我有一個批處理腳本，我想用它在特定級別的所有目錄上運行。它呼叫一個腳本（recon1.sh），該腳本將目錄名稱作為引數并將結果檔案夾存盤在每個子目錄中。我想要的是，當從命令列（bash batch_recon1.sh path_X）指定path_name 時，它將cd到每個蛋白質檔案夾（protein_A,protein_B, ....protein_Z）并執行 recon1.sh 并對下的所有蛋白質執行此操作路徑檔案夾。目前，它在一種蛋白質（蛋白質_ A）沒有開始用于蛋白質_ B 后結束和別的。我怎樣才能解決這個問題？我嘗試過使用更簡單的腳本，它只回圈一級深的子檔案夾并將該目錄中的 file_names 寫入文本檔案，這作業得很好，但由于某種原因，這段代碼（batch_recon1.sh for recon1.sh）不起作用. 有人可以幫忙嗎？
檔案夾結構：
[軟體檔案夾]
${HOME}/ProjName/software/batch_recon1.sh
${HOME}/ProjName/software/recon1.sh
[專案檔案夾]
${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_A/
${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_A/protein_A_id
${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_A/protein_A_searchRes
${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_A/protein_A_alignment
${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_B/
${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_B/protein_B_id
${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_B/protein_B_searchRes
${HOME}/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_B/protein_B_alignment
recon1.sh 將 protein_name 作為引數（例如 recon1.sh protein_A）
所以 ${dirname} 應該是（即）“protein_A”而不是蛋白質檔案夾的完整路徑。
用作（從命令列）bash batch_recon1.sh Pathway_X
batch_recon1.sh 的代碼：
#!/bin/bash
# -*- coding: utf-8 -*-
set -e
current_path=$(pwd)
pathway_name=$1
path_to_folder=${HOME}/ProjName/pathways/${pathway_name}
path_to_software_folder=${HOME}/ProjName/software
cd ${path_to_folder}
echo '----running batch_reconcile1.sh on pathway:'$@
for fol in "${path_to_folder}"/*/; do
[ -d "${fol}" ] || continue ## if not a directory skip
dirname="$(basename "${fol}")"
(cd "${fol}" && bash ${path_to_software_folder}/recon1.sh ${dirname} )
cd ..
done
uj5u.com熱心網友回復：
該腳本可能因為recon1.sh失敗而提前退出，而您有set -e（如果命令失敗則退出）。
它可能失敗了，因為cd ..它不應該在那里。
這可能是也可以更好地保持試圖recon1.sh對所有的蛋白質，即使一個失敗（這是由你）。
代替
(cd "${fol}" && bash ${path_to_software_folder}/recon1.sh ${dirname} )
cd ..
和：
cd "${fol}" || continue
bash ${path_to_software_folder}/recon1.sh "${dirname}" || echo "recon1.sh failed for ${dirname}" >&2
作業目錄設定正確。如果recon1.sh由于任何原因仍然失敗，則會列印錯誤，但腳本不會退出，并嘗試下一個蛋白質。
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