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我需要最快的方法來處理數值陣列資料的數學運算

2021-12-11 20:17:22 其他

如果這是在不正確的論壇中,我深表歉意。盡管在這個站點上發現了很多陣列操作,但其中大多數是平均/求和……使用 LINQ 作為一個集合的數字陣列,它可以很好地處理陣列中的所有值。但是我需要處理多個陣列(相同大小)上的每個索引。

我的例程從設備接收陣列資料,通常double[512]ushort[512]單個設備本身將始終具有相同大小的陣列資料,但陣列大小的范圍可以從 256 到 2048,具體取決于設備。我需要CountToAverage將陣列的數量保持為平均值。每次接收到一個陣列,都必須從佇列中push和pop,以保證平均程序中陣列的個數一致(這部分程序在本Setup()次基準測驗中是固定的。為了比較,基準測驗結果顯示在代碼之后。

  1. 我正在尋找的是最快最有效的方法來平均所有陣列的每個索引的值,并回傳一個新陣列(相同大小),其中每個索引都是從陣列集中平均的。要平均的陣列數量可以在 3 到 25 之間(下面的代碼將基準引數設定為 10)。我在測驗中有 2 種不同的平均方法,第 2 種明顯更快,比第一種快 6-7 倍。我的第一個問題是;有什么方法可以更快地實作這一目標,可以在 O(1) 或 O(log n) 時間復雜度下完成?

  2. 其次,我使用一個佇列(ConcurrentQueue為了實作可以更改為)作為要處理的陣列的持有者。我使用佇列的主要原因是因為我可以保證對陣列的饋送進行 FIFO 處理,這是至關重要的。此外,我可以通過foreach回圈(就像 a List處理佇列中的值,而不必在我準備好之前出隊。如果有人知道這是否會影響性能,我會很感興趣,因為我沒有對其進行基準測驗。請記住,它必須是執行緒安全的。如果您有以執行緒安全的方式處理多組陣列資料的替代方法,我會“全神貫注”。

性能要求的原因是這不是唯一發生的程序,我有多個設備以大約每 1-5 毫秒 1 的速率“流式傳輸”陣列結果,對于來自不同執行緒/行程的每個設備/connections,還有其他幾個更密集的演算法要處理,所以這不是瓶頸。

感謝您對優化和性能的任何見解。

using System;
using System.Collections.Generic;
using BenchmarkDotNet.Attributes;
using BenchmarkDotNet.Jobs;
using BenchmarkDotNet.Running;
using Microsoft.Diagnostics.Tracing.Parsers.MicrosoftAntimalwareEngine;

namespace ArrayAverage
{
    public class ArrayAverage
    {
        [Params(10)]
        public int CountToAverage;

        [Params(512, 2048)]
        public int PixelSize;

        static Queue<double[]> calcRepo = new Queue<double[]>();
        static List<double[]> spectra = new();
        
        [Benchmark]
        public double[] CalculateIndexAverages()
        {
            // This is too slow
            var avg = new double[PixelSize];
            for (int i = 0; i < PixelSize; i  )
            {
                foreach (var arrayData in calcRepo)
                {
                    avg[i]  = arrayData[i];
                }
                avg[i] /= calcRepo.Count;
            }
            return avg;
        }
        
        [Benchmark]
        public double[] CalculateIndexAverages2()
        {
            // this is faster, but is it the fastest?
            var sum = new double[PixelSize];
            int cnt = calcRepo.Count;
            foreach (var arrayData in calcRepo)
            {
                for (int i = 0; i < PixelSize; i  )
                {
                    sum[i]  = arrayData[i];
                }
            }

            var avg = new double[PixelSize];
            for (int i = 0; i < PixelSize; i  )
            {
                avg[i] = sum[i] / cnt;
            }

            return avg;
        }
        
        [GlobalSetup]
        public void Setup()
        {
            // Just generating some data as simple Triangular curve simulating a range of spectra
            for (double offset = 0; offset < CountToAverage; offset  )
            {
                var values = new double[PixelSize];
                var decrement = 0;
                for (int i = 0; i < PixelSize; i  )
                {
                    if (i > (PixelSize / 2))
                        decrement--;
                    values[i] = (offset / 7)   i   (decrement * 2);
                }
                calcRepo.Enqueue(values);
            }
        }        
    }
    
    public class App
    {
        public static void Main()
        {
            BenchmarkRunner.Run<ArrayAverage>();
        }
    }
}

基準測驗結果:


