使用GGplot跳過多線圖的NA值（并與使用網格排列的另一個圖結合）

我試圖跳過帶有兩條線的圖形上的 NA 值（ad13com 和 Pd13c），并使用網格排列將其與第二個圖形（xPDd13C）組合。使用我的代碼，由于我的資料中的 NA 值而換行，我正在尋找連續的線條（三個單獨的線條）。我曾嘗試使用 na.rm 引數，但沒有取得任何進展，因為我對 r 很陌生。我意識到問題來自這樣一個事實，即我正在繪制未收集的資料，但我不知道如何將跳過 NA 引數應用于以這種方式繪制的資料！

在我的代碼中，我首先在繪制資料之前收集資料，因為當我使用 facet wrap 生成多個繪圖時，我使用了類似的腳本，因此可能沒有必要為此應用程式收集資料？我也意識到我有多個 y 軸刻度，所以它只是替換現有的刻度并使用最后一個，我不太確定如何正確洗掉它，所以我只是把它留在里面，因為它作業正常

無論如何，這是我的代碼：

theme_set(theme_paleo(8))
theme_update(plot.title = element_text(hjust = 0.5))

#read the data
data <- read_csv("profundal.csv", col_types = cols(.default = col_guess())
)

#first gather the data and set out the omit na function in order to skip na values
data %>% filter(core_id == "BKM0817") %>%
  gather(key = param, value = value, -core_id, -Age, -depth) %>% 
  na.omit()

#plot the first graph
prof1 <- 
  ggplot()  
  geom_lineh(data = data, mapping = aes(x=ad13com, y = Age), colour = "black", size = 1)  
  geom_point(data = data, mapping = aes(x=ad13com, y = Age), colour = "black", size = 2)  
  geom_lineh(data = data, mapping = aes(x=Pd13c, y = Age), linetype = 2, colour = "black", size = 1,)  
  geom_point(data = data, mapping = aes(x=Pd13c, y = Age), shape=0, colour = "black", size = 2.7)  
  scale_y_reverse()  
  labs (x = expression(delta ^13*"C (\u2030 V-PDB)"), y = "Age (Cal. yrs BP)")  
  ggtitle(expression(delta ^13*"C"[OM]~"and Chironomus"))  
  theme(panel.border = element_blank(), panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"))

#plot the second graph
prof2 <- 
  ggplot()  
  geom_lineh(data = data, mapping = aes(x=xPDd13C, y = Age), colour = "black", size = 1)  
  geom_point(data = data, mapping = aes(x=xPDd13C, y = Age), shape = 2, colour = "black", size = 2)  
  scale_y_reverse(# Features of the first axis
    name = "Age (Cal. yrs BP)",
    
    # Add a second axis and specify its features
    sec.axis = sec_axis( trans=~./17.927, name="Depth (cm)")
  )  
  labs(x = expression(delta ^13*"C (\u2030 V-PDB)"), y = "Age (Cal. yrs BP)")  
  ggtitle( expression(Delta*delta ^13*"C"))  
  theme(panel.border = element_blank(), panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"))

#combine the plots
profundal <-gridExtra::grid.arrange(
  prof1,
  prof2   
    labs(y = NULL)  
    scale_y_reverse(labels = NULL, name = "Age (Cal. yrs BP)",
                    
                    # Add a second axis and specify its features
                    sec.axis = sec_axis( trans=~./17.927, name="Depth (cm)"))  
    theme(
      plot.margin = unit(c(0.05,0.1, 0.056,0), "inches"),
      axis.ticks.y = element_blank(),
      plot.background = element_blank()
    ),
  nrow = 1,
  widths = c(4, 4)
)

# save the file 
ggsave("test.png", units="in", width=8, height=6, dpi=300, plot=profundal)

提前謝謝了！

uj5u.com熱心網友回復：

當您使用na_omit()上data的結果沒有分配到任何東西。您需要將結果分配給data（或其他）。

data <- data %>% filter(core_id == "BKM0817") %>%
  gather(key = param, value = value, -core_id, -Age, -depth) %>% 
  na.omit()

uj5u.com熱心網友回復：

我設法在收集后繪制了新資料（正如 Tjn 建議的那樣，最后使用 na.omit 函式）。

data2 <- data %>% filter(core_id == "BKM0817") %>%
  gather(key = param, value = value, -core_id, -Age, -depth) %>% 
  na.omit()

資料如下所示：

為了在同一張圖上繪制兩條線，我必須對資料進行子集化，并像這樣為第一個圖單獨繪制線和點，并為第二個圖遵循相同的結構：

prof1 <-
  ggplot()  
  geom_lineh(data = subset(data2,param %in% "ad13com"), mapping = aes(x=value, y = Age), colour = "black", size = 1)  
  geom_point(data = subset(data2,param %in%"ad13com"), mapping = aes(x=value, y = Age), colour = "black", size = 2)  
  geom_lineh(data = subset(data2,param %in% "Pd13c"), mapping = aes(x=value, y = Age), linetype = 2, colour = "black", size = 1,)  
  geom_point(data = subset(data2,param %in% "Pd13c"), mapping = aes(x=value, y = Age), shape=0, colour = "black", size = 2.7)  
  scale_y_reverse()  
  labs (x = expression(delta ^13*"C (\u2030 V-PDB)"), y = "Age (Cal. yrs BP)")  
  ggtitle(expression(delta ^13*"C"[OM]~"and Chironomus"))  
  theme(panel.border = element_blank(), panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"))

最終結果現在與問題中的圖形相同，但現在用線單獨連接所有點。

標籤：r ggplot2 线形图

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