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森林圖方面網格比較來自多個模型的回歸模型系數

2021-11-18 04:23:13 軟體工程

我目前正在處理 30 個具有相同列名但數字資料不同的資料集。我需要將線性混合模型和廣義線性模型應用于資料集的每個實體,并在森林圖上繪制生成的固定效應系數。

資料目前的結構如下(為簡單起見,對每個串列元素使用相同的資料集):

library(lme4)

data_list <- list()

# There's definitely a better way of doing this through lapply(), I just can't figure out how
for (i in 1:30){
     data_list[[i]] <- tibble::as_tibble(mtcars) # this would originally load different data at every instance
}

compute_model_lmm <- function(data){
     lmer("mpg ~ hp   disp   drat   (1|cyl)", data = data)
}

result_list_lmm <- lapply(data_list, compute_model_lmm)

我目前正在做的是

library(modelsummary)

modelplot(result_list_lmm) 
     facet_wrap(~model) #modelplot() takes arguments/functions from ggplot2

森林圖方面網格比較來自多個模型的回歸模型系數

這需要大量的時間,但它有效。

現在,我想在同一個圖上比較另一個模型,如

compute_model_glm <- function(data){
     glm("mpg ~ hp   disp   drat   cyl", data = data)
}

result_list_glm <- lapply(data_list, compute_model_glm)

modelplot(list(result_list_lmm[[1]], result_list_glm[[1]]))

森林圖方面網格比較來自多個模型的回歸模型系數

但對于情節的每個實體。

我如何指定它modelplot()

提前致謝!

uj5u.com熱心網友回復:

modelplot函式為您提供了一些繪制系數和區間的基本方法(facet例如,檢查引數)。

然而,函式的真正威力來自于使用draw=FALSE引數。在這種情況下,modelplot很難在方便的資料框中為您提供估計值,包括所有重命名、穩健的標準錯誤和modelplot函式的其他實用程式然后,您可以使用該資料框自己進行繪圖以ggplot2進行無限自定義。

library(modelsummary)
library(ggplot2)

results_lm <- lapply(1:10, function(x) lm(hp ~ mpg, data = mtcars)) |>
    modelplot(draw = FALSE) |>
    transform("Function" = "lm()")
results_glm <- lapply(1:10, function(x) glm(hp ~ mpg, data = mtcars)) |>
    modelplot(draw = FALSE) |>
    transform("Function" = "glm()")
results <- rbind(results_lm, results_glm) 

head(results)
          term   model estimate std.error conf.low conf.high Function
1  (Intercept) Model 1 324.0823   27.4333  268.056  380.1086     lm()
3  (Intercept) Model 2 324.0823   27.4333  268.056  380.1086     lm()
5  (Intercept) Model 3 324.0823   27.4333  268.056  380.1086     lm()
7  (Intercept) Model 4 324.0823   27.4333  268.056  380.1086     lm()
9  (Intercept) Model 5 324.0823   27.4333  268.056  380.1086     lm()
11 (Intercept) Model 6 324.0823   27.4333  268.056  380.1086     lm()

ggplot(results, aes(y = term, x = estimate, xmin = conf.low, xmax = conf.high))  
    geom_pointrange(aes(color = Function), position = position_dodge(width = .5))  
    facet_wrap(~model)

森林圖方面網格比較來自多個模型的回歸模型系數

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標籤:r ggplot2 刻面包裹 森林图 模型摘要

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