BenchmarkDotNet=v0.13.1, OS=Windows 10.0.19043.1348 (21H1/May2021Update)
Intel Core i7-6700HQ CPU 2.60GHz (Skylake), 1 CPU, 8 logical and 4 physical cores
.NET SDK=6.0.100-preview.7.21379.14
  [Host]     : .NET 5.0.12 (5.0.1221.52207), X64 RyuJIT  [AttachedDebugger]
  DefaultJob : .NET 5.0.12 (5.0.1221.52207), X64 RyuJIT
方法 陣列求平均值 陣列大小 意思是 錯誤 標準差
計算指數平均值 10 512 32.164 微秒 0.5485 微秒 0.5130 微秒
計算指數平均值2 10 512 5.792 微秒 0.1135 微秒 0.2241 微秒
計算指數平均值 10 2048 123.628 微秒 2.3394 微秒 1.9535 微秒
計算指數平均值2 10 2048 22.311 微秒 0.4366 微秒 0.8093 微秒

uj5u.com熱心網友回復:

在處理大量資料的簡單操作時,您會對SIMD非常感興趣

SIMD 代表“單指令,多資料”。它是一組處理器指令......允許數學運算并行執行一組值。

在您的特定情況下,使用Vector<T>示例將使您快速獲勝。天真地將最快的方法轉換為使用 Vectors 已經在我的 PC 上提高了大約 2 倍的速度。

public double[] CalculateIndexAverages4() {
    // Assumption: PixelSize is a round multiple of Vector<>.Count
    // If not, you'll have to add in the 'remainder' from the example.
    var batch = Vector<double>.Count;
    
    var sum = new double[PixelSize];
    foreach (var arrayData in calcRepo) {
        // Vectorised summing:
        for (int i = 0; i <= PixelSize - batch; i  = batch) {
            var vSum = new Vector<double>(sum, i);
            var vData = new Vector<double>(arrayData, i);
            (vSum   vData).CopyTo(sum, i);
        }
    }

    var vCnt = Vector<double>.One * calcRepo.Count;
    // Reuse sum[] for averaging, so we don't incur memory allocation cost
    for (int i = 0; i <= PixelSize - batch; i  = batch) {
        var vSum = new Vector<double>(sum, i);
        (vSum / vCnt).CopyTo(sum, i);
    }
    return sum;
}

Vector<T>.Count為您提供了將多少項并行化為一條指令。在這種情況下double,它可能4在大多數支持AVX2 的現代 CPU 上

如果您能夠接受失去精度,可以去float,你會得到一個很大再次加倍在一個單一的CPU運算處理的資料量更大的勝利。所有這一切甚至無需更改您的演算法

uj5u.com熱心網友回復:

您可以通過減少記憶體分配來進一步優化代碼。如果該方法被頻繁呼叫,花費的時間GC將完全占據主導地位。

// Assuming the data fits on the stack. Some 100k pixels should be safe.
Span<double> sum = stackalloc double[PixelSize];
// ...
Span<double> avg = stackalloc double[PixelSize];

也可能洗掉額外的堆疊分配avg并簡單地重用sum

for (int i = 0; i < sum.Length; i  )
{
    sum[i] /= cnt;
}

// TODO: Avoid array allocation! Maybe use a pre-allocated array and fill it here.
return sum.ToArray();

uj5u.com熱心網友回復:

在我看來,這將是相當好的優化代碼。第二個選項更快的一個主要原因是它線性訪問記憶體,而不是在多個不同的陣列之間跳轉。另一個因素是foreach回圈有一些開銷,因此將其放在外回圈中也會有所幫助。

通過將佇列和 foreach 回圈切換為串列/陣列和 for 回圈,您可能會獲得一點性能,但由于PixelSizeCountToAverage我預期的要大得多,因此收益相當小。

展開回圈以一次處理 4 個值可能會有所幫助。c# 編譯器可以自動應用此類優化,但通常很難判斷應用了哪些優化,因此僅進行測驗可能更容易。

下一步是研究并行化。像這樣的簡單求和代碼可能會受益于SIMD 一次處理多個值。但是該鏈接顯示,使用特定于處理器的內在函式比更通用的具有更大的好處Vector<T>,但可能需要針對您所針對的每個平臺使用單獨的代碼路徑。該鏈接還提供了在各種優化級別上求和值的性能示例,以及示例代碼,因此非常值得一讀。

另一種選擇是使用多個執行緒Parallel.For/Foreach,但在 6μs 時,開銷可能會大于任何增益,除非資料的大小明顯更大。

轉載請註明出處,本文鏈接:https://www.uj5u.com/qita/379353.html

標籤:C# 数组 多线程 表现 优化

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