config檔案的撰寫

參考資料：
官網
github詳細描述
PDF檔案
1.對應放置路徑：code/
官網樣本：

{
    "descriptions": [
        {
            "dataType": "func",
            "modalityLabel": "bold",
            "customLabels": "task-rest",
            "criteria": {
                "SidecarFilename": "006*",
                "ImageType": ["ORIG*", "PRIMARY", "M", "ND", "MOSAIC"]
            }
        },
        {
            "dataType": "anat",
            "modalityLabel": "T2w",
            "criteria": {
                "SeriesDescription": "*T2*",
                "EchoTime": 0.1
            },
            "sidecarChanges": {
                "ProtocolName": "T2"
            }
        },
        {
            "dataType": "fmap",
            "modalityLabel": "fmap",
            "intendedFor": 0,
            "criteria": {
                "ProtocoleName": "*field_mapping*"
            }
        }
    ]
}

2.檔案的作用：準確找到和篩選DICOM資料并且將其分門別類放在對應BIDS目錄結構下；

3.準備作業：利用dcm2bids_helper生成一個幫助檔案夾，這里主要用到.json檔案中header檔案資訊中的sidecars資訊（For each acquisition, dcm2niix creates an associated .json file, containing information from the dicom header. These are known as sidecars.）
在這里插入圖片描述

4.criteria
1）匹配模式基于shell-style，例如：
*：匹配任何字串
？：單字符
可以輸入多個條件，但所有條件都必須匹配，保證能夠唯一檢索到，

5.dataType（mandatory field）
以bids v1.2.0為例，定義六種資料型別：
func ：task based and resting state functional MRI
dwi ：diffusion weighted imaging
fmap ：field inhomogeneity mapping data such as field maps
anat ：structural imaging such as T1, T2, etc.
meg ：magnetoencephalography
beh :behavioral

6.modalityLabel
必填欄位，如T1w，T2w，或者dwi，bold等，

7.customLabels
可選填
詳細資料參考pdf檔案

8.sidecarChanges
可選填

9.intendedFor
可選填
在fieldmap的描述中加入，表示該fmap用于校正的fMRI目標影像，注意：0即第一個，上述例子即對應task-rest_bold.

總結

本篇是config檔案的一個簡單介紹，主要用于自己記錄方便后續查找，內容基本上基于官網描述，.json的檔案自己也可以通過腳本檔案生成，使用一些例如sublime的文本編輯器最后保存為json格式，
小提醒：再回顧回顧linux的相關命令！

轉載請註明出處，本文鏈接：https://www.uj5u.com/qita/401504.html

標籤：其他

上一篇：神經網路開發食譜

下一篇：Matlab機器學習入門（一）

bids格式資料中config檔案的撰寫

config檔案的撰寫

總結