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如何優化awk搜索和替換腳本

2022-03-12 04:49:07 其他

這是問題所在。

我有一個檔案，我需要在其中檢查第一列和第二列中的數字實體并將其替換為相應的名稱/ID。

有問題的檔案如下所示，我們將其命名為 samples.txt：

a   b   nSites  J9  J8  J7  J6  J5  J4  J3  J2  J1  rab Fa  Fb  theta   inbred_relatedness_1_2  inbred_relatedness_2_1  fraternity  identity    zygosity    2of3_IDB    FDiff   loglh   nIter   bestoptimll coverage    2dsfs   R0  R1  KING    2dsfs_loglike   2dsfsf_niter
0   1   110869  1.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000001    0.000004    0.000000    0.000001    0.000000    0.000000    0.000001    0.000000    0.000001    0.000003    0.000001    -172458.670509  58  -172458.743214  0.999964    1.837844e-01,1.472857e-01,3.964455e-02,1.549278e-01,1.560343e-01,9.930636e-02,3.822848e-02,9.223201e-02,8.855644e-02    0.499076    0.272966    0.000358    -231585.329751  5
0   2   110862  1.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    -183086.681714  38  -183086.685699  0.999901    1.825920e-01,1.500752e-01,3.805942e-02,1.515067e-01,1.627393e-01,9.600464e-02,4.057636e-02,9.130610e-02,8.714018e-02    0.483201    0.286751    0.006714    -231450.057989  6
0   3   110862  1.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000003    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000001    0.000001    -183177.485139  45  -183177.507865  0.999901    1.829350e-01,1.450782e-01,4.270378e-02,1.540806e-01,1.580381e-01,9.817012e-02,4.022413e-02,9.105947e-02,8.771068e-02    0.524734    0.276621    -0.009718   -232160.853650  6
0   4   110865  1.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000001    0.000006    0.000001    0.000001    0.000000    0.000001    0.000000    0.000000    0.000000    0.000004    0.000003    -185038.457036  53  -185038.537727  0.999928    1.763022e-01,1.560086e-01,3.841510e-02,1.517147e-01,1.659002e-01,9.265872e-02,3.999819e-02,9.325335e-02,8.574894e-02    0.472653    0.290011    0.010993    -231288.726053  5
0   5   110865  1.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000002    0.000005    0.000002    0.000002    0.000002    0.000002    0.000000    0.000002    0.000002    0.000003    0.000001    -186050.631757  47  -186050.757441  0.999928    1.724535e-01,1.597864e-01,3.847920e-02,1.523892e-01,1.663541e-01,9.152108e-02,4.180401e-02,9.761899e-02,7.959339e-02    0.482604    0.286029    0.006939    -231368.083428  6
1   2   110866  0.175538    0.824462    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.412231    0.000000    0.000000    0.206115    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.412231    0.000000    -159435.171396  126 -1  0.999937    2.600724e-01,1.168766e-01,1.398141e-05,1.145118e-01,1.969803e-01,8.406278e-02,3.143034e-07,9.043812e-02,1.370437e-01    0.000073    0.485288    0.246236    -207541.041229  13
1   3   110866  0.079102    0.920898    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.460449    0.000000    0.000000    0.230225    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.460449    0.000000    -158580.390547  134 -1  0.999937    2.647743e-01,1.121666e-01,1.169660e-05,1.124294e-01,1.954374e-01,8.770696e-02,1.354863e-05,8.664493e-02,1.408153e-01    0.000129    0.489851    0.247381    -206817.111836  13
1   4   110869  1.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000001    0.000000    0.000002    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000002    -0.000001   -165161.382582  46  -165161.438820  0.999964    1.746199e-01,1.620008e-01,4.033822e-02,1.490423e-01,1.539301e-01,9.257268e-02,4.436021e-02,9.920260e-02,8.393319e-02    0.550240    0.262001    -0.019079   -232444.799468  5
1   5   110869  1.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000001    -0.000000   -166172.116239  54  -166172.136306  0.999964    1.753381e-01,1.619384e-01,3.967325e-02,1.464603e-01,1.606635e-01,8.843158e-02,4.485591e-02,1.011443e-01,8.149469e-02    0.526125    0.275815    -0.010246   -232079.896156  5
2   3   110860  1.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000001    0.000001    0.000001    0.000001    0.000001    0.000001    0.000000    0.000001    0.000001    0.000001    -0.000000   -173932.994973  42  -173933.036121  0.999883    1.866618e-01,1.443290e-01,4.370005e-02,1.507040e-01,1.596694e-01,9.379667e-02,3.991130e-02,9.013509e-02,9.109267e-02    0.523653    0.283818    -0.009462   -232151.462292  6
2   4   110864  1.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    -175792.304256  98  -175792.304466  0.999919    1.732800e-01,1.590686e-01,4.234024e-02,1.535167e-01,1.620891e-01,8.853151e-02,4.122604e-02,9.397397e-02,8.597382e-02    0.515558    0.280113    -0.006156   -231990.297434  6
2   5   110862  1.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    -176798.506531  90  -176798.512845  0.999901    1.710777e-01,1.636463e-01,3.995366e-02,1.531499e-01,1.614073e-01,8.958210e-02,4.242638e-02,9.869295e-02,8.006375e-02    0.510386    0.274759    -0.004050   -231742.876506  6
3   4   110863  1.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000003    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000002    0.000001    -175883.748337  54  -175883.792877  0.999910    1.738435e-01,1.626377e-01,4.081213e-02,1.500631e-01,1.501179e-01,9.394541e-02,4.411551e-02,1.024025e-01,8.206222e-02    0.565739    0.252734    -0.024389   -232587.265425  6
3   5   110862  1.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000001    0.000000    0.000001    0.000001    -0.000000   -176893.423638  66  -176893.448036  0.999901    1.741417e-01,1.618187e-01,4.133086e-02,1.465582e-01,1.591761e-01,8.839478e-02,4.595996e-02,1.027492e-01,7.987048e-02    0.548392    0.271256    -0.018836   -232451.945313  6
4   5   110867  0.175600    0.824400    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.412200    0.000000    0.000000    0.206100    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.412200    -0.000000   -173922.125305  82  -1  0.999946    2.436631e-01,1.243375e-01,5.833181e-08,1.229663e-01,2.042798e-01,8.790167e-02,6.085541e-07,9.511358e-02,1.217374e-01    0.000003    0.474716    0.243514    -208520.938655  9

