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逐行條件組合陣列

2021-12-31 00:10:06 資料庫

任務是根據兩個相應向量的乘法結果逐行組合兩個陣列(構造排列)。如:

第 1_A 行、第 2_A 行、第 3_A 行、

第 1_B 行、第 2_B 行、第 3_B 行、

結果應該是:Row1_A_Row1_B、Row1_A_Row2_B、Row1_A_Row3_B、Row2_A_Row1_B等。

給定以下初始陣列:

n_rows = 1000
A = np.random.randint(10, size=(n_rows, 5))
B = np.random.randint(10, size=(n_rows, 5))
P_A = np.random.rand(n_rows, 1)
P_B = np.random.rand(n_rows, 1)

陣列 P_A 和 P_B 是各個陣列的對應向量,其中包含一個浮點數。如果乘法超過某個閾值,則組合行應僅出現在最終陣列中,例如:

lim = 0.8

我已經想到了以下功能或方法來解決這個問題,但我會對更快的解決方案感興趣。我愿意使用 numba 或其他庫,但理想情況下我想使用 numpy 改進矢量化解決方案。

方法一

def concatenate_per_row(A, B):
    m1,n1 = A.shape
    m2,n2 = B.shape

    out = np.zeros((m1,m2,n1 n2),dtype=A.dtype)
    out[:,:,:n1] = A[:,None,:]
    out[:,:,n1:] = B
    return out.reshape(m1*m2,-1)

%%timeit

A_B = concatenate_per_row(A, B)
P_A_B = (P_A[:, None]*P_B[None, :])
P_A_B = P_A_B.flatten()

idx = P_A_B > lim

A_B = A_B[idx, :]
P_A_B = P_A_B[idx]

每個回圈 37.8 ms ± 660 μs(7 次運行的平均值 ± 標準偏差,每次 10 次回圈)

方法B

%%timeit

A_B = []
P_A_B = []

for i in range(len(P_A)):
    P_A_B_i = P_A[i]*P_B
    idx = np.where(P_A_B_i > lim)[0]
    
    if len(idx) > 0:
        P_A_B.append(P_A_B_i[idx])

        A_B_i = np.zeros((len(idx), A.shape[1]   B.shape[1]), dtype='int')
        A_B_i[:, :A.shape[1]] = A[i]
        A_B_i[:, A.shape[1]:] = B[idx, :]
        A_B.append(A_B_i)

A_B = np.concatenate(A_B)
P_A_B = np.concatenate(P_A_B)

每個回圈 9.65 ms ± 291 μs(7 次運行的平均值 ± 標準偏差,每次 100 次回圈)

uj5u.com熱心網友回復:

首先,有一個更高效的演算法實際上,您可以預先計算輸出陣列的大小,以便可以將值直接寫入最終輸出陣列中,而不是臨時存盤在串列中。為了有效地找到大小,您可以陣列進行排序P_B,然后進行二分搜索,以找到大于lim/P_A[i,0]所有可能的值的數量iP_B*P_A[i,0] > lim相當于P_B > lim/P_A[i,0])。i可以臨時存盤為每個過濾的專案數,以便快速回圈過濾專案。

此外,您可以使用Numba顯著加快主回圈的計算速度。

這是結果代碼:

@nb.njit('(int_[:,::1], int_[:,::1], float64[:,::1], float64[:,::1])')
def compute(A, B, P_A, P_B):
    assert P_A.shape[1] == 1
    assert P_B.shape[1] == 1

    P_B_sorted = np.sort(P_B.reshape(P_B.size))
    counts = len(P_B) - np.searchsorted(P_B_sorted, lim/P_A[:,0], side='right')
    n = np.sum(counts)
    mA, mB = A.shape[1], B.shape[1]
    m = mA   mB

    A_B = np.empty((n, m), dtype=np.int_)
    P_A_B = np.empty((n, 1), dtype=np.float64)
    k = 0

    for i in range(P_A.shape[0]):
        if counts[i] > 0:
            idx = np.where(P_B > lim/P_A[i, 0])[0]
            assert counts[i] == len(idx)

            start, end = k, k   counts[i]
            A_B[start:end, :mA] = A[i, :]
            A_B[start:end, mA:] = B[idx, :]
            P_A_B[start:end, :] = P_B[idx, :] * P_A[i, 0]
            k  = counts[i]

    return A_B, P_A_B

以下是我機器上的性能結果:

Original:                35.6 ms
Optimized original:      18.2 ms
Proposed (with order):    0.9 ms
Proposed (no ordering):   0.3 ms

上面提出的演算法比原始優化演算法快 20 倍它可以做得更快。事實上,如果專案順序無關緊要,您可以使用argsortso 對B重新排序P_B這使你不來計算idx每次在熱回圈,并選擇直接從最后一個元素BP_B(即保證是在相同的順序比原來的代碼高于閾值,但沒有)。由于所選專案連續存盤在記憶體中,因此此實作要快得多。最后,最后一個實作快了大約60 倍比原來的優化演算法。請注意,即使沒有 Numba,建議的實作也比原始實作快得多。

這是不關心專案順序的實作:

@nb.njit('(int_[:,::1], int_[:,::1], float64[:,::1], float64[:,::1])')
def compute(A, B, P_A, P_B):
    assert P_A.shape[1] == 1
    assert P_B.shape[1] == 1

    nA, mA = A.shape
    nB, mB = B.shape
    m = mA   mB

    order = np.argsort(P_B.reshape(nB))
    P_B_sorted = P_B[order, :]
    B_sorted = B[order, :]
    counts = nB - np.searchsorted(P_B_sorted.reshape(nB), lim/P_A[:,0], side='right')
    nRes = np.sum(counts)

    A_B = np.empty((nRes, m), dtype=np.int_)
    P_A_B = np.empty((nRes, 1), dtype=np.float64)
    k = 0

    for i in range(P_A.shape[0]):
        if counts[i] > 0:
            start, end = k, k   counts[i]
            A_B[start:end, :mA] = A[i, :]
            A_B[start:end, mA:] = B_sorted[nB-counts[i]:, :]
            P_A_B[start:end, :] = P_B_sorted[nB-counts[i]:, :] * P_A[i, 0]
            k  = counts[i]

    return A_B, P_A_B

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