大地提升了訓練效率,JuiceFS 也具有預讀、并發讀取資料的能力,在 AI 訓練場景能夠保證每個 mini-batch 的生成效率,提前準備好資料,資料預熱能夠提前將公有云上的資料換到到本地節點,對于 AI 訓練場景能夠保證申請完 GPU 資源后,即有預熱的資料進行運算,為寶貴的 GPU 使用節省了時間,

為什么使用 JuiceFSRuntime

云知聲 Atlas 超算平臺作為底層基礎架構,支持著公司在 AI 各個領域的模型訓練與推理服務的開展,云知聲很早就開始布局建設業界領先的 GPU/CPU 異構 Atlas 計算平臺和分布式檔案存盤系統,該計算集群可為 AI 計算提供高性能計算和海量資料的存盤訪問能力,云知聲 Atlas 團隊在 2021 年初開始接觸并跟進 JuiceFS 存盤,進行了一系列 POC 測驗,在資料可靠性與業務場景的適配,都滿足我們目前的需求,

在訓練場景我們充分利用 JuiceFS 客戶端的快取能力,為 AI 模型訓練做資料加速,但是在使用程序中發現了一些問題:

  • 訓練 Pod 通過 hostpath 掛載,需要在每個計算節點掛載 JuiceFS 客戶端,掛載需要管理員操作,掛載引數固定,不夠靈活,
  • 用戶無法對計算節點客戶端的快取管理,快取無法手動清理與擴容,
  • 快取資料集無法像 Kubernetes 自定義資源一樣能夠被 kubernetes 進行調度,

由于我們在生產環境已經積累了一定的 Fluid 使用經驗,所以我們與 Juicedata 團隊合作設計并開發了 JuiceFSRuntime,將 Fluid 對資料編排與管理能力和 JuiceFS 的快取能力結合起來,

什么是 Fluid + JuiceFS(JuiceFSRuntime)

JuiceFSRuntime 是 Fluid 自定義的一種 Runtime,其中可以指定 JuiceFS 的 worker、fuse 鏡像以及相應的快取引數,其構建方式與 Fluid 其他 Runtime 一致,即通過 CRD 的方式構建,JuiceFSRuntime Controller 監聽 JuiceFSRuntime 資源,實作快取 Pod 的管理,

JuiceFSRuntime 支持資料親和性調度(nodeAffinity),選擇合適的快取節點,支持 Fuse pod 懶啟動,支持用戶以 POSIX 介面訪問資料,目前只支持一個掛載點,

其架構圖如上圖所示,JuiceFSRuntime 由 Fuse Pod 與 Worker Pod 組成,Worker pod 主要實作快取的管理,如 Runtime 退出時的快取清理;Fuse pod 主要負責 JuiceFS 客戶端的引數設定及掛載,

如何使用 JuiceFSRunime

下面來看看如何使用 JuiceFSRuntime 進行快取加速,

前期準備

要使用 JuiceFSRuntime 首先需要準備元資料引擎和物件存盤,

構建元資料引擎

用戶可以很容易的在云計算平臺購買到各種配置的云 Redis 資料庫,如果是評估測驗使用可以使用 Docker 快速的在服務器上運行一個 Redis 資料庫實體:

$ sudo docker run -d --name redis \
	-v redis-data:/data \
	-p 6379:6379 \
	--restart unless-stopped \
	redis redis-server --appendonly yes

準備物件存盤

和 Redis 資料庫一樣,幾乎所有的公有云計算平臺都提供物件存盤服務,因為 JuiceFS 支持幾乎所有主流平臺的物件存盤服務,用戶可以結合自己的情況進行部署,

這里是評估測驗應該使用的是 Dokcer 運行的 minio 實體:

$ $ sudo docker run -d --name minio \
    -p 9000:9000 \
    -p 9900:9900 \
    -v $PWD/minio-data:/data \
    --restart unless-stopped \
    minio/minio server /data --console-address ":9900"

物件存盤初始的 Access Key 和 Secret Key 均為 minioadmin,

下載并安裝 Fluid

按照檔案步驟安裝 Fluid,在 Fluid 的安裝 chart values.yaml 中將 runtime.juicefs.enable 設定為 true,并安裝 Fluid,確保 Fluid 集群正常運行:

kubectl get po -n fluid-system
NAME                                         READY   STATUS              RESTARTS   AGE
csi-nodeplugin-fluid-ctc4l                   2/2     Running             0          113s
csi-nodeplugin-fluid-k7cqt                   2/2     Running             0          113s
csi-nodeplugin-fluid-x9dfd                   2/2     Running             0          113s
dataset-controller-57ddd56b54-9vd86          1/1     Running             0          113s
fluid-webhook-84467465f8-t65mr               1/1     Running             0          113s
juicefsruntime-controller-56df96b75f-qzq8x   1/1     Running             0          113s