這是我當前的解決方案，這是我在要修改的檔案上呼叫的 bash 腳本檔案。\

例子：bash change-column-value.sh samples.txt

FILE=$1
function main {
  awk -v search=$1 -v replace=$2 '$1 == search { $1 = replace }1' $FILE > tmp
  awk -v search=$1 -v replace=$2 '$2 == search { $2 = replace }1' tmp > $FILE
  rm tmp
}

main 0 A0081.bam
main 1 A0082.bam
main 3 A0083.bam
main 4 A0084.bam
main 5 A0085.bam
main 6 A0086.bam

最后結果：

a   b   nSites  J9  J8  J7  J6  J5  J4  J3  J2  J1  rab Fa  Fb  theta   inbred_relatedness_1_2  inbred_relatedness_2_1  fraternity  identity    zygosity    2of3_IDB    FDiff   loglh   nIter   bestoptimll coverage    2dsfs   R0  R1  KING    2dsfs_loglike   2dsfsf_niter
A0081.bam A0082.bam 110869 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000001 0.000004 0.000000 0.000001 0.000000 0.000000 0.000001 0.000000 0.000001 0.000003 0.000001 -172458.670509 58 -172458.743214 0.999964 1.837844e-01,1.472857e-01,3.964455e-02,1.549278e-01,1.560343e-01,9.930636e-02,3.822848e-02,9.223201e-02,8.855644e-02 0.499076 0.272966 0.000358 -231585.329751 5
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照原樣，此解決方案有效，但感覺效率低下。有沒有一種方法可以讓我只呼叫一次 Awk，但可以根據需要修改檔案？

uj5u.com熱心網友回復：

要在一次awk呼叫中完成所有替換，您可以執行以下操作：

awk -v from='0 1 2 3 4 5' -v to='A0081.bam A0082.bam A0083.bam A0084.bam A0085.bam A0086.bam' '
    BEGIN {
        fromCount = split(from, fromArr)
        toCount = split(to, toArr)
        for (i = 1; i <= fromCount; i  )
            tr[fromArr[i]] = toArr[i]
    }
    $1 in tr { $1 = tr[$1] }
    $2 in tr { $2 = tr[$2] }
    1
' samples.txt

轉載請註明出處，本文鏈接：https://www.uj5u.com/qita/440884.html

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    我學到了以下幾點 01Linux系統介紹02系統安裝，密碼啊破解03Linux常用命令04LAMP 01LINUX windows： win03 8 12 16 19 配置不繁瑣 Linux：redhat,centos(紅帽社區版)，Ubuntu server,suse unix:金融機構，證券，銀 ......

    uj5u.com 2020-09-10 02:04:30 more
  • 05HTML

    01HTML介紹 02頭部標簽講解03基礎標簽講解04表單標簽講解 HTML前段語言 js1.了解代碼2.根據代碼 懂得挖掘漏洞 （POST注入/XSS漏洞上傳）3.黑帽seo 白帽seo 客戶網站被黑帽植入劫持代碼如何處理4.熟悉html表單 <html><head><title>TDK標題，描述 ......

    uj5u.com 2020-09-10 02:04:36 more
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  • 2023年最新微信小程式抓包教程

