我在 R 中有一個資料框（此處僅發布示例）：
DE logFC pval log2fc_color rank
1 Upregulated 3.4958900 264.1088 #00519e 110
2 Upregulated 2.9649858 254.4343 #00519e 222
3 Upregulated 1.5794640 246.1799 #00519e 988
4 Upregulated 1.6678800 235.9541 #00519e 901
5 Upregulated 3.9374453 229.3586 #00519e 62
6 Top10 6.2492052 227.5845 #d51030 4
7 Top10 7.4608894 153.1061 #d51030 1
8 Top10 6.4259618 135.0821 #d51030 3
9 Top10 5.9704932 118.9760 #d51030 7
10 Top10 6.0201382 112.0736 #d51030 6
11 Downregulated -2.6035129 311.1072 #00519e 2624
12 Downregulated -3.8199728 306.3362 #00519e 3023
13 Downregulated -2.8384308 299.8498 #00519e 2749
14 Downregulated -2.9654265 299.6843 #00519e 2804
15 Downregulated -5.4785903 297.3173 #00519e 3135
16 NA -0.8830659 189.6105 #a7a7a7 17041
17 NA 0.9867408 181.4278 #a7a7a7 30
18 NA -0.9681908 170.5315 #a7a7a7 17357
19 NA 0.8636595 166.6765 #a7a7a7 451
20 NA 0.9811910 165.4120 #a7a7a7 44
我正在嘗試繪制火山圖。我想按不同類別的 DE 著色，并且我還在 log2fc_color 列中定義了顏色。但是，當我嘗試使用以下命令進行繪圖時，我只會得到黑點。
ggplot(df.t1, aes(x=logFC, y=pval, fill=log2fc_color)) geom_point()
或者
ggplot(df.t1, aes(x=logFC, y=pval, fill=DE)) geom_point()
uj5u.com熱心網友回復：
這里發生了兩件事：
geom_point可以使用fill=，但是對于大多數shapes來說沒有視覺效果；為此，您需要切換到 usingcolour=或切換shape=到使用 fill 屬性（例如，shape=21）；- 根據
#rrggbb您的性質log2fc_color，我相信您想要列中的文字顏色，而不是基于字串分類值的顏色因子；將其包裹起來I(.)以強制顏色本身。
ggplot(df.t1, aes(x=logFC, y=pval, color=I(log2fc_color)))
geom_point()
或者，使用colour=DE和手動顏色，這增加了一個圖例：
ggplot(df.t1, aes(x=logFC, y=pval, color=DE))
geom_point()
scale_colour_manual(
values = c(Upregulated = "#00519e", Top10 = "#d51030", Downregulated = "#00519e"),
na.value = "#a7a7a7"
)
（scale_colour_manual(guide = FALSE, ...)如果您想在這種情況下抑制圖例，請使用。）
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