我最近在寫論文，現在遇到兩個數學問題，請幫忙解決：
1.breadthfirst-search (BFS) （寬度優先搜索）。我需要用到的是如圖：
我需要從中找到只有出點（0 in）為起點（如此圖中為1號）到只有入點（0 out）為終點（如此圖中為7、8、9）的路徑有多少條，具體有哪些路徑。如此圖中找的結果就是1-2-4-7, 1-2-4-8, 1-2-5-8和1-3-6-9。這是個例子，我實際應用中的節點數和相互關聯的連線會有幾千個，我看到原文中提到的方法就是用的寬度優先搜索，請問在高通量（實際用到幾千個節點和更多的路徑關系）狀態下具體怎么操作。
2.hypergeometric test （超幾何檢驗）。這個問題由上面的問題引出。經過上面的程序，我會找到很多條路徑，而我有一些已知的節點資訊，我要比對每個節點到每條路徑中，算出已知節點在每個路徑中的比率（CR，CR=N已知節點/N總節點），然后想計算出各個路徑的顯著程度（p值），我看到原文中提到的方法是用超幾何檢驗來做，請問具體怎么計算。
舉個具體的例子。例子如下，我要輸入的資料就來自這種表格，其中A、B兩列是各種節點，路徑走向都是由A走向B，其中有的點就會既在A列也在B列，由此會形成之前我畫的那個網路圖形式。我需要計算的就是由這種表格計算出有多少種路徑以及每條路徑都是什么（我所讀到的文獻中稱這種選法叫寬度優先搜索）。之后，對這兩列中的一部分特異性節點（例如我標紅的節點），我希望算出這種紅色節點在各種路徑中的比率，以及各條路徑的顯著性（p值）（文獻中稱這種演算法叫超幾何檢驗）。小弟菜鳥，實際應用，請各位大神幫忙，謝謝！
A B
E47 hsa-miR-106b-5p
E47 hsa-miR-3196
E47 hsa-miR-3196
Sp1 hsa-miR-93-5p
ATF hsa-miR-1915-3p
E2F hsa-miR-663a
Elk-1 hsa-miR-106b-5p
Elk-1 hsa-miR-3196
NF-E2 hsa-miR-638
E4BP4 hsa-miR-99a-5p
E2F hsa-miR-106b-5p
E2F hsa-miR-93-5p
NF-kappaB (p50) hsa-miR-106b-5p
NF-kappaB (p50) hsa-miR-106b-5p
c-Rel hsa-miR-93-5p
c-Rel hsa-miR-99a-5p
NF-kappaB hsa-miR-106b-5p
NF-kappaB hsa-miR-106b-5p
NF-kappaB hsa-miR-106b-5p
myogenin / NF-1 hsa-miR-3196
myogenin / NF-1 hsa-miR-93-5p
STAT5B (homodimer) CALD1
POU3F2 ID4
LUN-1 CYB561D1
STAT5B (homodimer) SLC2A13
STAT5B CREM
STAT5B GMDS
STAT5B SPIN4
LUN-1 CADM3
MEF-2 SMCR7
HSF MKNK2
ITPKB SNN
PPARalpha:RXRalpha TMEM127
Tel-2 MKNK2
STAT5A (homotetramer) CREM
MEF-2 LIMCH1
PPARalpha:RXRalpha TSPAN7
ATF6 C14orf4
SRF DUSP5
MTF-1 RGS16
RORalpha2 SOX17
NRSF form 2 RBL1
Rb:E2F-1:DP-1 MCM6
LUN-1 HAS3
RSRFC4 ALDH4A1
LUN-1 C12orf24
hsa-miR-2054 FUT4
hsa-miR-4298 C1orf144
hsa-miR-4298 TYRO3
hsa-miR-4298 FBXW7
hsa-miR-4298 HNRNPA3
hsa-miR-17-5p FAM84B
hsa-miR-17-5p ARL1
hsa-miR-106b-5p LAPTM4A
hsa-miR-106b-5p ITPKB
hsa-miR-106b-5p BAMBI
hsa-miR-106b-5p IL8
hsa-miR-106b-5p FAM117A
hsa-miR-106b-5p CEP170
hsa-miR-17-5p BTG3
uj5u.com熱心網友回復：
沒圖根本看不懂，圖呢？（想必專業性很強啊）uj5u.com熱心網友回復：
很深奧的樣子uj5u.com熱心網友回復：
完全不知所云～！轉載請註明出處，本文鏈接：https://www.uj5u.com/gongcheng/128885.html
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