回圈檔案對

您好，我需要遍歷成對的檔案并對它們做一些事情。

例如，我有 4 個名為 AA2234_1.fastq.gz AA2234_2.fastq.gz AA3945_1.fastq.gz AA3945_2.fastq.gz

正如你可以正確地告訴他們是AA2234_1.fastq.gz<->AA2234_2.fastq.gz和AA3945_1.fastq.gz<-> AA3945_2.fastq.gz（他們在_簽名前共享名稱）

我有一個command看起來像這樣的語法：

initialize_of_command file1 file2 output_a output_b output_c output_d parameteres

我希望這個腳本fastq.gz在一個目錄中找到帶有擴展名的檔案的數量，將它們除以 2 以找到對的數量，然后使用可能的正則運算式（可能是兩個變數）將這些對匹配在一起，并command為每一對執行一次。

我不知道如何使用正則運算式配對這些檔案以及如何迭代這些對，以便腳本知道它已經迭代了哪些對。

這是我未完成的腳本：

#!/bin/bash
raw_count_of_files=$(ls | grep -c "fastq.gz")
count_of_files=$((raw_count_of_files / 2))

for ((i=1;i<=count_of_files;i  ));
do
java -jar /home/aa/git/trimmomatic/src/Trimmomatic/trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 AA2234_1.fastq.gz AA2234_2.fastq.gz AA2234_forward_paired.fq.gz AA2234_forward_unpaired.fq.gz AA2234_reverse_paired.fq.gz AA2234_reverse_unpaired.fq.gz SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:20;
done

另外我希望輸出名稱以輸入檔案的共享名稱命名，在這種情況下是AA2234和AA3945

此腳本的所需輸出應該是 8 個檔案，對應于對命名：

AA2234_forward_paired.fq.gz 
AA2234_forward_unpaired.fq.gz 
AA2234_reverse_paired.fq.gz 
AA2234_reverse_unpaired.fq.gz

和

AA3945_forward_paired.fq.gz 
AA3945_forward_unpaired.fq.gz 
AA3945_reverse_paired.fq.gz 
AA3945_reverse_unpaired.fq.gz

uj5u.com熱心網友回復：

假設檔案名不包含空格，請嘗試：

#!/bin/bash

declare -A hash                         # associative array to tie basename with files
for f in *fastq.gz; do                  # search the files with the suffix
    base=${f%_*}                        # remove after "_"
    if [[ -z ${hash[$base]} ]]; then    # if the variable is not defined
        hash[$base]=$f                  # then store the filename
    else
        hash[$base] =" $f"              # else append the filenmame delimited by the whitespace
    fi
done

for base in "${!hash[@]}"; do           # loop over the hash keys (basename)
    read -r f1 f2 <<< "${hash[$base]}"  # split into filenames

    echo java -jar /home/aa/git/trimmomatic/src/Trimmomatic/trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 "$f1" "$f2" "$base"_forward_paired.fq.gz "$base"_forward_unpaired.fq.gz "$base"_reverse_paired.fq.gz "$base"_reverse_unpaired.fq.gz SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:20;
done

該腳本將 java 命令列輸出為空運行。如果輸出看起來不錯，請放下echo并運行。

uj5u.com熱心網友回復：

#!/bin/bash

declare -A assoc=()
shopt -s nullglob

for f in *_?.fastq.gz; do
    base=${f%_*}
    assoc[$base]=${assoc[$base]-}${assoc[$base]  }$f
done

set -f

for pair in "${assoc[@]}"; do
    set -- $pair
    # TODO: Check $# and do something with $1 and $2
done

uj5u.com熱心網友回復：

迭代成對引數的一種方法：

#!/usr/bin/env sh

proc_fastq_pairs() {
  # loop while there are fastq files passed as argument
  while [ $# -gt 0 ]; do
    fq1=$1
    # consume 1 argument as file 1
    shift
    fq2=$1
    # consume 1 argument as file 2
    shift
    initialize_of_command "$fq1" "$fq2" output_a output_b output_c output_d parameteres
  done
}

initialize_of_command() {
  # dummy command to show passed arguments for debug purpose
  printf 'initialize_of_command %s\n' "$*"
}

# Expansion of the globbing pattern ./*.fastq.gz
# is always sorted alphabetically.
# It ensures all similarly named files are kept
# togaether fq1 fq2 ...
proc_fastq_pairs ./*.fastq.gz

或者xargs：

printf '%s\n' ./*.fastq.gz | xargs -L 2 bash -c 'initialize_of_command "$1" "$2" output_a output_b output_c output_d parameteres' _

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