確保 juicefsruntime-controllerdataset-controllerfluid-webhookpod 以及若干 csi-nodeplugin pod 正常運行,

創建 Dataset

在使用 JuiceFS 之前,需要提供元資料服務(如 redis)及物件存盤服務(如 minio)的引數,并創建對應的 secret:

kubectl create secret generic jfs-secret \
    --from-literal=metaurl=redis://$IP:6379/1 \  # redis 的地址 IP 為 redis 所在節點的 IP
    --from-literal=access-key=minioadmin \ # 物件存盤的 ak
    --from-literal=secret-key=minioadmin  #物件存盤的 sk

創建 Dataset yaml 檔案

cat<<EOF >dataset.yaml
apiVersion: data.fluid.io/v1alpha1
kind: Dataset
metadata:
  name: jfsdemo
spec:
  mounts:
    - name: minio
      mountPoint: "juicefs:///demo"
      options:
        bucket: "<bucket>"
        storage: "minio"
      encryptOptions:
        - name: metaurl
          valueFrom:
            secretKeyRef:
              name: jfs-secret
              key: metaurl
        - name: access-key
          valueFrom:
            secretKeyRef:
              name: jfs-secret
              key: access-key
        - name: secret-key
          valueFrom:
            secretKeyRef:
              name: jfs-secret
              key: secret-key
EOF

由于 JuiceFS 采用的是本地快取,對應的 Dataset 只支持一個 mount,且 JuiceFS 沒有 UFS,mountpoint 中可以指定需要掛載的子目錄 ("juicefs:///" 為根路徑),會作為根目錄掛載到容器內,

創建 Dataset 并查看 Dataset 狀態

$ kubectl create -f dataset.yaml
dataset.data.fluid.io/jfsdemo created
 
$ kubectl get dataset jfsdemo
NAME      UFS TOTAL SIZE   CACHED   CACHE CAPACITY   CACHED PERCENTAGE   PHASE      AGE
jfsdemo                                                                  NotBound   44s

如上所示,status 中的 phase 屬性值為 NotBound,這意味著該 Dataset 資源物件目前還未與任何 JuiceFSRuntime 資源物件系結,接下來,我們將創建一個 JuiceFSRuntime 資源物件,

創建 JuiceFSRuntime

創建 JuiceFSRuntime 的 yaml 檔案

$ cat<<EOF >runtime.yaml
apiVersion: data.fluid.io/v1alpha1
kind: JuiceFSRuntime
metadata:
  name: jfsdemo
spec:
  replicas: 1
  tieredstore:
    levels:
      - mediumtype: SSD
        path: /cache
        quota: 40960   # JuiceFS 中 quota 的最小單位是 MiB,所以這里是 40GiB
        low: "0.1"
EOF

創建并查看 JuiceFSRuntime

$ $ kubectl create -f runtime.yaml
juicefsruntime.data.fluid.io/jfsdemo created

$ kubectl get juicefsruntime
NAME      WORKER PHASE   FUSE PHASE   AGE
jfsdemo   Ready                       Ready        72s

查看 JuiceFS 相關組件 Pod 的狀態

$$ kubectl get po |grep jfs
jfsdemo-worker-mjplw                                           1/1     Running   0          4m2s

JuiceFSRuntime 沒有 master 組件,而 Fuse 組件實作了懶啟動,會在 pod 使用時再創建,

創建快取加速作業

創建需要加速的應用,其中 Pod 使用上面創建的 Dataset 的方式為指定同名的 PVC

$ cat<<EOF >sample.yaml
apiVersion: v1
kind: Pod
metadata:
  name: demo-app
spec:
  containers:
    - name: demo
      image: nginx
      volumeMounts:
        - mountPath: /data
          name: demo
  volumes:
    - name: demo
      persistentVolumeClaim:
        claimName: jfsdemo
EOF

創建 Pod

$ kubectl create -f sample.yaml
pod/demo-app created

查看 pod 狀態

$ kubectl get po |grep demo
demo-app                                                       1/1     Running   0          31s
jfsdemo-fuse-fx7np                                             1/1     Running   0          31s
jfsdemo-worker-mjplw                                           1/1     Running   0          10m

可以看到 pod 已經創建成功,同時 JuiceFS 的 Fuse 組件也啟動成功,

進入 Pod 執行 df -hT 查看快取目錄是否掛載:

$ kubectl exec -it demo-app  bash -- df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
overlay          20G   14G  5.9G  71% /
tmpfs            64M     0   64M   0% /dev
tmpfs           3.9G     0  3.9G   0% /sys/fs/cgroup
JuiceFS:minio   1.0P  7.9M  1.0P   1% /data

可以看到這時候快取目錄已經成功掛載了,

接下來,我們在 demo-app 這個 pod 中測驗一下寫功能:

