我正在創建一個 R 包來繪制 VCF 檔案中的一些資料。我需要包括Biostrings package。
問題是，如果我Biostrings在我的DESCRIPTION檔案中指定：
#...
Imports:
BiocManager (>= 1.30.19),
tidyverse (>= 1.3.2),
GenomicFeatures (>= 1.48.4),
Biostrings (>= 2.64.1),
ggbio (>= 1.44.1)
#...
它告訴我它沒有找到它：
> devtools::install_github("cccnrc/plot-VCF")
Using github PAT from envvar GITHUB_TOKEN
Downloading GitHub repo cccnrc/plot-VCF@HEAD
Skipping 3 packages not available: ggbio, Biostrings, GenomicFeatures
? checking for file ‘/tmp/RtmpZkWQ8w/remotes2ee5f54e7e2a6/cccnrc-plot-VCF-d0a0d12/DESCRIPTION’ ...
─ preparing ‘plotVCF’:
? checking DESCRIPTION meta-information ...
─ checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts
─ checking for empty or unneeded directories
─ building ‘plotVCF_0.0.0.9000.tar.gz’
Installing package into ‘/home/enrico/app/packrat-prove/plot-VCF-install/packrat/lib/x86_64-pc-linux-gnu/4.2.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
ERROR: dependencies ‘GenomicFeatures’, ‘Biostrings’, ‘ggbio’ are not available for package ‘plotVCF’
另一方面，如果我將它們從 中洗掉DESCRIPTION，則該包將不起作用，因為它找不到該功能：
#...
Error in loadNamespace(x) : there is no package called ‘Biostrings’
#...
我怎樣才能解決這個問題？我試圖用谷歌搜索并在這里搜索，但沒有運氣！
uj5u.com熱心網友回復：
使用 BiocManager 安裝你的 github 包：
BiocManager::install("cccnrc/plot-VCF")
或用于BiocManager::repositories()告訴github_install()其他存盤庫。devtools代表remotes包，所以直接使用 remotes
remotes::install_github(
"cccnrc/plot-VCF",
repos = BiocManager::repositories()
)
在Bioconductor 支持網站上詢問有關 Bioconductor 的問題。
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標籤：r包裹依赖关系r-包