    01 開門見山 隔一個月發一篇文章，不過分。 首先回顧一下《微信系結手機號資料庫被脫庫事件》，我也是第一時間得知了這個訊息，然后跟蹤了整件事情的經過。下面是這起事件的相關截圖以及近日流出的一萬條資料樣本： 個人認為這件事也沒什么，還不如關注一下之前45億快遞資料查詢渠道疑似在近日復活的訊息。 訊息是 ......

    uj5u.com 2023-04-20 08:48:24 more
  • web3 產品介紹：metamask 錢包 使用最多的瀏覽器插件錢包

    Metamask錢包是一種基于區塊鏈技術的數字貨幣錢包，它允許用戶在安全、便捷的環境下管理自己的加密資產。Metamask錢包是以太坊生態系統中最流行的錢包之一，它具有易于使用、安全性高和功能強大等優點。 本文將詳細介紹Metamask錢包的功能和使用方法。 一、 Metamask錢包的功能 數字資 ......

    uj5u.com 2023-04-20 08:47:46 more
  • vulnhub_Earth

    前言 靶機地址->>>vulnhub_Earth 攻擊機ip：192.168.20.121 靶機ip：192.168.20.122 參考文章 https://www.cnblogs.com/Jing-X/archive/2022/04/03/16097695.html https://www.cnb ......

    uj5u.com 2023-04-20 07:46:20 more
  • 從4k到42k，軟體測驗工程師的漲薪史，給我看哭了

    清明節一過，盲猜大家已經無心上班，在數著日子準備過五一，但一想到銀行卡里的余額……瞬間心情就不美麗了。最近，2023年高校畢業生就業調查顯示，本科畢業月平均起薪為5825元。調查一出，便有很多同學表示自己又被平均了。看著這一資料，不免讓人想到前不久中國青年報的一項調查：近六成大學生認為畢業10年內會 ......

    uj5u.com 2023-04-20 07:44:00 more
  • 最新版本 Stable Diffusion 開源 AI 繪畫工具之中文自動提詞篇

    🎈 標簽生成器 由于輸入正向提示詞 prompt 和反向提示詞 negative prompt 都是使用英文，所以對學習母語的我們非常不友好 使用網址：https://tinygeeker.github.io/p/ai-prompt-generator 這個網址是為了讓大家在使用 AI 繪畫的時候 ......

    uj5u.com 2023-04-20 07:43:36 more
  • 漫談前端自動化測驗演進之路及測驗工具分析

    隨著前端技術的不斷發展和應用程式的日益復雜，前端自動化測驗也在不斷演進。隨著 Web 應用程式變得越來越復雜，自動化測驗的需求也越來越高。如今，自動化測驗已經成為 Web 應用程式開發程序中不可或缺的一部分，它們可以幫助開發人員更快地發現和修復錯誤，提高應用程式的性能和可靠性。 ......

    uj5u.com 2023-04-20 07:43:16 more
  • CANN開發實踐：4個DVPP記憶體問題的典型案例解讀

    摘要：由于DVPP媒體資料處理功能對存放輸入、輸出資料的記憶體有更高的要求（例如，記憶體首地址128位元組對齊），因此需呼叫專用的記憶體申請介面，那么本期就分享幾個關于DVPP記憶體問題的典型案例，并給出原因分析及解決方法。 本文分享自華為云社區《FAQ_DVPP記憶體問題案例》，作者：昇騰CANN。 DVPP ......

    uj5u.com 2023-04-20 07:43:03 more
  • msf學習

    msf學習 以kali自帶的msf為例 一、msf核心模塊與功能 msf模塊都放在/usr/share/metasploit-framework/modules目錄下 1、auxiliary 輔助模塊，輔助滲透（埠掃描、登錄密碼爆破、漏洞驗證等） 2、encoders 編碼器模塊，主要包含各種編碼 ......

    uj5u.com 2023-04-20 07:42:59 more
  • Halcon軟體安裝與界面簡介

    1. 下載Halcon17版本到到本地 2. 雙擊安裝包后 3. 步驟如下 1.2 Halcon軟體安裝 界面分為四大塊 1. Halcon的五個助手 1) 影像采集助手：與相機連接，設定相機引數，采集影像 2) 標定助手：九點標定或是其它的標定，生成標定檔案及內參外參，可以將像素單位轉換為長度單位 ......

    uj5u.com 2023-04-20 07:42:17 more
  • 在MacOS下使用Unity3D開發游戲

    第一次發博客，先發一下我的游戲開發環境吧。 去年2月份買了一臺MacBookPro2021 M1pro(以下簡稱mbp)，這一年來一直在用mbp開發游戲。我大致分享一下我的開發工具以及使用體驗。 1、Unity 官網鏈接： https://unity.cn/releases 我一般使用的Apple ......

    uj5u.com 2023-04-20 07:40:19 more

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