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大向量的外積超出記憶體

2022-03-14 17:18:42 軟體工程

我有三個一維向量。假設 T 有 100k 元素陣列, f 和 df 各有 200 個元素陣列:

T = [T0, T1, ..., T100k]
f = [f0, f1, ..., f200]
df = [df0, df1, ..., df200]

對于每個元素陣列,我必須計算一個函式,如下所示:

P =  T*f   T**2 *df

我的第一個直覺是使用 NumPy 外部來查找fdf的每個組合的函式

P1 = np.outer(f,T)
P2 = np.outer(df,T**2)
P = np.add.outer(P1, P2)

但是,在這種情況下,我面臨 ram 問題并收到以下錯誤:

無法為形狀為 (200, 100000, 200, 100000) 且資料型別為 float64 的陣列分配 2.23 PiB

有什么好方法可以計算嗎?

我嘗試使用 for 回圈

n=100
f_range = 5e-7
df_range = 1.5e-15

fsrc = np.arange(f - n * f_range, f   n * f_range, f_range) #array of 200
dfsrc = np.arange(df - n * df_range, df   n * df_range, df_range) #array of 200

dfnus=pd.DataFrame(fsrc)
numf=dfnus.shape[0]

dfnudots=pd.DataFrame(dfsrc)
numfdot=dfnudots.shape[0]

test2D = np.zeros([numf,(numfdot)])

for indexf, f in enumerate(fsrc):
    
    for indexfd, fd in enumerate(dfsrc):
        
        a=make_phase(T,f,fd) #--> this is just a function that performs T*f   T**2 *df
        zlauf2d=z_n(a, n=1, norm=1) #---> And this is just another function that takes this 1D "a" and gives another 1D element array
        test2D[indexf, indexfd]=np.copy(zlauf2d) #---> I do this so I could make a contour plot at the end. It just copys the same thing to 2D
        

現在我的 test2D 的形狀為 (200,200)。這就是我想要的,但是地板回圈需要很長時間,我想以某種方式將兩個 for 回圈減少到至少一個。

uj5u.com熱心網友回復:

使用廣播:

P1 = (f[:, np.newaxis] * T).sum(axis=-1)
P2 = (df[:, np.newaxis] * T**2).sum(axis=-1)
P = P1[:, np.newaxis]   P2

或者,使用外部:

P1 = (np.outer(f, T)).sum(axis=-1)
P2 = (np.outer(df, T**2)).sum(axis=-1)
P = P1[..., np.newaxis]   P2

這會產生一個 shape 陣列(f.size, df.size) == (200, 200)


一般來說,如果最終輸出陣列的大小非常大,可以:

  1. 減少資料型別的大小。一種方法是更改??用于計算最終輸出的陣列的資料型別P1.astype(np.float32)或者,某些操作允許將 adtype=np.float32作為引數傳入。
  2. 將計算分塊并處理結果的較小部分。

根據最近的編輯,計算一個a帶有 shape的陣列(200, 200, 100000)然后,沿最后一個軸取其元素范數以生成z形狀為 的陣列(200, 200)

a = (
    f[:, np.newaxis, np.newaxis] * T
      df[np.newaxis, :, np.newaxis] * T**2
)

# L1 norm along last axis.
z = np.abs(a).sum(axis=-1)

這會產生一個 shape 陣列(f.size, df.size) == (200, 200)

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