$ kubectl exec -it demo-app bash
[root@demo-app /]# df
Filesystem         1K-blocks     Used     Available Use% Mounted on
overlay             20751360 14585944       6165416  71% /
tmpfs                  65536        0         65536   0% /dev
tmpfs                3995028        0       3995028   0% /sys/fs/cgroup
JuiceFS:minio  1099511627776     8000 1099511619776   1% /data
/dev/sda2           20751360 14585944       6165416  71% /etc/hosts
shm                    65536        0         65536   0% /dev/shm
tmpfs                3995028       12       3995016   1% /run/secrets/kubernetes.io/serviceaccount
tmpfs                3995028        0       3995028   0% /proc/acpi
tmpfs                3995028        0       3995028   0% /proc/scsi
tmpfs                3995028        0       3995028   0% /sys/firmware
[root@demo-app /]#
[root@demo-app /]# cd /data
[root@demo-app data]# echo "hello fluid" > hello.txt
[root@demo-app data]# cat hello.txt
hello fluid

最后再來看看快取功能,在 demo-app 這個 pod 中的掛載目錄 /data 中創建一個 1G 的檔案,然后再 cp 出來:

$ kubectl exec -it demo-app  bash
root@demo-app:~# dd if=/dev/zero of=/data/test.txt count=1024 bs=1M
1024+0 records in
1024+0 records out
1073741824 bytes (1.1 GB, 1.0 GiB) copied, 6.55431 s, 164 MB/s
root@demo-app:~# time cp /data/test.txt ./test.txt
real	0m5.014s
user	0m0.003s
sys	0m0.702s
root@demo-app:~# time cp /data/test.txt ./test.txt
real	0m0.602s
user	0m0.004s
sys	0m0.584s

從執行結果來看,第一次 cp 用了 5s,此時建立快取,第二次 cp 的時候由于快取已經存在,只用了 0.6s,JuiceFS 所提供的強大的快取能力,使得只要訪問某個檔案一次,該檔案就會被快取在本地快取路徑中中,所有接下來的重復訪問都是從 JuiceFS 中直接獲取資料,

后續規劃

目前 JuiceFSRuntime 支持的功能并不多,未來我們會繼續完善,比如 Fuse Pod 以 Nonroot 的方式運行,以及 Dataload 資料預熱功能等,

推薦閱讀:
知乎 x JuiceFS:利用 JuiceFS 給 Flink 容器啟動加速

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    隨著前端技術的不斷發展和應用程式的日益復雜,前端自動化測驗也在不斷演進。隨著 Web 應用程式變得越來越復雜,自動化測驗的需求也越來越高。如今,自動化測驗已經成為 Web 應用程式開發程序中不可或缺的一部分,它們可以幫助開發人員更快地發現和修復錯誤,提高應用程式的性能和可靠性。 ......

    uj5u.com 2023-04-20 07:43:16 more
  • CANN開發實踐:4個DVPP記憶體問題的典型案例解讀

    摘要:由于DVPP媒體資料處理功能對存放輸入、輸出資料的記憶體有更高的要求(例如,記憶體首地址128位元組對齊),因此需呼叫專用的記憶體申請介面,那么本期就分享幾個關于DVPP記憶體問題的典型案例,并給出原因分析及解決方法。 本文分享自華為云社區《FAQ_DVPP記憶體問題案例》,作者:昇騰CANN。 DVPP ......

    uj5u.com 2023-04-20 07:43:03 more
  • msf學習

    msf學習 以kali自帶的msf為例 一、msf核心模塊與功能 msf模塊都放在/usr/share/metasploit-framework/modules目錄下 1、auxiliary 輔助模塊,輔助滲透(埠掃描、登錄密碼爆破、漏洞驗證等) 2、encoders 編碼器模塊,主要包含各種編碼 ......

    uj5u.com 2023-04-20 07:42:59 more
  • Halcon軟體安裝與界面簡介

    1. 下載Halcon17版本到到本地 2. 雙擊安裝包后 3. 步驟如下 1.2 Halcon軟體安裝 界面分為四大塊 1. Halcon的五個助手 1) 影像采集助手:與相機連接,設定相機引數,采集影像 2) 標定助手:九點標定或是其它的標定,生成標定檔案及內參外參,可以將像素單位轉換為長度單位 ......

    uj5u.com 2023-04-20 07:42:17 more
  • 在MacOS下使用Unity3D開發游戲

    第一次發博客,先發一下我的游戲開發環境吧。 去年2月份買了一臺MacBookPro2021 M1pro(以下簡稱mbp),這一年來一直在用mbp開發游戲。我大致分享一下我的開發工具以及使用體驗。 1、Unity 官網鏈接: https://unity.cn/releases 我一般使用的Apple ......

    uj5u.com 2023-04-20 07:40:19 more