我使用 Biopython 洗掉了一些序列,因為它們太短了。但是,我不知道如何將列印的新序列保存在 txt 檔案中。
這是我擁有的代碼:
from Bio import SeqIO
for seq_record in SeqIO.parse("aminoacid_example.txt", "fasta"):
if len(seq_record.seq)>=30:
print(">",seq_record.id)
print(seq_record.seq)
輸出:
">NP_414584.1
MNTFSQVWVFSDTPSRLPELMNGAQALANQINTFVLNDADGAQAIQLGANHVWKLN
"> NP_414563.1
MASVSISCPSCSATDGVVRNGKSTAGHQRYLCSHCRKTWQLQFTYTASQPGTHQKIIDMAMNG
"> NP_414564.1
MNIKSAKRAIQSEKARKHNASRRSMMRTFIKKVYAAIEAGDKAAAQKAFNEMQPIVDRQAAKGLIHK
如何將這些序列保存在 txt 檔案中?
謝謝您的幫助!
uj5u.com熱心網友回復:
它應該是這樣的:
text_list=[]
for seq_record in SeqIO.parse("aminoacid_example.txt", "fasta"):
if len(seq_record.seq)>=30:
elem1=">" seq_record.id
elem2=seq_record.seq
text_list.extend([elem1, elem2])
with open('filetowrite.txt', 'w') as f:
f.write('\n'.join(text_list)
這將創建一個包含您想要的所有元素的串列,然后將它們寫入檔案'filetowrite.txt'(或者您想呼叫它),每個值都在一個新行中。
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