在python腳本中集成一個回圈

我是 Python 的初學者，如果有人可以幫助我解決以下問題，我將不勝感激：我想運行此腳本 10 次，并且每次運行子批次（從 0 到 9）進行更改：

例如，第一次運行將是：

python $GWAS_TOOLS/gwas_summary_imputation.py \
-by_region_file $DATA/eur_ld.bed.gz \
-gwas_file $OUTPUT/harmonized_gwas/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE.txt.gz \
-parquet_genotype $DATA/reference_panel_1000G/chr1.variants.parquet \
-parquet_genotype_metadata $DATA/reference_panel_1000G/variant_metadata.parquet \
-window 100000 \
-parsimony 7 \
-chromosome 1 \
-regularization 0.1 \
-frequency_filter 0.01 \
-sub_batches 10 \
-sub_batch 0 \
--standardise_dosages \
-output $OUTPUT/summary_imputation_1000G/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE_chr1_sb0_reg0.1_ff0.01_by_region.txt.gz

第二次運行將是

python $GWAS_TOOLS/gwas_summary_imputation.py \
-by_region_file $DATA/eur_ld.bed.gz \
-gwas_file $OUTPUT/harmonized_gwas/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE.txt.gz \
-parquet_genotype $DATA/reference_panel_1000G/chr1.variants.parquet \
-parquet_genotype_metadata $DATA/reference_panel_1000G/variant_metadata.parquet \
-window 100000 \
-parsimony 7 \
-chromosome 1 \
-regularization 0.1 \
-frequency_filter 0.01 \
-sub_batches 10 \
-sub_batch 1 \
--standardise_dosages \
-output $OUTPUT/summary_imputation_1000G/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE_chr1_sb0_reg0.1_ff0.01_by_region.txt.gz

我確信這可以通過回圈來完成，但不太確定如何在 python 中做到這一點？

非常感謝你的任何建議，莎莉

uj5u.com熱心網友回復：

雖然我們無法在不實際查看 python 代碼的情況下向您展示如何將回圈改進為 python 代碼，但您可以使用 shell 回圈來完成您想要的操作，而無需接觸 python 代碼。對于 bash shell，它看起來像這樣：

for sub_batch in {0..9}; do \
  python $GWAS_TOOLS/gwas_summary_imputation.py \
  -by_region_file $DATA/eur_ld.bed.gz \
  -gwas_file $OUTPUT/harmonized_gwas/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE.txt.gz \
  -parquet_genotype $DATA/reference_panel_1000G/chr1.variants.parquet \
  -parquet_genotype_metadata 
  $DATA/reference_panel_1000G/variant_metadata.parquet \
  -window 100000 \
  -parsimony 7 \
  -chromosome 1 \
  -regularization 0.1 \
  -frequency_filter 0.01 \
  -sub_batches 10 \
  -sub_batch $sub_batch \
  --standardise_dosages \
  -output $OUTPUT/summary_imputation_1000G/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE_chr1_sb0_reg0.1_ff0.01_by_region.txt.gz 
done

uj5u.com熱心網友回復：

您正在尋找的似乎是一種在命令列上運行相同命令一定次數的方法。

如果你在 Linux 上使用 bash shell，這可以使用 shell 回圈來完成：

for i in {0..9}; do
python $GWAS_TOOLS/gwas_summary_imputation.py \
-by_region_file $DATA/eur_ld.bed.gz \
-gwas_file $OUTPUT/harmonized_gwas/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE.txt.gz \
-parquet_genotype $DATA/reference_panel_1000G/chr1.variants.parquet \
-parquet_genotype_metadata $DATA/reference_panel_1000G/variant_metadata.parquet \
-window 100000 \
-parsimony 7 \
-chromosome 1 \
-regularization 0.1 \
-frequency_filter 0.01 \
-sub_batches 10 \
-sub_batch $i \
--standardise_dosages \
-output $OUTPUT/summary_imputation_1000G/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE_chr1_sb0_reg0.1_ff0.01_by_region.txt.gz
done

如果您使用的是 Windows，則可以使用 powershell 實作類似的功能：

for ($i=0; $i -le 9; $i  ) {

    python $GWAS_TOOLS/gwas_summary_imputation.py \
    -by_region_file $DATA/eur_ld.bed.gz \
    -gwas_file $OUTPUT/harmonized_gwas/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE.txt.gz \
    -parquet_genotype $DATA/reference_panel_1000G/chr1.variants.parquet \
    -parquet_genotype_metadata $DATA/reference_panel_1000G/variant_metadata.parquet \
    -window 100000 \
    -parsimony 7 \
    -chromosome 1 \
    -regularization 0.1 \
    -frequency_filter 0.01 \
    -sub_batches 10 \
    -sub_batch $i \
    --standardise_dosages \
    -output $OUTPUT/summary_imputation_1000G/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE_chr1_sb0_reg0.1_ff0.01_by_region.txt.gz
}

uj5u.com熱心網友回復：

python中從0到10的回圈非常簡單。

for i in range(0, 10):
    do stuff

標籤：Python 循环

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