環境：R_x64_4.0.2 & RStudio_1.2.1335
相比網站生成火山圖，使用R語言生成火山圖可以滿足更多的要求，但相關文章不甚清晰，遂記錄一下生成 帶標簽火山圖 的程序，留與媛媛查閱，
目錄
- 效果預覽
- 一、EnhancedVolcano安裝方法
- 1.安裝
- 2.檢驗
- 二、使用EnhancedVolcano繪制火山圖
效果預覽
一、EnhancedVolcano安裝方法
1.安裝
RStudio中輸入
install.packages('devtools');devtools::install_github('kevinblighe/EnhancedVolcano');
這里代碼意義是下載Github上的EnhancedVolcano包，如果選擇節點記得選擇國內節點
等待安裝直到出現如下提示：
即已經完成安裝，
2.檢驗
檢驗是否成功安裝，輸入
library(EnhancedVolcano)
宣告包，若無ERROR字樣即成功安裝，
二、使用EnhancedVolcano繪制火山圖
1.使用library(EnhancedVolcano)宣告EnhancedVolcano包，
2.匯入資料，以.csv檔案為例
data=read.csv(file="test.csv",header=T,row.names=1,sep=',')
引數說明：
file="": 引號內為檔案名稱，檔案要放在默認檔案夾下，可打開右下Fils并將檔案拖入，見下圖header=T：列名默認設定，row.names=1：將第一列作為行名，就是我們要在圖中展示的標簽，sep=','：以,為分隔符，如果txt輸入將引數換為" "（空格），
示例資料：
3.使用EnhancedVolcano()陳述句生成火山圖,舉例如下：
EnhancedVolcano(data, lab = rownames(data), x = 'Foldchange', y = 'Pvalue',xlim = c(-17, 13),ylim=c(1,6),pCutoff = 0.001,FCcutoff = 2)
引數說明：
data：匯入的資料檔案，lab = rownames(data)：設定標簽，方便展示（此引數須在2.步中設定row.names才能使用）x = 'Foldchange'、y = 'Pvalue'：設定橫縱坐標軸與data中列的對應xlim = c(-17, 13)、ylim=c(1,6)：設定x、y展示區間pCutoff = 0.001、FCcutoff = 2：自定義閾值線，
在右側即可看到生成的火山圖
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